More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0260 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  72.2 
 
 		 682 aa  1010    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  79.36 
 
 		 683 aa  1109    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  50.56 
 
 		 706 aa  657    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  79.24 
 
 		 684 aa  1098    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  79.36 
 
 		 683 aa  1109    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  79.06 
 
 		 683 aa  1098    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  72.89 
 
 		 685 aa  1017    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  80.99 
 
 		 684 aa  1121    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  72.33 
 
 		 682 aa  1022    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  75.4 
 
 		 683 aa  1060    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 683 aa  1370    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  79.36 
 
 		 683 aa  1109    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  79.36 
 
 		 683 aa  1109    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  80.7 
 
 		 684 aa  1118    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  80.85 
 
 		 684 aa  1118    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  76.06 
 
 		 688 aa  1065    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  80.76 
 
 		 682 aa  1116    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  49.15 
 
 		 689 aa  629  1e-179  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  56.2 
 
 		 547 aa  583  1.0000000000000001e-165  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  56.31 
 
 		 580 aa  582  1e-164  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  52.03 
 
 		 578 aa  557  1e-157  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00029  type IV pilus secretin PilQ  51.71 
 
 		 583 aa  532  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0251  fimbrial assembly protein pilQ precursor  43.81 
 
 		 699 aa  519  1e-146  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.215469  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002326  type IV pilus biogenesis protein PilQ  51.9 
 
 		 582 aa  512  1e-144  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000116776  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  39.73 
 
 		 704 aa  490  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3028  type IV pilus secretin PilQ  40.12 
 
 		 711 aa  478  1e-133  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.390023  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0962  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  40.71 
 
 		 698 aa  473  1e-132  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0993  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  40.56 
 
 		 698 aa  472  1.0000000000000001e-131  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2759  type IV pilus secretin PilQ  40.5 
 
 		 694 aa  467  9.999999999999999e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.354322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  37.6 
 
 		 718 aa  463  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0279  type IV pilus secretin PilQ  39.43 
 
 		 710 aa  465  1e-129  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.881103 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  37.33 
 
 		 718 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2687  peptidase M41, FtsH  37.55 
 
 		 727 aa  449  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00137304  normal  0.0272245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2457  type II and III secretion system protein  36.91 
 
 		 723 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.345302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  37.05 
 
 		 692 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0546  type IV pilus secretin PilQ  37.02 
 
 		 706 aa  431  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  36.56 
 
 		 710 aa  431  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  40.39 
 
 		 668 aa  426  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45260  secretion system protein  36.49 
 
 		 717 aa  425  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  37.95 
 
 		 710 aa  425  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0785  type II and III secretion system protein  39.25 
 
 		 717 aa  425  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66620  type 4 fimbrial biogenesis outer membrane protein PilQ precursor  36.13 
 
 		 710 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.601921  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  39.53 
 
 		 714 aa  419  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  37.21 
 
 		 706 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  36.67 
 
 		 696 aa  418  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  36.52 
 
 		 696 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3109  fimbrial biogenesis protein  40.43 
 
 		 721 aa  415  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.157698 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  39.02 
 
 		 721 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  39.02 
 
 		 721 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5777  type 4 fimbrial biogenesis protein PilQ  35.62 
 
 		 714 aa  415  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  36.97 
 
 		 729 aa  412  1e-113  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  35.82 
 
 		 726 aa  408  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5577  type IV pilus secretin PilQ  36.91 
 
 		 716 aa  406  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515424 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  36.62 
 
 		 715 aa  408  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0018  type IV pilus secretin PilQ  37.29 
 
 		 712 aa  408  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  38.83 
 
 		 712 aa  403  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1144  type IV pilus secretin PilQ  36.35 
 
 		 714 aa  405  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1879  fimbrial assembly protein PilQ  40.51 
 
 		 756 aa  398  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000275793  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0329  fimbrial assembly protein PilQ  35.57 
 
 		 729 aa  394  1e-108  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.863094  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2169  type II and III secretion system protein  39.45 
 
 		 792 aa  389  1e-107  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.29218  normal  0.574377 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0206  type IV pilus assembly protein PilQ  35.77 
 
 		 745 aa  387  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.292447  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0838  type IV pilus secretin PilQ  34.59 
 
 		 711 aa  366  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673072  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  37.14 
 
 		 655 aa  360  6e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0735  fimbrial assembly protein PilQ, putative  36.46 
 
 		 784 aa  356  8.999999999999999e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0883  type IV pilus secretin PilQ  36.46 
 
 		 784 aa  356  8.999999999999999e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.126317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3236  type IV pilus secretin PilQ  35.74 
 
 		 657 aa  351  2e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0831475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  36.52 
 
 		 636 aa  343  7e-93  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  36.32 
 
 		 630 aa  337  3.9999999999999995e-91  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0399  type IV pilus secretin PilQ  34.69 
 
 		 642 aa  335  2e-90  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00359523 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  42.89 
 
 		 420 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  42.93 
 
 		 413 aa  322  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0214  type II and III secretion system secretin  33.63 
 
 		 715 aa  321  3e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00866012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4062  putative outer membrane porin HofQ  42.44 
 
 		 424 aa  321  3e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000610431  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  42.55 
 
 		 422 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  43.51 
 
 		 420 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  43.27 
 
 		 420 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  41.12 
 
 		 424 aa  298  2e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0337  putative outer membrane porin HofQ  40.53 
 
 		 426 aa  297  5e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  40.59 
 
 		 433 aa  291  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0310  type IV pilus secretin PilQ  37.29 
 
 		 553 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  38.78 
 
 		 462 aa  286  8e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  38.78 
 
 		 462 aa  286  8e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  38.78 
 
 		 462 aa  286  8e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  38.46 
 
 		 465 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  38.46 
 
 		 527 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0370  type IV pilus secretin PilQ  37.17 
 
 		 543 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  38.78 
 
 		 616 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0319  type IV pilus secretin PilQ  37.05 
 
 		 553 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.935194 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  38.78 
 
 		 575 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0391  type IV pilus secretin PilQ  37.2 
 
 		 543 aa  284  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  38.05 
 
 		 523 aa  283  7.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  38.54 
 
 		 576 aa  283  1e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3488  type II and III secretion system protein  37.26 
 
 		 543 aa  280  4e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0294  type IV pilus secretin PilQ  37.68 
 
 		 573 aa  280  6e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.882341 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  38.29 
 
 		 567 aa  280  7e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  36.95 
 
 		 874 aa  279  1e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0224  putative outer membrane porin HofQ  41.35 
 
 		 460 aa  278  3e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000817003  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3967  putative outer membrane porin HofQ  41.35 
 
 		 458 aa  278  3e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171425  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3728  putative outer membrane porin HofQ  41.35 
 
 		 500 aa  277  4e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000295342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  37.47 
 
 		 591 aa  277  6e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>