More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03956 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  53.44 
 
 		 686 aa  676    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  53.44 
 
 		 686 aa  674    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  55.83 
 
 		 705 aa  748    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  55.72 
 
 		 705 aa  746    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  65.82 
 
 		 697 aa  892    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  56.62 
 
 		 704 aa  763    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  56.36 
 
 		 658 aa  738    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  53.59 
 
 		 686 aa  677    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  56.18 
 
 		 704 aa  757    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  56.68 
 
 		 702 aa  755    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  56.02 
 
 		 672 aa  743    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  55.21 
 
 		 674 aa  706    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  56.89 
 
 		 707 aa  735    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  55.54 
 
 		 662 aa  721    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  56.36 
 
 		 705 aa  733    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  55.65 
 
 		 724 aa  742    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  55.56 
 
 		 714 aa  737    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  56.78 
 
 		 675 aa  746    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  57.06 
 
 		 703 aa  760    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  55.72 
 
 		 706 aa  745    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  75.99 
 
 		 689 aa  1059    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  56.83 
 
 		 700 aa  751    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  55.78 
 
 		 710 aa  722    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  56.83 
 
 		 700 aa  751    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  56.55 
 
 		 703 aa  752    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  55.89 
 
 		 710 aa  738    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  53.28 
 
 		 686 aa  672    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 681 aa  1380    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  53.44 
 
 		 686 aa  676    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  47.57 
 
 		 640 aa  570  1e-161  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  48.68 
 
 		 640 aa  566  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  47.96 
 
 		 655 aa  561  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  43.96 
 
 		 650 aa  512  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  43.97 
 
 		 654 aa  511  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  43.8 
 
 		 654 aa  510  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  43.15 
 
 		 660 aa  493  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  41.48 
 
 		 640 aa  485  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  41.32 
 
 		 640 aa  484  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  41.48 
 
 		 640 aa  485  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  39.38 
 
 		 655 aa  418  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  36.74 
 
 		 673 aa  398  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  36.68 
 
 		 670 aa  382  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  35.93 
 
 		 666 aa  378  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  37.66 
 
 		 658 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  37.19 
 
 		 650 aa  371  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  38.92 
 
 		 645 aa  362  1e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  36.45 
 
 		 658 aa  362  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  36.62 
 
 		 703 aa  351  2e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  36.53 
 
 		 776 aa  350  5e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  37.66 
 
 		 725 aa  343  5.999999999999999e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  32.98 
 
 		 696 aa  338  9.999999999999999e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  35.4 
 
 		 634 aa  335  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  36.6 
 
 		 649 aa  332  1e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  34.66 
 
 		 758 aa  332  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  36.07 
 
 		 650 aa  330  4e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  35.62 
 
 		 748 aa  324  3e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  31.76 
 
 		 750 aa  305  2.0000000000000002e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  53.36 
 
 		 714 aa  304  4.0000000000000003e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  33.05 
 
 		 717 aa  301  4e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  31.71 
 
 		 732 aa  298  2e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  31.06 
 
 		 791 aa  298  3e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  54.96 
 
 		 716 aa  298  3e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  33.19 
 
 		 793 aa  296  7e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  30.92 
 
 		 791 aa  295  2e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  32.56 
 
 		 738 aa  293  5e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  31.97 
 
 		 787 aa  290  6e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  31.49 
 
 		 736 aa  289  9e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  31.29 
 
 		 789 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  31.78 
 
 		 682 aa  283  7.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  30.81 
 
 		 783 aa  282  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  31.53 
 
 		 805 aa  281  3e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  32.64 
 
 		 748 aa  278  3e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  31.76 
 
 		 747 aa  278  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  30.31 
 
 		 728 aa  277  6e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  31.26 
 
 		 753 aa  275  1.0000000000000001e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  33.76 
 
 		 584 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  28.97 
 
 		 783 aa  274  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  33.01 
 
 		 584 aa  273  1e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  31.55 
 
 		 740 aa  271  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  31.47 
 
 		 774 aa  263  8e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  31.33 
 
 		 807 aa  263  8e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  32.85 
 
 		 584 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  32.74 
 
 		 641 aa  263  1e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  30.91 
 
 		 803 aa  261  3e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  31.65 
 
 		 702 aa  259  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  31.72 
 
 		 799 aa  259  1e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  31.13 
 
 		 781 aa  254  3e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  30.9 
 
 		 781 aa  253  6e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  29.44 
 
 		 804 aa  248  4e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  31.17 
 
 		 635 aa  239  9e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  28.92 
 
 		 648 aa  237  5.0000000000000005e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.56 
 
 		 636 aa  234  3e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  28.74 
 
 		 892 aa  219  1e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  30.37 
 
 		 630 aa  218  2e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  29.82 
 
 		 632 aa  218  2.9999999999999998e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  39.14 
 
 		 810 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  40.72 
 
 		 781 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  39.34 
 
 		 757 aa  211  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  40.12 
 
 		 780 aa  210  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  39.09 
 
 		 777 aa  210  7e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>