More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_4854 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_5430  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  99.85 
 
 
681 aa  1383    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128772  normal  0.061937 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3512  Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC  100 
 
 
681 aa  1384    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174783  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3741  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  90.6 
 
 
678 aa  1236    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452401  normal  0.0121623 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4228  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  92.67 
 
 
681 aa  1254    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4751  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  93.98 
 
 
680 aa  1279    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.552593 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4854  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  100 
 
 
681 aa  1384    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0807881  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2165  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  39.53 
 
 
599 aa  379  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  39.23 
 
 
601 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0666  type II/III secretion system protein  39.53 
 
 
599 aa  379  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1602  type II/III secretion system protein  39.53 
 
 
599 aa  379  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0044992  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1987  type II/III secretion system protein  39.53 
 
 
599 aa  379  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.76891  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1985  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.94 
 
 
588 aa  375  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0418  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.77 
 
 
630 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17202  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1893  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.94 
 
 
588 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0648  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  38.89 
 
 
601 aa  372  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.778085  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0777  type II/III secretion system protein  38.6 
 
 
605 aa  370  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.296744  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0874  Hrp conserved HRCC transmembrane protein  35.43 
 
 
568 aa  353  7e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.23962  normal  0.0136899 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5918  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  34.64 
 
 
588 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.033473  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03393  HrpA type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  33 
 
 
591 aa  328  2.0000000000000001e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5871  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  33.96 
 
 
561 aa  319  9e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5654  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  34.58 
 
 
589 aa  318  3e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.741778  normal  0.0207457 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0474  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.39 
 
 
683 aa  263  1e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3132  putative type III secretion hypersensitivity response secretion protein, HrcC/HrpA1- like  30.68 
 
 
736 aa  259  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15642  normal  0.0125341 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0054  type III secretion outer membrane pore YscC  28.92 
 
 
612 aa  243  9e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003337  type III secretion system outer membrane pore YscC  27.95 
 
 
604 aa  229  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2997  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.25 
 
 
624 aa  228  3e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01700  hypothetical protein  27.88 
 
 
623 aa  223  9.999999999999999e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5220  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.56 
 
 
637 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5069  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.87 
 
 
512 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240332 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3917  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.24 
 
 
505 aa  195  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3830  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.24 
 
 
505 aa  195  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1389  outer-membrane type III secretion protein HrcC  26.51 
 
 
699 aa  182  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1946  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.36 
 
 
491 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.57 
 
 
491 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570406  normal  0.0166215 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1491  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.35 
 
 
497 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1778  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.35 
 
 
497 aa  176  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0371241  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1506  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.18 
 
 
497 aa  174  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000419155 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1948  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.18 
 
 
497 aa  174  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118723 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1528  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.32 
 
 
497 aa  174  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.633101  normal  0.0399661 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0023  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.03 
 
 
696 aa  172  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1200  outer-membrane type III secretion protein HrcC  27.7 
 
 
700 aa  172  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.138947 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3088  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.36 
 
 
556 aa  162  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.994223 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3051  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.36 
 
 
514 aa  162  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.180372 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3020  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.17 
 
 
514 aa  162  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3103  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.17 
 
 
514 aa  162  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000610588 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3208  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.17 
 
 
514 aa  162  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166938  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2192  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  25.3 
 
 
689 aa  160  6e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2426  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  33 
 
 
666 aa  159  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0179  type III secretion outer membrane protein MxiD  25.74 
 
 
566 aa  155  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0824989  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2175  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.4 
 
 
617 aa  154  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2087  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.83 
 
 
625 aa  154  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1544  type III secretion system protein BsaO  26.67 
 
 
606 aa  152  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.643588  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2060  type III secretion system protein BsaO  26.67 
 
 
625 aa  152  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.462668  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0828  type III secretion system protein BsaO  27.04 
 
 
619 aa  152  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0276407  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0740  type III secretion system protein BsaO  26.67 
 
 
625 aa  152  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.513099  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42350  Type III secretion outer membrane protein PscC precursor  31.44 
 
 
600 aa  148  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4149  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  25.46 
 
 
567 aa  138  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0153519 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5651  NolW domain-containing protein  28.8 
 
 
446 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0288442 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5868  type II/III secretion system family protein  29.34 
 
 
475 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.231603  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1907  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  23.86 
 
 
691 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0586  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.41 
 
 
339 aa  110  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000694626  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  30.07 
 
 
829 aa  103  9e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  24.92 
 
 
712 aa  92.8  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  27.48 
 
 
891 aa  91.3  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  23.08 
 
 
819 aa  90.1  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  27.45 
 
 
721 aa  88.2  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  27.45 
 
 
721 aa  88.2  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0785  type II and III secretion system protein  24.61 
 
 
717 aa  87.8  7e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113168  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.42 
 
 
874 aa  87.4  8e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  25.84 
 
 
944 aa  87  9e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2255  type II and III secretion system protein  23.77 
 
 
372 aa  86.7  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.936423  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0078  general secretion pathway protein D  25.73 
 
 
660 aa  87  0.000000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  26.78 
 
 
738 aa  85.9  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  25.29 
 
 
726 aa  85.9  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  23.97 
 
 
715 aa  85.9  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2096  type II and III secretion system family protein  24.3 
 
 
349 aa  85.5  0.000000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  24.84 
 
 
668 aa  84.7  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  26.01 
 
 
791 aa  84.3  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  27.06 
 
 
740 aa  84.3  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  27.53 
 
 
789 aa  84  0.000000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  26.67 
 
 
805 aa  84  0.000000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  26.58 
 
 
710 aa  84  0.000000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  25.58 
 
 
706 aa  83.2  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  26.47 
 
 
714 aa  83.2  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1406  type II and III secretion system protein  24.51 
 
 
538 aa  82.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.7882  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  24.89 
 
 
720 aa  82.8  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  25.42 
 
 
894 aa  82  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5921  type II/III secretion system family protein  23.73 
 
 
511 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0561262 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  26.91 
 
 
870 aa  82  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  26.3 
 
 
814 aa  82.4  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2687  peptidase M41, FtsH  26.79 
 
 
727 aa  81.6  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00137304  normal  0.0272245 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  26.19 
 
 
807 aa  81.6  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  23.15 
 
 
696 aa  80.9  0.00000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  26.89 
 
 
864 aa  81.3  0.00000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  26.4 
 
 
775 aa  80.5  0.00000000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  24.23 
 
 
710 aa  80.5  0.00000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0883  type IV pilus secretin PilQ  26.13 
 
 
784 aa  80.5  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.126317  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  23.38 
 
 
987 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  22.28 
 
 
748 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  26.2 
 
 
787 aa  79.7  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0549216 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>