More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002326 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00029  type IV pilus secretin PilQ  93.13 
 
 
583 aa  1018    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002326  type IV pilus biogenesis protein PilQ  100 
 
 
582 aa  1159    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000116776  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  74.19 
 
 
578 aa  854    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  52.11 
 
 
683 aa  555  1e-156  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  51.18 
 
 
683 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  51.18 
 
 
683 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  51.18 
 
 
683 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  51.75 
 
 
683 aa  549  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  50.99 
 
 
684 aa  548  1e-154  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  51 
 
 
683 aa  548  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  51.2 
 
 
684 aa  547  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  51.2 
 
 
684 aa  547  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  51.01 
 
 
684 aa  547  1e-154  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  50.83 
 
 
683 aa  544  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  50.72 
 
 
688 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  52.49 
 
 
682 aa  538  1e-151  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  51.01 
 
 
685 aa  535  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  49.82 
 
 
682 aa  519  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  49.72 
 
 
682 aa  521  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  49.91 
 
 
689 aa  516  1.0000000000000001e-145  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  51 
 
 
706 aa  516  1.0000000000000001e-145  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  48.91 
 
 
547 aa  479  1e-134  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  45.41 
 
 
580 aa  462  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3028  type IV pilus secretin PilQ  43.59 
 
 
711 aa  410  1e-113  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.390023  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0251  fimbrial assembly protein pilQ precursor  44 
 
 
699 aa  408  1.0000000000000001e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.215469  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  41.64 
 
 
704 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0993  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  40.79 
 
 
698 aa  396  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0962  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  40.79 
 
 
698 aa  396  1e-109  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  41.32 
 
 
718 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  40.47 
 
 
692 aa  384  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  40 
 
 
718 aa  381  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0785  type II and III secretion system protein  40.86 
 
 
717 aa  380  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113168  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0279  type IV pilus secretin PilQ  42.12 
 
 
710 aa  382  1e-104  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.881103 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2457  type II and III secretion system protein  39.23 
 
 
723 aa  369  1e-101  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.345302  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  40.8 
 
 
668 aa  372  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66620  type 4 fimbrial biogenesis outer membrane protein PilQ precursor  40.25 
 
 
710 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.601921  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3109  fimbrial biogenesis protein  38.9 
 
 
721 aa  366  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.157698 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  40.43 
 
 
729 aa  368  1e-100  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  39.15 
 
 
726 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2687  peptidase M41, FtsH  38.45 
 
 
727 aa  362  8e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00137304  normal  0.0272245 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  38.13 
 
 
710 aa  361  2e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45260  secretion system protein  39.67 
 
 
717 aa  361  2e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2759  type IV pilus secretin PilQ  40.22 
 
 
694 aa  361  2e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.354322  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0018  type IV pilus secretin PilQ  38.41 
 
 
712 aa  360  4e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1879  fimbrial assembly protein PilQ  37.76 
 
 
756 aa  358  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000275793  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  38.67 
 
 
696 aa  356  5.999999999999999e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0546  type IV pilus secretin PilQ  39.21 
 
 
706 aa  356  6.999999999999999e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  38.49 
 
 
696 aa  356  6.999999999999999e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2169  type II and III secretion system protein  37.9 
 
 
792 aa  355  1e-96  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.29218  normal  0.574377 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5577  type IV pilus secretin PilQ  38.37 
 
 
716 aa  354  2e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.515424 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  37.94 
 
 
706 aa  355  2e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  38.04 
 
 
715 aa  353  5.9999999999999994e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  36.57 
 
 
721 aa  353  5.9999999999999994e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5777  type 4 fimbrial biogenesis protein PilQ  39.53 
 
 
714 aa  353  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  36.57 
 
 
721 aa  352  7e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  36.97 
 
 
710 aa  353  7e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  36.82 
 
 
714 aa  351  3e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  39.49 
 
 
712 aa  350  6e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0329  fimbrial assembly protein PilQ  38.09 
 
 
729 aa  345  1e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.863094  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1144  type IV pilus secretin PilQ  36.3 
 
 
714 aa  333  5e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0883  type IV pilus secretin PilQ  34.22 
 
 
784 aa  326  8.000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.126317  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0735  fimbrial assembly protein PilQ, putative  34.22 
 
 
784 aa  326  8.000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  41.86 
 
 
413 aa  320  3.9999999999999996e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0838  type IV pilus secretin PilQ  36.78 
 
 
711 aa  316  9e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673072  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3236  type IV pilus secretin PilQ  35.07 
 
 
657 aa  314  1.9999999999999998e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0831475  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  40.05 
 
 
420 aa  314  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  34.8 
 
 
655 aa  313  5.999999999999999e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  35.29 
 
 
636 aa  306  5.0000000000000004e-82  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4062  putative outer membrane porin HofQ  40.57 
 
 
424 aa  306  6e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000610431  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0399  type IV pilus secretin PilQ  33.11 
 
 
642 aa  304  3.0000000000000004e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00359523 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0206  type IV pilus assembly protein PilQ  34.78 
 
 
745 aa  301  2e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.292447  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  34.43 
 
 
630 aa  301  2e-80  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0337  putative outer membrane porin HofQ  39.39 
 
 
426 aa  298  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  40.19 
 
 
424 aa  298  2e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  40.19 
 
 
433 aa  296  8e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  40.24 
 
 
422 aa  294  4e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  40.14 
 
 
420 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  38.9 
 
 
420 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0224  putative outer membrane porin HofQ  39.63 
 
 
460 aa  286  5e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000817003  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3967  putative outer membrane porin HofQ  39.63 
 
 
458 aa  286  7e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171425  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3728  putative outer membrane porin HofQ  39.63 
 
 
500 aa  286  1.0000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000295342  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1112  competence protein E  45.19 
 
 
377 aa  275  2.0000000000000002e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0144354  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  35.44 
 
 
591 aa  274  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3587  outer membrane porin HofQ  37.32 
 
 
412 aa  273  8.000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000785668  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0322  outer membrane porin HofQ  37.86 
 
 
386 aa  272  1e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000700239  normal  0.175294 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  35.54 
 
 
567 aa  272  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0621067 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0322  type IV pilus secretin PilQ  37.09 
 
 
412 aa  271  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000212409  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3861  outer membrane porin HofQ  37.09 
 
 
412 aa  271  2e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000844499  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3768  outer membrane porin HofQ  36.85 
 
 
412 aa  270  4e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000640301  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4695  outer membrane porin HofQ  37.09 
 
 
412 aa  270  4e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00163721  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3667  outer membrane porin HofQ  37.09 
 
 
412 aa  270  5e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000045876  normal  0.0733814 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03243  predicted fimbrial transporter  36.85 
 
 
412 aa  268  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00734996  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03195  hypothetical protein  36.85 
 
 
412 aa  268  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0104711  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  36.71 
 
 
523 aa  265  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  31.5 
 
 
870 aa  263  6.999999999999999e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0214  type II and III secretion system secretin  36.25 
 
 
715 aa  262  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00866012  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  34.91 
 
 
576 aa  262  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  35.36 
 
 
465 aa  262  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  35.36 
 
 
462 aa  262  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  35.36 
 
 
462 aa  262  2e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>