More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3175 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  58.06 
 
 		 793 aa  747    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 783 aa  1559    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  66.67 
 
 		 803 aa  929    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  66.83 
 
 		 803 aa  938    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  44.79 
 
 		 781 aa  533  1e-150  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  44.66 
 
 		 781 aa  528  1e-148  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  43.06 
 
 		 738 aa  521  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  44.72 
 
 		 740 aa  513  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  45.2 
 
 		 728 aa  511  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  44.34 
 
 		 717 aa  509  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  42.6 
 
 		 747 aa  509  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  41.94 
 
 		 787 aa  506  9.999999999999999e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  43.77 
 
 		 753 aa  505  1e-141  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  43.25 
 
 		 736 aa  501  1e-140  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  41.39 
 
 		 789 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  41.98 
 
 		 805 aa  491  1e-137  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  43.29 
 
 		 814 aa  492  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  42.25 
 
 		 783 aa  491  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  43.48 
 
 		 757 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  43.33 
 
 		 757 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  41.69 
 
 		 803 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  43.33 
 
 		 757 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  43.33 
 
 		 757 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  43.33 
 
 		 757 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  43.33 
 
 		 750 aa  486  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  43.33 
 
 		 757 aa  486  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  41.86 
 
 		 807 aa  488  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  44.3 
 
 		 771 aa  482  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  43.17 
 
 		 744 aa  483  1e-135  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  42.61 
 
 		 775 aa  484  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  43.4 
 
 		 787 aa  481  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  44.3 
 
 		 777 aa  481  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  42.43 
 
 		 804 aa  475  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  34.45 
 
 		 673 aa  357  5.999999999999999e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  34.57 
 
 		 655 aa  344  4e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  34.18 
 
 		 750 aa  333  8e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  50.86 
 
 		 702 aa  315  2.9999999999999996e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  34.57 
 
 		 650 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  32.55 
 
 		 725 aa  305  3.0000000000000004e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  30.88 
 
 		 703 aa  303  7.000000000000001e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  32.17 
 
 		 776 aa  299  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  30.55 
 
 		 675 aa  295  3e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  35.02 
 
 		 645 aa  294  5e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  30.36 
 
 		 791 aa  293  6e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  30.36 
 
 		 791 aa  293  7e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  49.13 
 
 		 810 aa  293  9e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  31.31 
 
 		 758 aa  287  5.999999999999999e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  31.19 
 
 		 748 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  30.95 
 
 		 641 aa  283  8.000000000000001e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  32.01 
 
 		 682 aa  283  9e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  30.9 
 
 		 658 aa  283  1e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  30.73 
 
 		 672 aa  280  5e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  29.1 
 
 		 681 aa  273  9e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  31.2 
 
 		 724 aa  273  9e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  43.27 
 
 		 791 aa  271  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  30.65 
 
 		 710 aa  270  7e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  31.62 
 
 		 674 aa  268  2.9999999999999995e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  29.9 
 
 		 704 aa  267  4e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  30.95 
 
 		 710 aa  266  8e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  31.45 
 
 		 716 aa  266  2e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  32.43 
 
 		 634 aa  265  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  28.98 
 
 		 689 aa  265  3e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  31.07 
 
 		 584 aa  265  3e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  30.5 
 
 		 705 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  29.29 
 
 		 648 aa  263  1e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  30.31 
 
 		 703 aa  263  1e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  30.97 
 
 		 707 aa  259  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  31.2 
 
 		 632 aa  255  2.0000000000000002e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  28.75 
 
 		 697 aa  255  2.0000000000000002e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  29.88 
 
 		 636 aa  252  2e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  28.28 
 
 		 662 aa  249  1e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  50.75 
 
 		 780 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  50.75 
 
 		 774 aa  248  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  50.75 
 
 		 774 aa  248  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  28.77 
 
 		 635 aa  248  4.9999999999999997e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  50.77 
 
 		 781 aa  247  8e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  29.76 
 
 		 650 aa  245  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  29.88 
 
 		 748 aa  245  1.9999999999999999e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  29.76 
 
 		 654 aa  244  3e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  31.05 
 
 		 892 aa  244  6e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  29.88 
 
 		 654 aa  242  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  27.41 
 
 		 640 aa  232  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  27.41 
 
 		 640 aa  232  2e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  27.41 
 
 		 640 aa  232  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  29.21 
 
 		 660 aa  229  1e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  27.75 
 
 		 655 aa  228  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  44.06 
 
 		 670 aa  226  9e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  43.43 
 
 		 774 aa  226  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  26.09 
 
 		 799 aa  222  1.9999999999999999e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  28.41 
 
 		 686 aa  220  7.999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  28.41 
 
 		 686 aa  220  8.999999999999998e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  28.41 
 
 		 686 aa  220  8.999999999999998e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  28.41 
 
 		 686 aa  219  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  28.41 
 
 		 686 aa  219  2e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0686  type II and III secretion system protein  29.07 
 
 		 897 aa  211  3e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.433191  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0721  general secretion pathway protein D  28.75 
 
 		 902 aa  205  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.451172  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  40.84 
 
 		 650 aa  204  7e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  39.04 
 
 		 705 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  38.46 
 
 		 706 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  39.23 
 
 		 703 aa  202  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>