More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1073 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  55.75 
 
 		 787 aa  753    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  60.66 
 
 		 781 aa  794    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  56.3 
 
 		 738 aa  742    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 774 aa  1527    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  55.03 
 
 		 702 aa  723    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  58.87 
 
 		 747 aa  766    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  60.37 
 
 		 781 aa  791    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  51.84 
 
 		 753 aa  637    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  59.76 
 
 		 740 aa  815    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  52.12 
 
 		 736 aa  624  1e-177  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  47.46 
 
 		 783 aa  598  1e-170  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  46.43 
 
 		 804 aa  567  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  46.4 
 
 		 807 aa  565  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  46.44 
 
 		 803 aa  559  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  45.45 
 
 		 805 aa  555  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  45.64 
 
 		 744 aa  533  1e-150  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  43.22 
 
 		 717 aa  526  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  44.92 
 
 		 728 aa  519  1e-146  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  44.6 
 
 		 757 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  44.6 
 
 		 757 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  44.6 
 
 		 757 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  44.6 
 
 		 757 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  44.6 
 
 		 757 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  44.46 
 
 		 750 aa  514  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  42.31 
 
 		 775 aa  513  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  44.46 
 
 		 757 aa  513  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  41.31 
 
 		 814 aa  510  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  42.8 
 
 		 771 aa  502  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  43.01 
 
 		 787 aa  501  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  41.26 
 
 		 791 aa  496  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  42.88 
 
 		 789 aa  495  9.999999999999999e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  43.34 
 
 		 793 aa  495  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  39.11 
 
 		 803 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  40.25 
 
 		 803 aa  490  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  41.81 
 
 		 777 aa  489  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  41.62 
 
 		 783 aa  479  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  61.93 
 
 		 810 aa  430  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  33.28 
 
 		 655 aa  350  4e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  32.35 
 
 		 673 aa  340  8e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  32.74 
 
 		 670 aa  322  1.9999999999999998e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  32.7 
 
 		 750 aa  308  2.0000000000000002e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  31.17 
 
 		 666 aa  306  1.0000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  34.89 
 
 		 725 aa  301  2e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  31.99 
 
 		 732 aa  295  2e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  32.94 
 
 		 645 aa  294  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  34.53 
 
 		 650 aa  293  6e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  32.15 
 
 		 649 aa  293  8e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  31.22 
 
 		 681 aa  292  2e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  31.49 
 
 		 689 aa  291  3e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  32.73 
 
 		 703 aa  288  2e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  44.35 
 
 		 780 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  46.13 
 
 		 774 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  46.13 
 
 		 774 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  32.47 
 
 		 748 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  31.19 
 
 		 703 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  30.65 
 
 		 686 aa  284  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  45.03 
 
 		 781 aa  284  6.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  30.65 
 
 		 686 aa  283  7.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  30.65 
 
 		 686 aa  283  7.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  30.65 
 
 		 686 aa  283  8.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  30.51 
 
 		 686 aa  282  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  30.69 
 
 		 799 aa  282  1e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  32.49 
 
 		 776 aa  281  4e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  30.98 
 
 		 697 aa  279  1e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  31.29 
 
 		 662 aa  278  2e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  31.59 
 
 		 650 aa  278  3e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  31.28 
 
 		 707 aa  278  4e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  32.43 
 
 		 682 aa  277  6e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  30.75 
 
 		 703 aa  276  8e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  31.33 
 
 		 705 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  30.61 
 
 		 710 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  30.18 
 
 		 704 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  31.03 
 
 		 704 aa  275  3e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  32.13 
 
 		 635 aa  274  4.0000000000000004e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  33.69 
 
 		 658 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  31.48 
 
 		 705 aa  274  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  30.67 
 
 		 705 aa  273  9e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  30.56 
 
 		 702 aa  273  1e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  31.96 
 
 		 758 aa  272  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  32.13 
 
 		 634 aa  272  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  30.14 
 
 		 700 aa  272  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  30.14 
 
 		 700 aa  272  2e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  30.8 
 
 		 706 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  31.12 
 
 		 791 aa  268  2e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  30.97 
 
 		 791 aa  268  2.9999999999999995e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  31.16 
 
 		 748 aa  268  2.9999999999999995e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  31.55 
 
 		 641 aa  268  4e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  32.28 
 
 		 658 aa  267  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  30.71 
 
 		 714 aa  265  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  31.31 
 
 		 675 aa  265  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  31.34 
 
 		 710 aa  265  2e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  30.29 
 
 		 724 aa  265  3e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  30.57 
 
 		 658 aa  264  4.999999999999999e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  33.12 
 
 		 636 aa  264  4.999999999999999e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  31.04 
 
 		 672 aa  261  3e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  32.65 
 
 		 632 aa  261  4e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  32.03 
 
 		 648 aa  254  4.0000000000000004e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  30.63 
 
 		 650 aa  253  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  31.03 
 
 		 674 aa  252  2e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  30.49 
 
 		 654 aa  252  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>