More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3936 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  77.55 
 
 		 757 aa  1085    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 791 aa  1568    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  79.68 
 
 		 787 aa  1085    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  77.55 
 
 		 757 aa  1085    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  72.25 
 
 		 717 aa  994    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  77.55 
 
 		 757 aa  1085    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  77.88 
 
 		 750 aa  1078    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  78.5 
 
 		 781 aa  1062    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  76.93 
 
 		 744 aa  1048    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  77.55 
 
 		 757 aa  1085    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  76.4 
 
 		 775 aa  1070    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  91.58 
 
 		 814 aa  1368    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  78.74 
 
 		 780 aa  1082    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  51.19 
 
 		 783 aa  635    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  79.3 
 
 		 774 aa  1074    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  77.69 
 
 		 757 aa  1086    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  77.82 
 
 		 757 aa  1087    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  78.18 
 
 		 771 aa  1070    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  78.22 
 
 		 777 aa  1080    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  79.3 
 
 		 774 aa  1074    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  51.54 
 
 		 805 aa  620  1e-176  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  49.57 
 
 		 803 aa  615  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  49.02 
 
 		 807 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  50.78 
 
 		 804 aa  579  1e-164  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  44.53 
 
 		 781 aa  527  1e-148  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  44.8 
 
 		 781 aa  526  1e-148  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  43.77 
 
 		 747 aa  517  1.0000000000000001e-145  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  45.31 
 
 		 736 aa  515  1e-144  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  44.93 
 
 		 728 aa  511  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  44.7 
 
 		 753 aa  509  1e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  44.21 
 
 		 783 aa  511  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  42.75 
 
 		 740 aa  511  1e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  41.03 
 
 		 787 aa  503  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  43.25 
 
 		 738 aa  498  1e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  42.61 
 
 		 789 aa  492  1e-137  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  42.62 
 
 		 803 aa  486  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  42.84 
 
 		 803 aa  482  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  40.93 
 
 		 793 aa  434  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  32.8 
 
 		 673 aa  327  7e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  51.83 
 
 		 810 aa  308  2.0000000000000002e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  33.91 
 
 		 682 aa  304  4.0000000000000003e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  31.48 
 
 		 662 aa  301  3e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  32.21 
 
 		 675 aa  300  6e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  47.75 
 
 		 702 aa  299  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  30.49 
 
 		 791 aa  292  1e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  30.52 
 
 		 791 aa  293  1e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  31.54 
 
 		 750 aa  291  4e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  32.36 
 
 		 634 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  32.94 
 
 		 645 aa  284  5.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  30.92 
 
 		 703 aa  283  8.000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  45.07 
 
 		 774 aa  279  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  31.89 
 
 		 748 aa  272  2e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  31.42 
 
 		 710 aa  268  2e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  30.48 
 
 		 650 aa  254  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  30.64 
 
 		 641 aa  246  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  29.08 
 
 		 732 aa  245  1.9999999999999999e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  29.01 
 
 		 892 aa  241  4e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  30.4 
 
 		 632 aa  239  2e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.84 
 
 		 636 aa  237  8e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0720  general secretion pathway protein D  29.52 
 
 		 904 aa  219  1e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.566529  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0721  general secretion pathway protein D  29.3 
 
 		 902 aa  219  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.451172  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  38.81 
 
 		 655 aa  214  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  39.61 
 
 		 776 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  29.88 
 
 		 696 aa  214  7e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  31.66 
 
 		 686 aa  212  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  31.66 
 
 		 686 aa  212  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  31.66 
 
 		 686 aa  212  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  28.4 
 
 		 780 aa  212  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  31.66 
 
 		 686 aa  212  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  42.22 
 
 		 758 aa  212  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  31.49 
 
 		 686 aa  211  5e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  39.48 
 
 		 670 aa  209  1e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0686  type II and III secretion system protein  28.71 
 
 		 897 aa  207  4e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.433191  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  43.87 
 
 		 748 aa  206  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  37.99 
 
 		 689 aa  206  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  37.25 
 
 		 681 aa  205  3e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  39.89 
 
 		 649 aa  205  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  36.77 
 
 		 697 aa  201  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0742  type II and III secretion system protein  28.03 
 
 		 773 aa  200  9e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  40.43 
 
 		 658 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  40.75 
 
 		 658 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  39.81 
 
 		 635 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  39 
 
 		 716 aa  198  4.0000000000000005e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  38.44 
 
 		 650 aa  197  7e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  36.32 
 
 		 658 aa  196  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  28.63 
 
 		 751 aa  193  9e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  38.28 
 
 		 724 aa  192  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  30.1 
 
 		 666 aa  190  8e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3010  type II and III secretion system protein  28.12 
 
 		 774 aa  189  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  35.81 
 
 		 672 aa  189  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  37.46 
 
 		 714 aa  189  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  38.63 
 
 		 654 aa  186  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  37.6 
 
 		 704 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  34.37 
 
 		 703 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  37.12 
 
 		 706 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  37.88 
 
 		 703 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  38.66 
 
 		 650 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  37.6 
 
 		 704 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  38.66 
 
 		 654 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  39.81 
 
 		 630 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>