More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3307 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 763 aa  1542    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  92.29 
 
 		 776 aa  1285    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  68.96 
 
 		 745 aa  1013    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  35.24 
 
 		 775 aa  458  1e-127  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  36.31 
 
 		 775 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  38.7 
 
 		 733 aa  446  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  36.14 
 
 		 833 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 		 819 aa  348  3e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  32.54 
 
 		 829 aa  331  3e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  33.38 
 
 		 780 aa  323  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  31.32 
 
 		 681 aa  322  1.9999999999999998e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  32.61 
 
 		 720 aa  315  9.999999999999999e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0742  type II and III secretion system protein  31.57 
 
 		 773 aa  308  2.0000000000000002e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  32.32 
 
 		 751 aa  306  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3010  type II and III secretion system protein  31.43 
 
 		 774 aa  296  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  31.79 
 
 		 767 aa  289  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  31 
 
 		 803 aa  281  2e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02686  general secretion pathway protein D  40.43 
 
 		 766 aa  278  3e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.91159  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1587  general secretion pathway protein D  30.62 
 
 		 801 aa  277  5e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.089404 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0885  general secretion pathway protein D  28.01 
 
 		 756 aa  235  3e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1518  general secretion pathway protein D  28.04 
 
 		 772 aa  233  8.000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.22323  normal  0.534897 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  36.93 
 
 		 794 aa  184  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  35.79 
 
 		 686 aa  174  5.999999999999999e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  26.78 
 
 		 783 aa  171  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  34.73 
 
 		 751 aa  171  4e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  25 
 
 		 803 aa  171  4e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  25.34 
 
 		 807 aa  171  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  24.34 
 
 		 752 aa  166  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  34.55 
 
 		 779 aa  165  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0993324 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  25.28 
 
 		 789 aa  161  4e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  24.45 
 
 		 711 aa  161  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  26.47 
 
 		 783 aa  160  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  31.51 
 
 		 793 aa  160  7e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  25.66 
 
 		 804 aa  159  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  26.5 
 
 		 728 aa  158  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3020  Type II secretory pathway component PulD-like protein  32.23 
 
 		 696 aa  157  6e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000150174  decreased coverage  0.00000000799268 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  24.46 
 
 		 793 aa  155  2.9999999999999998e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  26.26 
 
 		 814 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  24.17 
 
 		 738 aa  155  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  32.89 
 
 		 641 aa  154  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  26.11 
 
 		 682 aa  152  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  26.34 
 
 		 777 aa  151  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  26.63 
 
 		 771 aa  151  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2639  type II and III secretion system protein  25.58 
 
 		 733 aa  150  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0449107  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  33.22 
 
 		 635 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  34.06 
 
 		 915 aa  148  4.0000000000000006e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  31.75 
 
 		 799 aa  144  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0909  general secretion pathway protein D  30 
 
 		 805 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  23.67 
 
 		 781 aa  141  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  25.71 
 
 		 696 aa  141  4.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  24.93 
 
 		 740 aa  141  6e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  23.67 
 
 		 781 aa  140  7e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  31.06 
 
 		 724 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  32.5 
 
 		 710 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  23.95 
 
 		 803 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  31.94 
 
 		 668 aa  139  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  33.8 
 
 		 662 aa  138  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  23.69 
 
 		 703 aa  137  9e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  33.01 
 
 		 706 aa  136  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  32.09 
 
 		 700 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  32.09 
 
 		 700 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  32.01 
 
 		 721 aa  135  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  32.01 
 
 		 721 aa  135  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  32.79 
 
 		 714 aa  135  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  33 
 
 		 630 aa  135  3.9999999999999996e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  29.17 
 
 		 944 aa  135  3.9999999999999996e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  31.27 
 
 		 705 aa  134  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  30.67 
 
 		 787 aa  134  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  30.13 
 
 		 710 aa  134  9e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3028  type IV pilus secretin PilQ  31.37 
 
 		 711 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.390023  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0993  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  30.16 
 
 		 698 aa  133  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0962  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  30.16 
 
 		 698 aa  133  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  31.37 
 
 		 714 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  31.97 
 
 		 636 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  22.03 
 
 		 750 aa  132  3e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  31.89 
 
 		 703 aa  132  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0252  type IV pilus secretin PilQ  31.44 
 
 		 1269 aa  131  5.0000000000000004e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.760209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  30.86 
 
 		 705 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  30.4 
 
 		 689 aa  131  5.0000000000000004e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  31.89 
 
 		 704 aa  131  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  30.89 
 
 		 702 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  31.21 
 
 		 797 aa  130  8.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  31.29 
 
 		 704 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  30.56 
 
 		 640 aa  130  9.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  30.56 
 
 		 640 aa  130  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  30.56 
 
 		 705 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0720  general secretion pathway protein D  28.7 
 
 		 904 aa  130  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.566529  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  31.1 
 
 		 874 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  30.98 
 
 		 706 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  30.56 
 
 		 640 aa  130  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  31.6 
 
 		 710 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  28.88 
 
 		 805 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  30.57 
 
 		 706 aa  129  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0721  general secretion pathway protein D  27.51 
 
 		 902 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.451172  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  23.44 
 
 		 791 aa  129  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  30.51 
 
 		 707 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  28.81 
 
 		 660 aa  129  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  31.58 
 
 		 702 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  31.8 
 
 		 640 aa  129  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  30.34 
 
 		 703 aa  129  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>