More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4591 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  52.31 
 
 
686 aa  680    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  56.99 
 
 
705 aa  761    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  52.31 
 
 
686 aa  680    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  100 
 
 
697 aa  1411    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  58.17 
 
 
704 aa  768    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  58.05 
 
 
706 aa  784    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  57.81 
 
 
710 aa  747    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  57.75 
 
 
704 aa  769    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  57.78 
 
 
703 aa  761    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  54.21 
 
 
672 aa  732    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  52.7 
 
 
686 aa  681    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  54.89 
 
 
662 aa  740    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  53.55 
 
 
674 aa  713    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  57.31 
 
 
705 aa  779    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  57.6 
 
 
705 aa  770    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  55.9 
 
 
724 aa  763    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  56.44 
 
 
703 aa  771    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  52.31 
 
 
686 aa  680    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  64.17 
 
 
689 aa  857    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  56.18 
 
 
658 aa  740    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  58.72 
 
 
700 aa  769    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  57.73 
 
 
714 aa  763    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  58.72 
 
 
700 aa  769    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  52.16 
 
 
686 aa  677    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  56.19 
 
 
707 aa  756    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  58.18 
 
 
710 aa  768    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  65.82 
 
 
681 aa  892    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  53.88 
 
 
675 aa  746    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  57.95 
 
 
702 aa  763    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  48.24 
 
 
640 aa  585  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  49.43 
 
 
640 aa  579  1e-164  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  45.09 
 
 
655 aa  561  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0438473 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  45.12 
 
 
650 aa  546  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  44.97 
 
 
654 aa  545  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  44.97 
 
 
654 aa  546  1e-154  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  41.32 
 
 
660 aa  474  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  39.52 
 
 
640 aa  471  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  39.52 
 
 
640 aa  471  1.0000000000000001e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  39.35 
 
 
640 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  38.58 
 
 
655 aa  441  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  36.75 
 
 
673 aa  414  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  39.57 
 
 
650 aa  405  1e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  37.21 
 
 
666 aa  393  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  36.64 
 
 
670 aa  392  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  36.7 
 
 
645 aa  363  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  35.84 
 
 
658 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  35.77 
 
 
658 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  36.2 
 
 
776 aa  355  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  35.54 
 
 
703 aa  353  5e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  38.3 
 
 
725 aa  350  6e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  34.47 
 
 
758 aa  343  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  36.06 
 
 
634 aa  335  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  33.28 
 
 
748 aa  330  4e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  34.83 
 
 
649 aa  326  7e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  36.63 
 
 
650 aa  321  3e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  32.59 
 
 
717 aa  306  7e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  31.9 
 
 
791 aa  295  2e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  48.96 
 
 
714 aa  294  4e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  31.9 
 
 
791 aa  293  7e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  50.95 
 
 
716 aa  291  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  32.28 
 
 
793 aa  288  2e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  31.3 
 
 
750 aa  287  4e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  33 
 
 
807 aa  286  9e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  32.02 
 
 
732 aa  286  9e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  30.4 
 
 
783 aa  285  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  31.33 
 
 
738 aa  284  4.0000000000000003e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  32.47 
 
 
803 aa  283  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  31.4 
 
 
787 aa  282  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  32.19 
 
 
682 aa  281  3e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  32.43 
 
 
805 aa  281  4e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  31.53 
 
 
736 aa  278  3e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  30.78 
 
 
696 aa  277  4e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  30.36 
 
 
728 aa  275  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  32.54 
 
 
748 aa  275  2.0000000000000002e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  32.21 
 
 
747 aa  274  4.0000000000000004e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  30 
 
 
753 aa  271  2.9999999999999997e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  29.88 
 
 
740 aa  263  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  30.23 
 
 
702 aa  258  4e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  29.22 
 
 
783 aa  255  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  30.47 
 
 
641 aa  253  8.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  30.34 
 
 
799 aa  250  6e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  30.03 
 
 
781 aa  249  1e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  29.51 
 
 
781 aa  246  8e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  39.3 
 
 
584 aa  242  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  39.07 
 
 
584 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  29.67 
 
 
804 aa  239  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  29.78 
 
 
635 aa  234  3e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  28.15 
 
 
648 aa  235  3e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  39.47 
 
 
584 aa  230  5e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.65 
 
 
636 aa  228  3e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  29.18 
 
 
630 aa  226  8e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  30.36 
 
 
632 aa  221  5e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  38.7 
 
 
781 aa  213  7.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  37.5 
 
 
810 aa  212  1e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  37.69 
 
 
777 aa  211  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  37.69 
 
 
771 aa  211  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  40.85 
 
 
744 aa  210  7e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  38.72 
 
 
775 aa  207  6e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  38.92 
 
 
780 aa  206  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  35.88 
 
 
789 aa  204  6e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>