More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_4062 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  90.57 
 
 		 424 aa  753    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4062  putative outer membrane porin HofQ  100 
 
 		 424 aa  855    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000610431  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  68.26 
 
 		 433 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0337  putative outer membrane porin HofQ  72.57 
 
 		 426 aa  568  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  59.47 
 
 		 413 aa  468  9.999999999999999e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3728  putative outer membrane porin HofQ  62.09 
 
 		 500 aa  455  1e-127  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000295342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3967  putative outer membrane porin HofQ  62.09 
 
 		 458 aa  457  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171425  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0224  putative outer membrane porin HofQ  62.09 
 
 		 460 aa  457  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000817003  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3587  outer membrane porin HofQ  50.61 
 
 		 412 aa  401  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000785668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0322  type IV pilus secretin PilQ  50.61 
 
 		 412 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000212409  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3667  outer membrane porin HofQ  50.36 
 
 		 412 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000045876  normal  0.0733814 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4695  outer membrane porin HofQ  50.36 
 
 		 412 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00163721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3768  outer membrane porin HofQ  50.36 
 
 		 412 aa  399  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000640301  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3861  outer membrane porin HofQ  50.61 
 
 		 412 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000844499  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03243  predicted fimbrial transporter  50.36 
 
 		 412 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00734996  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03195  hypothetical protein  50.36 
 
 		 412 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0104711  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0322  outer membrane porin HofQ  51.53 
 
 		 386 aa  394  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000700239  normal  0.175294 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3687  outer membrane porin HofQ  52.36 
 
 		 389 aa  386  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00260345  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3794  outer membrane porin HofQ  52.23 
 
 		 426 aa  386  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3760  outer membrane porin HofQ  51.97 
 
 		 426 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00726017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3804  outer membrane porin HofQ  50.66 
 
 		 413 aa  367  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0625572  normal  0.855535 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  44.53 
 
 		 689 aa  342  5e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  42.4 
 
 		 547 aa  324  2e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  42.44 
 
 		 683 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  42.34 
 
 		 688 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  41.56 
 
 		 685 aa  319  5e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  42.34 
 
 		 683 aa  318  1e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  42.86 
 
 		 580 aa  317  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  42.44 
 
 		 684 aa  315  8e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  41.95 
 
 		 683 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  41.95 
 
 		 683 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  41.95 
 
 		 683 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  41.95 
 
 		 684 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  42.2 
 
 		 682 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  42.09 
 
 		 683 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  42.2 
 
 		 684 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  41.85 
 
 		 683 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  42.51 
 
 		 578 aa  312  7.999999999999999e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  41.95 
 
 		 684 aa  311  1e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  41.08 
 
 		 682 aa  311  1e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  41.32 
 
 		 682 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  39.95 
 
 		 706 aa  302  6.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00029  type IV pilus secretin PilQ  40.43 
 
 		 583 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3028  type IV pilus secretin PilQ  39.08 
 
 		 711 aa  282  6.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.390023  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  41.02 
 
 		 668 aa  280  5e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002326  type IV pilus biogenesis protein PilQ  40.43 
 
 		 582 aa  277  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000116776  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1879  fimbrial assembly protein PilQ  37.2 
 
 		 756 aa  276  4e-73  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000275793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0279  type IV pilus secretin PilQ  38.04 
 
 		 710 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.881103 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2169  type II and III secretion system protein  35.67 
 
 		 792 aa  273  6e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.29218  normal  0.574377 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1112  competence protein E  47.1 
 
 		 377 aa  270  4e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0144354  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0993  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  38.48 
 
 		 698 aa  270  5e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0962  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  38.48 
 
 		 698 aa  270  5e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0251  fimbrial assembly protein pilQ precursor  38.94 
 
 		 699 aa  258  1e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.215469  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2759  type IV pilus secretin PilQ  37.25 
 
 		 694 aa  258  2e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.354322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  37.26 
 
 		 692 aa  256  6e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  37.86 
 
 		 712 aa  256  7e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0785  type II and III secretion system protein  36.71 
 
 		 717 aa  256  7e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  37.5 
 
 		 704 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  36.28 
 
 		 696 aa  254  3e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  36.28 
 
 		 696 aa  253  5.000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  36.39 
 
 		 718 aa  252  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  36.98 
 
 		 710 aa  252  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  36.39 
 
 		 718 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  37.5 
 
 		 422 aa  249  7e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5577  type IV pilus secretin PilQ  35.47 
 
 		 716 aa  247  4e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515424 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0018  type IV pilus secretin PilQ  34.7 
 
 		 712 aa  246  4.9999999999999997e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  37.62 
 
 		 420 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  37.62 
 
 		 714 aa  243  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  36.77 
 
 		 721 aa  243  5e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  36.53 
 
 		 721 aa  243  5e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2457  type II and III secretion system protein  32.59 
 
 		 723 aa  242  7e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.345302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  34.73 
 
 		 630 aa  242  7.999999999999999e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  34.81 
 
 		 636 aa  242  7.999999999999999e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  34.7 
 
 		 715 aa  242  7.999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3109  fimbrial biogenesis protein  33.03 
 
 		 721 aa  241  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.157698 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  34.41 
 
 		 710 aa  241  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1144  type IV pilus secretin PilQ  34.93 
 
 		 714 aa  241  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  37.24 
 
 		 420 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  35.02 
 
 		 706 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  37.59 
 
 		 567 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  33.56 
 
 		 726 aa  238  2e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  37.34 
 
 		 591 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  34.7 
 
 		 729 aa  236  8e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0838  type IV pilus secretin PilQ  34.2 
 
 		 711 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673072  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0399  type IV pilus secretin PilQ  31.51 
 
 		 642 aa  234  3e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00359523 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  37.09 
 
 		 420 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66620  type 4 fimbrial biogenesis outer membrane protein PilQ precursor  34.83 
 
 		 710 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.601921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45260  secretion system protein  34.58 
 
 		 717 aa  232  9e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  34.31 
 
 		 946 aa  231  2e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0546  type IV pilus secretin PilQ  33.49 
 
 		 706 aa  230  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2687  peptidase M41, FtsH  33.92 
 
 		 727 aa  230  3e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00137304  normal  0.0272245 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3236  type IV pilus secretin PilQ  31.45 
 
 		 657 aa  229  5e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0831475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  36.21 
 
 		 874 aa  229  9e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  34.31 
 
 		 926 aa  228  1e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  34.08 
 
 		 944 aa  228  1e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  35.15 
 
 		 576 aa  227  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  35.24 
 
 		 462 aa  225  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  35.24 
 
 		 527 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  35.24 
 
 		 616 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  35.24 
 
 		 462 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>