More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal_1946 on replicon NC_009052
Organism: Shewanella baltica OS155



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  97.96 
 
 
491 aa  944    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570406  normal  0.0166215 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1946  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  100 
 
 
491 aa  999    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3917  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  53.51 
 
 
505 aa  545  1e-154  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3830  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  53.51 
 
 
505 aa  545  1e-154  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1778  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  49.04 
 
 
497 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0371241  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1528  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  49.04 
 
 
497 aa  450  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.633101  normal  0.0399661 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1948  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  49.04 
 
 
497 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118723 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1506  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  49.04 
 
 
497 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000419155 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1491  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  49.04 
 
 
497 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5069  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  44.31 
 
 
512 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240332 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003337  type III secretion system outer membrane pore YscC  35.09 
 
 
604 aa  287  2e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0054  type III secretion outer membrane pore YscC  33.14 
 
 
612 aa  286  5e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01700  hypothetical protein  35.09 
 
 
623 aa  279  8e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42350  Type III secretion outer membrane protein PscC precursor  32.13 
 
 
600 aa  256  8e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3088  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.15 
 
 
556 aa  221  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.994223 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3051  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  30.02 
 
 
514 aa  220  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.180372 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3208  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  30.02 
 
 
514 aa  220  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166938  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3103  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  30.02 
 
 
514 aa  220  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000610588 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3020  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  30.02 
 
 
514 aa  220  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0474  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.87 
 
 
683 aa  207  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4751  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.75 
 
 
680 aa  206  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.552593 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4149  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.12 
 
 
567 aa  205  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0153519 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4228  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.57 
 
 
681 aa  204  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3741  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.02 
 
 
678 aa  203  7e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452401  normal  0.0121623 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2192  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.76 
 
 
689 aa  202  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1907  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.01 
 
 
691 aa  195  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0179  type III secretion outer membrane protein MxiD  27.29 
 
 
566 aa  192  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0824989  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1389  outer-membrane type III secretion protein HrcC  27.54 
 
 
699 aa  192  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2997  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.09 
 
 
624 aa  192  1e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0874  Hrp conserved HRCC transmembrane protein  26.22 
 
 
568 aa  190  5e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.23962  normal  0.0136899 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2426  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.13 
 
 
666 aa  187  3e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5220  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.73 
 
 
637 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0828  type III secretion system protein BsaO  27.95 
 
 
619 aa  181  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0276407  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2175  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.46 
 
 
617 aa  179  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1200  outer-membrane type III secretion protein HrcC  27.14 
 
 
700 aa  169  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.138947 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03393  HrpA type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  35.42 
 
 
591 aa  168  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0777  type II/III secretion system protein  36.82 
 
 
605 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.296744  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5918  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35 
 
 
588 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.033473  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0648  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  36.52 
 
 
601 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.778085  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  36.67 
 
 
601 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2165  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  36.67 
 
 
599 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1602  type II/III secretion system protein  36.67 
 
 
599 aa  164  3e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0044992  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0666  type II/III secretion system protein  36.67 
 
 
599 aa  164  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1987  type II/III secretion system protein  36.67 
 
 
599 aa  164  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.76891  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5654  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  36.07 
 
 
589 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.741778  normal  0.0207457 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5871  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  36.07 
 
 
561 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3512  Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC  32.77 
 
 
681 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4854  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  32.77 
 
 
681 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0807881  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5430  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  32.77 
 
 
681 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128772  normal  0.061937 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3132  putative type III secretion hypersensitivity response secretion protein, HrcC/HrpA1- like  34.47 
 
 
736 aa  153  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15642  normal  0.0125341 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1985  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.17 
 
 
588 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1893  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.17 
 
 
588 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0418  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.17 
 
 
630 aa  146  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17202  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1544  type III secretion system protein BsaO  36.88 
 
 
606 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.643588  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0586  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  36.88 
 
 
339 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000694626  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2060  type III secretion system protein BsaO  36.88 
 
 
625 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.462668  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2087  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  36.88 
 
 
625 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0740  type III secretion system protein BsaO  36.88 
 
 
625 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.513099  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0023  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  34.8 
 
 
696 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  28.22 
 
 
1421 aa  96.7  9e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  28.04 
 
 
745 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  29.24 
 
 
682 aa  94.7  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  28.03 
 
 
711 aa  94.4  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  25.63 
 
 
686 aa  92  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  25.63 
 
 
686 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18620  type II and III secretion system protein  25.79 
 
 
602 aa  92.4  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  25.42 
 
 
686 aa  91.7  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  26.41 
 
 
703 aa  91.7  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  26.63 
 
 
662 aa  91.7  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  25.42 
 
 
686 aa  91.7  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  25.63 
 
 
686 aa  91.3  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  27.44 
 
 
689 aa  91.3  4e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  26.95 
 
 
508 aa  90.9  5e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  26.65 
 
 
750 aa  90.5  6e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  26.33 
 
 
654 aa  90.5  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  26.33 
 
 
650 aa  90.1  8e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  26.33 
 
 
654 aa  90.1  8e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  28.14 
 
 
791 aa  89.4  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  26.64 
 
 
870 aa  89.4  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  27.38 
 
 
506 aa  88.6  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  27.32 
 
 
670 aa  88.2  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  25.09 
 
 
578 aa  87.4  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  26.23 
 
 
640 aa  87.4  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4118  type II and III secretion system protein  28.02 
 
 
393 aa  87  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000089242 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3728  putative outer membrane porin HofQ  23.89 
 
 
500 aa  87  7e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000295342  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  26.95 
 
 
635 aa  87  7e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  28.14 
 
 
791 aa  87  7e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  28.12 
 
 
829 aa  87  8e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0224  putative outer membrane porin HofQ  24.6 
 
 
460 aa  86.7  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000817003  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  27.17 
 
 
630 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  26.44 
 
 
640 aa  85.9  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5868  type II/III secretion system family protein  24.54 
 
 
475 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.231603  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  26.54 
 
 
512 aa  86.3  0.000000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  29.14 
 
 
696 aa  85.9  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3967  putative outer membrane porin HofQ  24.6 
 
 
458 aa  86.3  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171425  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  27.64 
 
 
641 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  26.84 
 
 
681 aa  85.5  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  24.63 
 
 
424 aa  85.1  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1406  type II and III secretion system protein  29.45 
 
 
538 aa  85.1  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.7882  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  25.52 
 
 
413 aa  84.7  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>