More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0052 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  93.37 
 
 		 780 aa  1342    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  84.44 
 
 		 757 aa  1164    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  49.93 
 
 		 805 aa  636    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  84.17 
 
 		 757 aa  1161    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  70.58 
 
 		 717 aa  962    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  84.7 
 
 		 750 aa  1153    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  77.56 
 
 		 791 aa  1070    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  88.38 
 
 		 775 aa  1274    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  84.3 
 
 		 757 aa  1161    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  92.23 
 
 		 781 aa  1313    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  84.17 
 
 		 757 aa  1161    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  84.5 
 
 		 744 aa  1144    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  76.2 
 
 		 787 aa  1043    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  49.67 
 
 		 803 aa  647    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  78.5 
 
 		 814 aa  1098    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  84.17 
 
 		 757 aa  1161    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  49.74 
 
 		 783 aa  641    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  93.32 
 
 		 774 aa  1324    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  84.17 
 
 		 757 aa  1161    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  48.87 
 
 		 807 aa  640    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 777 aa  1546    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  93.32 
 
 		 774 aa  1324    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  97.92 
 
 		 771 aa  1369    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  49.79 
 
 		 804 aa  588  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  42.08 
 
 		 787 aa  530  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  45.55 
 
 		 736 aa  529  1e-149  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  47.34 
 
 		 728 aa  530  1e-149  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  43.41 
 
 		 781 aa  530  1e-149  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  43.27 
 
 		 781 aa  528  1e-148  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  45.58 
 
 		 753 aa  525  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  43.98 
 
 		 747 aa  522  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  41.58 
 
 		 738 aa  514  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  44.44 
 
 		 783 aa  499  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  42.28 
 
 		 789 aa  496  1e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  42.26 
 
 		 803 aa  484  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  41.85 
 
 		 803 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  41 
 
 		 793 aa  456  1e-127  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  35.13 
 
 		 682 aa  318  3e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  49.55 
 
 		 810 aa  317  5e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  46.76 
 
 		 740 aa  313  7.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  32.69 
 
 		 675 aa  309  1.0000000000000001e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  46.94 
 
 		 702 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  32.88 
 
 		 670 aa  303  1e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  31.68 
 
 		 750 aa  302  2e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  33.33 
 
 		 776 aa  301  3e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  30.57 
 
 		 703 aa  298  2e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  30.23 
 
 		 791 aa  287  4e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  30.59 
 
 		 791 aa  286  8e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  31.39 
 
 		 662 aa  286  8e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  31.39 
 
 		 710 aa  282  2e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  31.3 
 
 		 650 aa  280  8e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  32.11 
 
 		 725 aa  275  3e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  31.26 
 
 		 748 aa  273  1e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  46.65 
 
 		 774 aa  272  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  30.33 
 
 		 641 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  32.22 
 
 		 645 aa  265  3e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  31.01 
 
 		 636 aa  253  1e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  31.03 
 
 		 632 aa  247  6.999999999999999e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  28.95 
 
 		 892 aa  244  5e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  30.28 
 
 		 648 aa  241  5e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  29.27 
 
 		 655 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  33.74 
 
 		 686 aa  231  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  33.74 
 
 		 686 aa  231  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  33.74 
 
 		 686 aa  231  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  33.74 
 
 		 686 aa  230  7e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  34.28 
 
 		 686 aa  229  1e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0720  general secretion pathway protein D  30.37 
 
 		 904 aa  225  3e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.566529  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0721  general secretion pathway protein D  30.43 
 
 		 902 aa  223  9e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.451172  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  41.62 
 
 		 758 aa  220  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  30.25 
 
 		 780 aa  219  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  29.94 
 
 		 696 aa  219  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  37.32 
 
 		 673 aa  215  2.9999999999999995e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  32.71 
 
 		 689 aa  213  7.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  31.05 
 
 		 751 aa  213  7.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  32.16 
 
 		 681 aa  212  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  37.69 
 
 		 697 aa  211  5e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  29.22 
 
 		 649 aa  209  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  39.94 
 
 		 716 aa  210  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  32.57 
 
 		 654 aa  207  5e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  41.52 
 
 		 634 aa  207  5e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  32.5 
 
 		 654 aa  207  6e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  32.5 
 
 		 650 aa  207  8e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0686  type II and III secretion system protein  27.97 
 
 		 897 aa  206  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.433191  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  29.46 
 
 		 706 aa  206  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  41.01 
 
 		 658 aa  205  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  29.36 
 
 		 705 aa  204  4e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  40.22 
 
 		 724 aa  204  4e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  40.99 
 
 		 658 aa  204  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  28.67 
 
 		 705 aa  204  7e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  37.01 
 
 		 658 aa  204  7e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  29.01 
 
 		 704 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  32.42 
 
 		 703 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  39.57 
 
 		 650 aa  201  3e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  28.69 
 
 		 714 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  28.77 
 
 		 700 aa  201  5e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  28.77 
 
 		 700 aa  201  5e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0742  type II and III secretion system protein  29.05 
 
 		 773 aa  201  6e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  28.57 
 
 		 704 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  28.2 
 
 		 705 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  36.87 
 
 		 672 aa  198  4.0000000000000005e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>