More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1004 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 640 aa  1278    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  99.69 
 
 		 640 aa  1274    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  99.69 
 
 		 640 aa  1274    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  49.75 
 
 		 640 aa  588  1e-167  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  49.41 
 
 		 640 aa  585  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  47.6 
 
 		 655 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  49.16 
 
 		 660 aa  548  1e-154  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  44.19 
 
 		 650 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  44.03 
 
 		 654 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  43.87 
 
 		 654 aa  513  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  45.38 
 
 		 662 aa  506  9.999999999999999e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  40.92 
 
 		 675 aa  504  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  42.55 
 
 		 672 aa  492  9.999999999999999e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  41.8 
 
 		 658 aa  487  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  41.32 
 
 		 681 aa  484  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  42.09 
 
 		 674 aa  476  1e-133  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  41.77 
 
 		 689 aa  474  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  41.29 
 
 		 710 aa  473  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  41.57 
 
 		 710 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  39.35 
 
 		 697 aa  469  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  40.86 
 
 		 724 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  40.47 
 
 		 714 aa  464  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  40.48 
 
 		 700 aa  463  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  40.48 
 
 		 700 aa  463  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  40.75 
 
 		 706 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  39.59 
 
 		 705 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  40.76 
 
 		 702 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  40.48 
 
 		 704 aa  458  1e-127  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  39.53 
 
 		 707 aa  458  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  40.66 
 
 		 705 aa  458  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  40.82 
 
 		 704 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  39.38 
 
 		 686 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  39.97 
 
 		 703 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  39.38 
 
 		 686 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  40.54 
 
 		 703 aa  455  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  39.53 
 
 		 686 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  40.29 
 
 		 705 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  39.38 
 
 		 686 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  39.38 
 
 		 686 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  35.77 
 
 		 696 aa  354  2.9999999999999997e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  31.51 
 
 		 670 aa  343  7e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  33.91 
 
 		 673 aa  342  2e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  34.52 
 
 		 655 aa  327  4.0000000000000003e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  50.16 
 
 		 716 aa  315  1.9999999999999998e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  51.14 
 
 		 714 aa  306  6e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  31.87 
 
 		 658 aa  291  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  31.22 
 
 		 645 aa  287  4e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  32.04 
 
 		 658 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  30.86 
 
 		 634 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  34.04 
 
 		 725 aa  280  7e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  31.82 
 
 		 703 aa  280  7e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  32.54 
 
 		 650 aa  280  7e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  31.85 
 
 		 666 aa  272  1e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  30.2 
 
 		 776 aa  270  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  30.69 
 
 		 758 aa  270  5e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  31.72 
 
 		 649 aa  260  7e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  30.96 
 
 		 748 aa  256  6e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  28.93 
 
 		 650 aa  253  9.000000000000001e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  29.15 
 
 		 750 aa  252  2e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  30.3 
 
 		 717 aa  244  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  30.74 
 
 		 799 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  29.67 
 
 		 791 aa  240  5.999999999999999e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  29.4 
 
 		 791 aa  235  2.0000000000000002e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  30.61 
 
 		 635 aa  233  8.000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  28.17 
 
 		 753 aa  229  1e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  26.92 
 
 		 682 aa  229  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  27.12 
 
 		 783 aa  226  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  28.44 
 
 		 793 aa  225  2e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  27.08 
 
 		 807 aa  223  9e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  28.66 
 
 		 736 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  30.4 
 
 		 641 aa  221  3.9999999999999997e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  27.74 
 
 		 740 aa  220  6e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  26.5 
 
 		 783 aa  220  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  26.98 
 
 		 803 aa  219  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  28.43 
 
 		 648 aa  218  2.9999999999999998e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  25 
 
 		 732 aa  217  5.9999999999999996e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  29.87 
 
 		 630 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.59 
 
 		 636 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  26.59 
 
 		 728 aa  214  4.9999999999999996e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  27.18 
 
 		 747 aa  210  6e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  27.37 
 
 		 738 aa  209  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  26.33 
 
 		 748 aa  202  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  28.97 
 
 		 632 aa  198  3e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  25.69 
 
 		 702 aa  195  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  35.39 
 
 		 584 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  34.85 
 
 		 584 aa  189  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0720  general secretion pathway protein D  27.43 
 
 		 904 aa  187  5e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.566529  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0721  general secretion pathway protein D  27.33 
 
 		 902 aa  184  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.451172  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  33.43 
 
 		 787 aa  180  7e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  24.68 
 
 		 892 aa  178  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0686  type II and III secretion system protein  26.99 
 
 		 897 aa  177  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.433191  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  35.12 
 
 		 584 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  33.44 
 
 		 789 aa  172  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  33.64 
 
 		 750 aa  171  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  33.64 
 
 		 757 aa  171  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  33.64 
 
 		 757 aa  170  9e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  33.64 
 
 		 757 aa  170  9e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  33.64 
 
 		 757 aa  170  9e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  33.64 
 
 		 757 aa  170  9e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  34.74 
 
 		 744 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>