More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3619 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  51.45 
 
 		 686 aa  655    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  86.44 
 
 		 705 aa  1245    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  56.78 
 
 		 697 aa  783    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  84.87 
 
 		 704 aa  1209    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  88.94 
 
 		 724 aa  1274    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  57.34 
 
 		 681 aa  765    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  51.45 
 
 		 686 aa  655    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  56.05 
 
 		 662 aa  718    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  89.93 
 
 		 710 aa  1242    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  83.94 
 
 		 703 aa  1194    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 707 aa  1433    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  51.45 
 
 		 686 aa  655    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  85.29 
 
 		 702 aa  1205    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  85.05 
 
 		 706 aa  1215    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  57.46 
 
 		 675 aa  758    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  86.86 
 
 		 705 aa  1255    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  55.11 
 
 		 672 aa  722    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  55.59 
 
 		 674 aa  720    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  84.64 
 
 		 705 aa  1189    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  56.99 
 
 		 658 aa  723    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  85.09 
 
 		 704 aa  1214    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  84.09 
 
 		 703 aa  1178    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  55.9 
 
 		 689 aa  738    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  86.51 
 
 		 700 aa  1226    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  51.6 
 
 		 686 aa  654    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  90.47 
 
 		 714 aa  1282    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  86.51 
 
 		 700 aa  1226    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  51.29 
 
 		 686 aa  652    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  80.74 
 
 		 710 aa  1156    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  51.59 
 
 		 640 aa  619  1e-176  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  51.18 
 
 		 640 aa  615  9.999999999999999e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  48.36 
 
 		 655 aa  568  1e-160  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  46.3 
 
 		 650 aa  556  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  46.15 
 
 		 654 aa  556  1e-157  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  46.07 
 
 		 654 aa  553  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  45.58 
 
 		 660 aa  501  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  39.69 
 
 		 640 aa  468  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  39.69 
 
 		 640 aa  468  9.999999999999999e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  39.53 
 
 		 640 aa  467  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  38.75 
 
 		 655 aa  414  1e-114  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  38.32 
 
 		 673 aa  406  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  35.06 
 
 		 670 aa  397  1e-109  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  37.04 
 
 		 645 aa  362  2e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  33.73 
 
 		 666 aa  356  7.999999999999999e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  35.66 
 
 		 658 aa  350  4e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  36.14 
 
 		 658 aa  350  7e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  35.34 
 
 		 748 aa  343  5.999999999999999e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  35.4 
 
 		 725 aa  337  5e-91  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  58.03 
 
 		 714 aa  336  7.999999999999999e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  36.25 
 
 		 634 aa  334  3e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  35.29 
 
 		 650 aa  332  1e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  34.44 
 
 		 776 aa  332  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  34.86 
 
 		 703 aa  330  5.0000000000000004e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  31.71 
 
 		 696 aa  327  3e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  57.04 
 
 		 716 aa  326  8.000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  34.37 
 
 		 758 aa  325  2e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  35.41 
 
 		 649 aa  318  2e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  36.6 
 
 		 650 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  31.08 
 
 		 750 aa  303  9e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  32.85 
 
 		 740 aa  296  8e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  31.93 
 
 		 738 aa  290  4e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  30.61 
 
 		 791 aa  287  5e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  30.61 
 
 		 791 aa  286  1.0000000000000001e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  30.15 
 
 		 783 aa  283  8.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  31.46 
 
 		 805 aa  280  5e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  32.97 
 
 		 793 aa  278  2e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  31.35 
 
 		 747 aa  278  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  32.81 
 
 		 736 aa  276  8e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  31.27 
 
 		 807 aa  276  8e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  30.32 
 
 		 717 aa  274  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  31.47 
 
 		 803 aa  272  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  30.15 
 
 		 781 aa  272  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  30.03 
 
 		 728 aa  270  5.9999999999999995e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  31.93 
 
 		 702 aa  270  7e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  30.5 
 
 		 781 aa  270  7e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  31.34 
 
 		 753 aa  269  1e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  30.97 
 
 		 783 aa  269  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  32.74 
 
 		 748 aa  268  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  31.01 
 
 		 732 aa  268  2e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  31.53 
 
 		 774 aa  265  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  31.82 
 
 		 799 aa  256  1.0000000000000001e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  32.93 
 
 		 584 aa  253  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  32.63 
 
 		 584 aa  249  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  29.36 
 
 		 804 aa  243  7e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  29.68 
 
 		 641 aa  243  1e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  30.3 
 
 		 635 aa  238  2e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  29.41 
 
 		 636 aa  229  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  29.83 
 
 		 630 aa  229  1e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  30.61 
 
 		 632 aa  225  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  40.95 
 
 		 810 aa  224  4e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  37.53 
 
 		 787 aa  218  4e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  27.07 
 
 		 648 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  37.95 
 
 		 584 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  40.96 
 
 		 781 aa  209  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03176  general secretory pathway component, cryptic  49.74 
 
 		 338 aa  207  5e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0985911  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  38.69 
 
 		 771 aa  207  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03127  hypothetical protein  49.74 
 
 		 338 aa  207  5e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0771412  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  38.69 
 
 		 777 aa  207  7e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  38.18 
 
 		 775 aa  205  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  38.23 
 
 		 682 aa  204  5e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>