More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0667 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  100 
 
 		 580 aa  1164    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  67.22 
 
 		 547 aa  713    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  57.58 
 
 		 683 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  57.58 
 
 		 683 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  57.39 
 
 		 683 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  57.58 
 
 		 683 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  57.71 
 
 		 684 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  57.14 
 
 		 684 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  57.63 
 
 		 683 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  57.33 
 
 		 684 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  57.52 
 
 		 684 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  53.76 
 
 		 685 aa  592  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  56.31 
 
 		 683 aa  590  1e-167  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  55.49 
 
 		 706 aa  583  1.0000000000000001e-165  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  52.62 
 
 		 682 aa  578  1e-164  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  54.72 
 
 		 688 aa  581  1e-164  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  54.48 
 
 		 683 aa  579  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  54.73 
 
 		 682 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  52.83 
 
 		 682 aa  559  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  50.95 
 
 		 689 aa  524  1e-147  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  46.84 
 
 		 578 aa  488  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00029  type IV pilus secretin PilQ  46.59 
 
 		 583 aa  443  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002326  type IV pilus biogenesis protein PilQ  45.14 
 
 		 582 aa  426  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000116776  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  42.83 
 
 		 704 aa  426  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0251  fimbrial assembly protein pilQ precursor  44.98 
 
 		 699 aa  420  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.215469  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0993  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  45.93 
 
 		 698 aa  410  1e-113  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0962  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  45.93 
 
 		 698 aa  411  1e-113  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0279  type IV pilus secretin PilQ  42.12 
 
 		 710 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.881103 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3028  type IV pilus secretin PilQ  41.93 
 
 		 711 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.390023  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2759  type IV pilus secretin PilQ  42.8 
 
 		 694 aa  408  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.354322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2457  type II and III secretion system protein  40.07 
 
 		 723 aa  402  1e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.345302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  42.51 
 
 		 668 aa  402  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  40.82 
 
 		 692 aa  396  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  40.6 
 
 		 718 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  39.93 
 
 		 718 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2687  peptidase M41, FtsH  38.45 
 
 		 727 aa  375  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00137304  normal  0.0272245 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66620  type 4 fimbrial biogenesis outer membrane protein PilQ precursor  39.52 
 
 		 710 aa  375  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.601921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  40.11 
 
 		 710 aa  371  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0546  type IV pilus secretin PilQ  39.12 
 
 		 706 aa  372  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  38.33 
 
 		 696 aa  370  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  38.67 
 
 		 696 aa  368  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0785  type II and III secretion system protein  40.47 
 
 		 717 aa  368  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  39.18 
 
 		 729 aa  367  1e-100  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45260  secretion system protein  39.81 
 
 		 717 aa  365  1e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3109  fimbrial biogenesis protein  37.46 
 
 		 721 aa  362  1e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.157698 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5777  type 4 fimbrial biogenesis protein PilQ  38.99 
 
 		 714 aa  361  3e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5577  type IV pilus secretin PilQ  36.38 
 
 		 716 aa  360  6e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515424 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  36.56 
 
 		 706 aa  359  9e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  38 
 
 		 714 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1879  fimbrial assembly protein PilQ  39.14 
 
 		 756 aa  357  3.9999999999999996e-97  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000275793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0018  type IV pilus secretin PilQ  38.02 
 
 		 712 aa  355  1e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  35.4 
 
 		 710 aa  355  2e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2169  type II and III secretion system protein  37.57 
 
 		 792 aa  353  2.9999999999999997e-96  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.29218  normal  0.574377 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  44.47 
 
 		 712 aa  353  7e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  37.12 
 
 		 721 aa  351  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  37.12 
 
 		 721 aa  351  2e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1144  type IV pilus secretin PilQ  37.92 
 
 		 714 aa  351  3e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  37.06 
 
 		 726 aa  348  1e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  37.34 
 
 		 715 aa  339  7e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  37.25 
 
 		 636 aa  337  2.9999999999999997e-91  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  36.82 
 
 		 630 aa  337  5e-91  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  36.72 
 
 		 655 aa  332  1e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3236  type IV pilus secretin PilQ  35.19 
 
 		 657 aa  328  1.0000000000000001e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0831475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0735  fimbrial assembly protein PilQ, putative  34.75 
 
 		 784 aa  324  3e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0883  type IV pilus secretin PilQ  34.75 
 
 		 784 aa  324  3e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.126317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  43.28 
 
 		 413 aa  320  3e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0838  type IV pilus secretin PilQ  35.66 
 
 		 711 aa  319  1e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673072  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4062  putative outer membrane porin HofQ  42.86 
 
 		 424 aa  317  4e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000610431  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  42.72 
 
 		 420 aa  316  8e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0329  fimbrial assembly protein PilQ  34.69 
 
 		 729 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.863094  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0206  type IV pilus assembly protein PilQ  33.97 
 
 		 745 aa  312  1e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.292447  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0399  type IV pilus secretin PilQ  35 
 
 		 642 aa  310  2.9999999999999997e-83  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00359523 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0337  putative outer membrane porin HofQ  42.24 
 
 		 426 aa  311  2.9999999999999997e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  42.65 
 
 		 424 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  41.77 
 
 		 422 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  40.62 
 
 		 433 aa  300  4e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  41.97 
 
 		 420 aa  300  6e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  41.49 
 
 		 420 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3967  putative outer membrane porin HofQ  42.34 
 
 		 458 aa  293  7e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171425  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3728  putative outer membrane porin HofQ  42.34 
 
 		 500 aa  293  8e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000295342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0224  putative outer membrane porin HofQ  42.34 
 
 		 460 aa  293  8e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000817003  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  41.18 
 
 		 874 aa  288  2e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  36.67 
 
 		 523 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  35.21 
 
 		 567 aa  278  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  32.04 
 
 		 891 aa  272  1e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3667  outer membrane porin HofQ  38.5 
 
 		 412 aa  271  2e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000045876  normal  0.0733814 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  34.47 
 
 		 591 aa  271  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4695  outer membrane porin HofQ  38.5 
 
 		 412 aa  271  2e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00163721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  38.55 
 
 		 893 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0214  type II and III secretion system secretin  34.04 
 
 		 715 aa  270  5e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00866012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3587  outer membrane porin HofQ  38.26 
 
 		 412 aa  270  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000785668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0322  type IV pilus secretin PilQ  38.26 
 
 		 412 aa  269  1e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000212409  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3861  outer membrane porin HofQ  38.26 
 
 		 412 aa  269  1e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000844499  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  37.38 
 
 		 462 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  37.38 
 
 		 462 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  37.38 
 
 		 462 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  37.38 
 
 		 465 aa  269  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0310  type IV pilus secretin PilQ  36.65 
 
 		 553 aa  269  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  37.38 
 
 		 575 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0322  outer membrane porin HofQ  38.77 
 
 		 386 aa  268  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000700239  normal  0.175294 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>