More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_0646 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  68.78 
 
 
740 aa  943    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  57.16 
 
 
738 aa  779    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  59.94 
 
 
774 aa  779    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  61.62 
 
 
787 aa  847    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  59.12 
 
 
747 aa  803    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  54.23 
 
 
736 aa  688    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  72.68 
 
 
810 aa  938    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  98.85 
 
 
781 aa  1520    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  53.39 
 
 
753 aa  692    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  100 
 
 
781 aa  1542    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  48.99 
 
 
783 aa  610  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  46.03 
 
 
803 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  48.53 
 
 
804 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  46.61 
 
 
807 aa  565  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  45.53 
 
 
805 aa  555  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  45.57 
 
 
728 aa  549  1e-155  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  44.61 
 
 
783 aa  546  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  45.57 
 
 
744 aa  548  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  45.61 
 
 
717 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  41.75 
 
 
775 aa  536  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  44.31 
 
 
803 aa  537  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  42.4 
 
 
814 aa  533  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  44.39 
 
 
803 aa  534  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  44.5 
 
 
757 aa  529  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  45.89 
 
 
750 aa  530  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  44.5 
 
 
757 aa  530  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  44.52 
 
 
757 aa  529  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  44.52 
 
 
757 aa  529  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  44.52 
 
 
757 aa  529  1e-148  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  44.52 
 
 
757 aa  529  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  43.01 
 
 
774 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  43.01 
 
 
774 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  41.99 
 
 
777 aa  524  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  43.15 
 
 
771 aa  522  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  42.56 
 
 
791 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  44.57 
 
 
793 aa  514  1e-144  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  44.88 
 
 
787 aa  513  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  42.7 
 
 
789 aa  495  9.999999999999999e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  57.88 
 
 
702 aa  427  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  33.92 
 
 
655 aa  367  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  32.88 
 
 
673 aa  342  2e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  37.13 
 
 
750 aa  340  7e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  33.77 
 
 
703 aa  319  1e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  33.53 
 
 
645 aa  316  9.999999999999999e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  33.1 
 
 
748 aa  303  9e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  45.68 
 
 
781 aa  301  3e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  44.14 
 
 
780 aa  296  7e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  32.8 
 
 
658 aa  296  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  32.99 
 
 
658 aa  295  3e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  30.91 
 
 
776 aa  294  4e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  33.04 
 
 
650 aa  293  8e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  33.09 
 
 
725 aa  287  5e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  30.54 
 
 
682 aa  287  5e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  29.72 
 
 
799 aa  286  7e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  30.85 
 
 
758 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  31.81 
 
 
748 aa  283  8.000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  29.86 
 
 
791 aa  283  1e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  29.58 
 
 
791 aa  280  7e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  33.48 
 
 
634 aa  279  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  30.97 
 
 
703 aa  276  8e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  31.37 
 
 
705 aa  275  3e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  29.76 
 
 
686 aa  271  5e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  31.46 
 
 
641 aa  270  7e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  29.76 
 
 
686 aa  270  8.999999999999999e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  29.76 
 
 
686 aa  270  1e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  32.16 
 
 
632 aa  269  1e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  29.76 
 
 
686 aa  270  1e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  30.23 
 
 
697 aa  268  2.9999999999999995e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  29.48 
 
 
686 aa  268  4e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  30.31 
 
 
892 aa  268  4e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  32.41 
 
 
636 aa  266  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  30.14 
 
 
681 aa  265  2e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  31.44 
 
 
662 aa  265  3e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  31.42 
 
 
689 aa  265  3e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  30.45 
 
 
710 aa  265  3e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  31.06 
 
 
724 aa  265  4e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  31.19 
 
 
700 aa  263  1e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  31.19 
 
 
700 aa  263  1e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  31.19 
 
 
707 aa  262  2e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  29.66 
 
 
675 aa  262  2e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  30.97 
 
 
704 aa  261  4e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  30.84 
 
 
702 aa  260  6e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  31 
 
 
650 aa  259  1e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  30.06 
 
 
635 aa  258  3e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  30.86 
 
 
654 aa  258  3e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  31.29 
 
 
706 aa  258  4e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  30.84 
 
 
704 aa  256  8e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  30.46 
 
 
703 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  28.57 
 
 
658 aa  255  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  31.05 
 
 
654 aa  255  3e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  29.99 
 
 
648 aa  253  1e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  28.81 
 
 
672 aa  252  2e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  30.01 
 
 
705 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0720  general secretion pathway protein D  30.01 
 
 
904 aa  251  4e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.566529  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  30.66 
 
 
710 aa  251  5e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  30.48 
 
 
674 aa  248  2e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0721  general secretion pathway protein D  29.93 
 
 
902 aa  247  4.9999999999999997e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.451172  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  30.5 
 
 
705 aa  247  6.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  28.98 
 
 
660 aa  233  9e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  28.76 
 
 
655 aa  229  1e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0438473 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>