More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001892 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  55.11 
 
 
686 aa  707    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  53.09 
 
 
662 aa  692    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  56.02 
 
 
681 aa  743    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  55.11 
 
 
686 aa  708    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  54.21 
 
 
697 aa  732    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  55.47 
 
 
704 aa  717    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  82.02 
 
 
674 aa  1097    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  54.8 
 
 
705 aa  716    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  54.64 
 
 
706 aa  711    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  100 
 
 
672 aa  1360    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  89.63 
 
 
658 aa  1175    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  53.38 
 
 
710 aa  686    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  54.19 
 
 
714 aa  700    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  53.9 
 
 
705 aa  688    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  54.96 
 
 
686 aa  705    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  77.99 
 
 
675 aa  1061    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  54.75 
 
 
703 aa  693    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  55.32 
 
 
703 aa  714    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  57.62 
 
 
689 aa  728    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  54.95 
 
 
705 aa  718    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  54.5 
 
 
707 aa  696    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  55.11 
 
 
686 aa  707    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  54.82 
 
 
700 aa  711    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  54.82 
 
 
700 aa  711    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  54.74 
 
 
704 aa  718    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  54.72 
 
 
710 aa  716    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  54.5 
 
 
724 aa  708    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  55.11 
 
 
686 aa  707    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  55.19 
 
 
702 aa  717    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  51.21 
 
 
640 aa  597  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  50.89 
 
 
640 aa  596  1e-169  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  49.28 
 
 
655 aa  578  1e-164  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0438473 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  44.82 
 
 
650 aa  523  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  44.66 
 
 
654 aa  523  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  44.36 
 
 
654 aa  519  1e-146  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  46.34 
 
 
660 aa  499  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  42.55 
 
 
640 aa  492  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  42.55 
 
 
640 aa  492  1e-137  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  42.55 
 
 
640 aa  492  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  38.91 
 
 
655 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  38.3 
 
 
673 aa  389  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  36.12 
 
 
670 aa  375  1e-102  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  36.23 
 
 
703 aa  355  2e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  35.16 
 
 
650 aa  347  6e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  34.88 
 
 
666 aa  345  2e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  33.59 
 
 
696 aa  340  5e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  34.97 
 
 
658 aa  333  6e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  34.64 
 
 
658 aa  331  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  34.43 
 
 
776 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  34.15 
 
 
645 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  34.9 
 
 
725 aa  325  2e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  33.91 
 
 
758 aa  319  9e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  35.25 
 
 
650 aa  319  1e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  35.28 
 
 
634 aa  318  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  53.5 
 
 
714 aa  312  1e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  53.68 
 
 
716 aa  310  5.9999999999999995e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  32.34 
 
 
717 aa  300  6e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  31.93 
 
 
748 aa  298  3e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  33.93 
 
 
649 aa  288  2e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  30.52 
 
 
787 aa  282  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  30.98 
 
 
791 aa  278  2e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  30.81 
 
 
791 aa  278  3e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  29.96 
 
 
789 aa  276  1.0000000000000001e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  32.47 
 
 
793 aa  275  2.0000000000000002e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  30.26 
 
 
807 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  31.27 
 
 
803 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  29.93 
 
 
682 aa  272  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  31.69 
 
 
736 aa  272  2e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  30.48 
 
 
728 aa  271  2.9999999999999997e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  28.45 
 
 
750 aa  270  5e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  30.54 
 
 
783 aa  267  5.999999999999999e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  31.54 
 
 
641 aa  265  2e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  30.79 
 
 
740 aa  262  2e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  31 
 
 
753 aa  260  7e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  30.21 
 
 
738 aa  259  1e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  31.93 
 
 
799 aa  257  4e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  29.21 
 
 
732 aa  254  5.000000000000001e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  30.15 
 
 
702 aa  249  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  31.41 
 
 
635 aa  244  3e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  31.03 
 
 
748 aa  241  4e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  30.24 
 
 
774 aa  237  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  30.33 
 
 
747 aa  236  8e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  28.93 
 
 
648 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  35.48 
 
 
584 aa  234  5e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  31.25 
 
 
630 aa  231  4e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  34.26 
 
 
584 aa  230  8e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  32.23 
 
 
632 aa  228  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.13 
 
 
636 aa  222  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  34.7 
 
 
584 aa  219  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  37.33 
 
 
805 aa  207  6e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  38.08 
 
 
783 aa  207  6e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2608  general secretion pathway protein D  29.34 
 
 
842 aa  205  2e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.162892  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  37.57 
 
 
810 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  37.99 
 
 
781 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  26.78 
 
 
892 aa  199  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  36.87 
 
 
771 aa  198  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  36.87 
 
 
777 aa  198  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  37.71 
 
 
775 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  36.94 
 
 
744 aa  196  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  36.39 
 
 
757 aa  195  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>