More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1277 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 751 aa  1493    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  56.22 
 
 		 767 aa  769    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3010  type II and III secretion system protein  54.46 
 
 		 774 aa  755    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  60.11 
 
 		 780 aa  870    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0742  type II and III secretion system protein  66.84 
 
 		 773 aa  968    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1587  general secretion pathway protein D  39.85 
 
 		 801 aa  481  1e-134  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.089404 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  39.7 
 
 		 803 aa  474  1e-132  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0909  general secretion pathway protein D  51.17 
 
 		 805 aa  372  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  32.55 
 
 		 833 aa  336  9e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  30.48 
 
 		 720 aa  327  4.0000000000000003e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 		 681 aa  326  8.000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  31.05 
 
 		 829 aa  320  9e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  30.04 
 
 		 819 aa  310  6.999999999999999e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  32.15 
 
 		 745 aa  303  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  31.61 
 
 		 763 aa  299  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  30.52 
 
 		 775 aa  288  2e-76  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  29.96 
 
 		 775 aa  286  8e-76  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02686  general secretion pathway protein D  30.49 
 
 		 766 aa  285  3.0000000000000004e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.91159  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  31.14 
 
 		 733 aa  276  8e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0885  general secretion pathway protein D  30.12 
 
 		 756 aa  261  5.0000000000000005e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1518  general secretion pathway protein D  29.73 
 
 		 772 aa  256  9e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.22323  normal  0.534897 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  30.59 
 
 		 686 aa  238  2e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1791  general secretion pathway protein D  40.06 
 
 		 784 aa  219  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  39.74 
 
 		 779 aa  212  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0993324 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  30.66 
 
 		 771 aa  204  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  30.65 
 
 		 777 aa  204  6e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  29.58 
 
 		 744 aa  203  9e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  35.28 
 
 		 797 aa  201  6e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  29.13 
 
 		 717 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  36.72 
 
 		 794 aa  197  8.000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  28.65 
 
 		 757 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  28.82 
 
 		 750 aa  191  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  28.82 
 
 		 757 aa  191  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  28.82 
 
 		 757 aa  190  9e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  28.82 
 
 		 757 aa  190  9e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  28.82 
 
 		 757 aa  190  9e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  28.82 
 
 		 757 aa  190  9e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  25.85 
 
 		 789 aa  184  7e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  27.5 
 
 		 787 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  28.28 
 
 		 783 aa  181  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  27.59 
 
 		 728 aa  180  7e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  28.74 
 
 		 803 aa  179  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  25.92 
 
 		 752 aa  177  6e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  27.07 
 
 		 740 aa  176  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  28.02 
 
 		 807 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  27.18 
 
 		 814 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  26.33 
 
 		 747 aa  174  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  27.04 
 
 		 738 aa  172  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  27.01 
 
 		 787 aa  172  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  34.06 
 
 		 751 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  25.57 
 
 		 793 aa  166  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  26.55 
 
 		 804 aa  165  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  25.04 
 
 		 641 aa  165  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  25.85 
 
 		 750 aa  164  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  36.13 
 
 		 793 aa  164  7e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  25.58 
 
 		 803 aa  164  7e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  25.72 
 
 		 803 aa  161  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  26.37 
 
 		 805 aa  160  7e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  26.99 
 
 		 783 aa  160  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  25.62 
 
 		 736 aa  160  8e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  26.61 
 
 		 748 aa  156  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  25.56 
 
 		 781 aa  155  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  25.9 
 
 		 753 aa  155  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  25.18 
 
 		 781 aa  154  7e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  31.91 
 
 		 776 aa  151  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3020  Type II secretory pathway component PulD-like protein  26.38 
 
 		 696 aa  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000150174  decreased coverage  0.00000000799268 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  25.94 
 
 		 682 aa  143  9e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  24.18 
 
 		 696 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2639  type II and III secretion system protein  24.12 
 
 		 733 aa  142  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0449107  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  31.23 
 
 		 781 aa  140  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  24.74 
 
 		 650 aa  138  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  24.08 
 
 		 655 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  30.38 
 
 		 775 aa  138  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  27.83 
 
 		 655 aa  138  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  24.59 
 
 		 654 aa  138  5e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0078  general secretion pathway protein D  23.7 
 
 		 660 aa  137  6.0000000000000005e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  24.66 
 
 		 654 aa  135  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  30.27 
 
 		 780 aa  135  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  22.94 
 
 		 711 aa  135  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  33.56 
 
 		 716 aa  135  3.9999999999999996e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  31.74 
 
 		 774 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  31.74 
 
 		 774 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  26.44 
 
 		 704 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  29.47 
 
 		 702 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2608  general secretion pathway protein D  25.65 
 
 		 842 aa  129  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.162892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  29.32 
 
 		 810 aa  128  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  24.41 
 
 		 710 aa  128  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  23.93 
 
 		 703 aa  127  6e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  25.32 
 
 		 705 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  26.61 
 
 		 705 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  30.32 
 
 		 660 aa  126  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  26.27 
 
 		 892 aa  126  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  25.04 
 
 		 689 aa  125  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  26.96 
 
 		 710 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  29.41 
 
 		 686 aa  125  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  26.18 
 
 		 799 aa  125  3e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  29.41 
 
 		 686 aa  125  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  29.41 
 
 		 686 aa  125  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  29.41 
 
 		 686 aa  125  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  25.92 
 
 		 705 aa  125  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>