More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_5918 on replicon NC_010515
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5654  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  60 
 
 
589 aa  643    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.741778  normal  0.0207457 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5871  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  59.72 
 
 
561 aa  642    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5918  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  100 
 
 
588 aa  1196    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.033473  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2165  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  55.04 
 
 
599 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1602  type II/III secretion system protein  54.87 
 
 
599 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0044992  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0648  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  55.21 
 
 
601 aa  589  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.778085  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1987  type II/III secretion system protein  54.87 
 
 
599 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.76891  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0666  type II/III secretion system protein  54.87 
 
 
599 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  55.04 
 
 
601 aa  585  1e-166  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0777  type II/III secretion system protein  53.64 
 
 
605 aa  585  1e-166  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.296744  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1893  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  50.68 
 
 
588 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1985  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  50.51 
 
 
588 aa  567  1e-160  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0418  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  50.51 
 
 
630 aa  567  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17202  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03393  HrpA type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  45.59 
 
 
591 aa  466  9.999999999999999e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0874  Hrp conserved HRCC transmembrane protein  44.54 
 
 
568 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.23962  normal  0.0136899 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4228  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.28 
 
 
681 aa  347  3e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4751  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.12 
 
 
680 aa  346  6e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.552593 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3741  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.68 
 
 
678 aa  346  8.999999999999999e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452401  normal  0.0121623 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5430  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.06 
 
 
681 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128772  normal  0.061937 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3512  Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC  35.06 
 
 
681 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4854  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.06 
 
 
681 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0807881  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0474  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.07 
 
 
683 aa  300  6e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3132  putative type III secretion hypersensitivity response secretion protein, HrcC/HrpA1- like  33.8 
 
 
736 aa  271  4e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15642  normal  0.0125341 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5220  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  31.4 
 
 
637 aa  233  6e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2997  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  30.08 
 
 
624 aa  229  1e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003337  type III secretion system outer membrane pore YscC  27.98 
 
 
604 aa  215  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2192  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.42 
 
 
689 aa  208  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1389  outer-membrane type III secretion protein HrcC  27.02 
 
 
699 aa  194  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1907  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.94 
 
 
691 aa  189  9e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0023  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.57 
 
 
696 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1200  outer-membrane type III secretion protein HrcC  27.54 
 
 
700 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.138947 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1946  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.38 
 
 
491 aa  177  5e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3917  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.29 
 
 
505 aa  176  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3830  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.29 
 
 
505 aa  176  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.86 
 
 
491 aa  174  5e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570406  normal  0.0166215 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3088  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.39 
 
 
556 aa  173  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.994223 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3208  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.24 
 
 
514 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166938  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3103  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.24 
 
 
514 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000610588 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3020  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.24 
 
 
514 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2175  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29 
 
 
617 aa  170  5e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3051  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.06 
 
 
514 aa  170  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.180372 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2426  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  35.05 
 
 
666 aa  167  5e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1544  type III secretion system protein BsaO  28.12 
 
 
606 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.643588  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0740  type III secretion system protein BsaO  28.12 
 
 
625 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.513099  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2087  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.12 
 
 
625 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2060  type III secretion system protein BsaO  28.12 
 
 
625 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.462668  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0828  type III secretion system protein BsaO  28.17 
 
 
619 aa  159  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0276407  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4149  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.07 
 
 
567 aa  157  4e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0153519 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0179  type III secretion outer membrane protein MxiD  25.88 
 
 
566 aa  151  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0824989  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5069  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  33.33 
 
 
512 aa  148  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240332 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0054  type III secretion outer membrane pore YscC  30.46 
 
 
612 aa  140  6e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1528  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  30.74 
 
 
497 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.633101  normal  0.0399661 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1778  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  30.67 
 
 
497 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0371241  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1948  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  30.67 
 
 
497 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118723 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1506  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  30.67 
 
 
497 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000419155 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1491  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  30.67 
 
 
497 aa  138  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42350  Type III secretion outer membrane protein PscC precursor  31.31 
 
 
600 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5921  type II/III secretion system family protein  34.92 
 
 
511 aa  127  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0561262 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01700  hypothetical protein  31.6 
 
 
623 aa  126  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  31.86 
 
 
714 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5868  type II/III secretion system family protein  35.14 
 
 
475 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.231603  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5651  NolW domain-containing protein  34.27 
 
 
446 aa  115  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0288442 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  31.74 
 
 
721 aa  114  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  31.74 
 
 
721 aa  114  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  30.66 
 
 
710 aa  110  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1406  type II and III secretion system protein  27.83 
 
 
538 aa  105  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.7882  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0078  general secretion pathway protein D  27.6 
 
 
660 aa  105  2e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0586  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.87 
 
 
339 aa  104  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000694626  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0735  fimbrial assembly protein PilQ, putative  30.79 
 
 
784 aa  104  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0883  type IV pilus secretin PilQ  30.79 
 
 
784 aa  104  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.126317  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  27.68 
 
 
706 aa  103  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  28.24 
 
 
987 aa  102  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  26.3 
 
 
668 aa  102  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  30.26 
 
 
819 aa  100  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  30.31 
 
 
670 aa  100  7e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  29.9 
 
 
829 aa  100  7e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  29.97 
 
 
733 aa  100  7e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3804  outer membrane porin HofQ  26.48 
 
 
413 aa  100  8e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0625572  normal  0.855535 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  30.48 
 
 
712 aa  100  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0679  type IV pilus secretin PilQ  28.33 
 
 
887 aa  99  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4062  putative outer membrane porin HofQ  28.32 
 
 
424 aa  99  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000610431  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  30.21 
 
 
580 aa  99.4  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0322  outer membrane porin HofQ  27.66 
 
 
386 aa  98.6  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000700239  normal  0.175294 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3587  outer membrane porin HofQ  27.66 
 
 
412 aa  98.6  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000785668  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  27.37 
 
 
870 aa  98.2  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  29.12 
 
 
682 aa  98.6  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  28.33 
 
 
887 aa  98.6  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  29.51 
 
 
683 aa  98.2  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  29.51 
 
 
683 aa  98.2  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  28.82 
 
 
683 aa  98.2  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  29.51 
 
 
683 aa  98.2  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3667  outer membrane porin HofQ  27.66 
 
 
412 aa  97.8  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000045876  normal  0.0733814 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  29.59 
 
 
882 aa  97.8  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  27.97 
 
 
424 aa  97.8  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  29.51 
 
 
864 aa  97.8  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3861  outer membrane porin HofQ  27.66 
 
 
412 aa  97.4  6e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000844499  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0322  type IV pilus secretin PilQ  27.66 
 
 
412 aa  97.4  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000212409  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  27.52 
 
 
710 aa  97.4  6e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03195  hypothetical protein  27.66 
 
 
412 aa  97.4  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0104711  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4695  outer membrane porin HofQ  27.66 
 
 
412 aa  97.1  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00163721  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>