More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0329 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  100 
 
 		 632 aa  1257    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  63.18 
 
 		 630 aa  733    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  76.27 
 
 		 636 aa  921    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  63.72 
 
 		 635 aa  757    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  56.82 
 
 		 648 aa  699    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  66.13 
 
 		 641 aa  800    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  36.02 
 
 		 799 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  35.79 
 
 		 655 aa  328  2.0000000000000001e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  32.63 
 
 		 670 aa  309  1.0000000000000001e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  34.78 
 
 		 673 aa  302  1e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  34.19 
 
 		 747 aa  301  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  33.18 
 
 		 740 aa  296  1e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  34.42 
 
 		 738 aa  295  2e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  31.62 
 
 		 789 aa  286  7e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  31.66 
 
 		 728 aa  284  3.0000000000000004e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  30.51 
 
 		 787 aa  283  7.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  31.07 
 
 		 892 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  35.09 
 
 		 702 aa  276  6e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  32.55 
 
 		 736 aa  272  1e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  31.01 
 
 		 793 aa  271  4e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  31.14 
 
 		 703 aa  269  1e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  34.08 
 
 		 649 aa  269  1e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  32.17 
 
 		 650 aa  267  5e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  32.01 
 
 		 654 aa  266  8e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  32.06 
 
 		 654 aa  266  8.999999999999999e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 		 634 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  32.25 
 
 		 666 aa  264  4e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0720  general secretion pathway protein D  29.47 
 
 		 904 aa  263  6e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.566529  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  32.99 
 
 		 658 aa  263  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0721  general secretion pathway protein D  29.34 
 
 		 902 aa  261  3e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.451172  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  31.78 
 
 		 803 aa  259  8e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  30 
 
 		 682 aa  259  9e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  31.48 
 
 		 807 aa  258  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  31.92 
 
 		 645 aa  257  5e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0686  type II and III secretion system protein  28.84 
 
 		 897 aa  256  7e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.433191  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  31.05 
 
 		 717 aa  256  8e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  32.84 
 
 		 662 aa  253  9.000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  31.83 
 
 		 725 aa  252  1e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  32.65 
 
 		 658 aa  251  4e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  30.27 
 
 		 753 aa  250  5e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  32.2 
 
 		 776 aa  246  6e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  30.38 
 
 		 686 aa  245  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  30.38 
 
 		 686 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  30.38 
 
 		 686 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  30.38 
 
 		 686 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  32.23 
 
 		 672 aa  244  3.9999999999999997e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  30.38 
 
 		 686 aa  243  6e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  30.42 
 
 		 697 aa  243  6e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  31.55 
 
 		 675 aa  242  1e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  30.42 
 
 		 814 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  29.88 
 
 		 710 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  28.44 
 
 		 750 aa  239  9e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2608  general secretion pathway protein D  31.74 
 
 		 842 aa  239  1e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.162892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  30.72 
 
 		 710 aa  238  4e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  30.31 
 
 		 650 aa  237  4e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  30.77 
 
 		 705 aa  236  6e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  29.61 
 
 		 681 aa  236  7e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  31.31 
 
 		 706 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  31.71 
 
 		 704 aa  234  3e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  31.25 
 
 		 704 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  30.95 
 
 		 689 aa  234  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  29.86 
 
 		 724 aa  234  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  30.67 
 
 		 703 aa  233  6e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  30.93 
 
 		 703 aa  232  2e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  31.71 
 
 		 702 aa  232  2e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  30.73 
 
 		 707 aa  231  4e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  30.9 
 
 		 705 aa  230  6e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  31.05 
 
 		 705 aa  230  6e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  31.15 
 
 		 700 aa  230  6e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  31.15 
 
 		 700 aa  230  6e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  30.82 
 
 		 748 aa  230  7e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  29.38 
 
 		 804 aa  229  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  29.64 
 
 		 650 aa  229  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  28.74 
 
 		 748 aa  229  1e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  31.14 
 
 		 658 aa  229  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  31.32 
 
 		 674 aa  226  9e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  29.74 
 
 		 714 aa  226  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  31.13 
 
 		 758 aa  224  4e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  30.26 
 
 		 640 aa  217  5e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  28.44 
 
 		 640 aa  216  9e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  28.44 
 
 		 640 aa  216  9e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  30.17 
 
 		 640 aa  216  9e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  28.44 
 
 		 640 aa  216  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  28.62 
 
 		 655 aa  206  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  26.49 
 
 		 791 aa  202  1.9999999999999998e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  26.92 
 
 		 791 aa  201  3e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  40.19 
 
 		 810 aa  201  3e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  27.22 
 
 		 660 aa  201  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  38.18 
 
 		 805 aa  195  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  27.45 
 
 		 696 aa  196  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  39.47 
 
 		 781 aa  192  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  39.47 
 
 		 781 aa  191  2.9999999999999997e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  39.19 
 
 		 783 aa  185  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  38.85 
 
 		 803 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  38.54 
 
 		 803 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  31.69 
 
 		 584 aa  177  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  36.23 
 
 		 783 aa  177  7e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  37.65 
 
 		 775 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  37.3 
 
 		 771 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  37.3 
 
 		 777 aa  172  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>