More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_0225 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 655 aa  1299    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  54.05 
 
 		 673 aa  664    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  46.71 
 
 		 670 aa  574  1.0000000000000001e-162  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  40.84 
 
 		 703 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  40.51 
 
 		 675 aa  451  1e-125  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  38.01 
 
 		 697 aa  445  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  40.72 
 
 		 666 aa  439  9.999999999999999e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  39.84 
 
 		 681 aa  424  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  39.94 
 
 		 662 aa  422  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  38.69 
 
 		 672 aa  422  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  38.39 
 
 		 658 aa  419  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  40.15 
 
 		 674 aa  419  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  38.47 
 
 		 689 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  41.44 
 
 		 725 aa  413  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  37.85 
 
 		 714 aa  410  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  38.58 
 
 		 724 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  37.76 
 
 		 703 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  38.45 
 
 		 710 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  38.39 
 
 		 705 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  37.5 
 
 		 705 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  37.59 
 
 		 706 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  37.39 
 
 		 705 aa  402  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  38.17 
 
 		 686 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  38.02 
 
 		 686 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  37.44 
 
 		 704 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  37.67 
 
 		 704 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  38.17 
 
 		 686 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  37.69 
 
 		 702 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  38.17 
 
 		 686 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  38.12 
 
 		 707 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  37.88 
 
 		 700 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  38.17 
 
 		 686 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  37.88 
 
 		 700 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  36.94 
 
 		 703 aa  396  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  38.85 
 
 		 710 aa  399  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  42.44 
 
 		 645 aa  394  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  41.15 
 
 		 658 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  38.96 
 
 		 655 aa  391  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  40.68 
 
 		 640 aa  390  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  41.8 
 
 		 776 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  39.57 
 
 		 649 aa  388  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  41.32 
 
 		 658 aa  389  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  38.01 
 
 		 728 aa  383  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  40.14 
 
 		 640 aa  385  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  41.36 
 
 		 758 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  34.95 
 
 		 787 aa  382  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  37.33 
 
 		 793 aa  379  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  35.54 
 
 		 750 aa  378  1e-103  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  41.53 
 
 		 650 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  37.22 
 
 		 747 aa  375  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  35.34 
 
 		 740 aa  369  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  39.8 
 
 		 748 aa  365  1e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  36.65 
 
 		 702 aa  364  2e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  35.97 
 
 		 650 aa  363  4e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  35.81 
 
 		 654 aa  363  7.0000000000000005e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  34.79 
 
 		 783 aa  362  9e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  34.32 
 
 		 738 aa  362  1e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  34.76 
 
 		 654 aa  360  5e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  33.82 
 
 		 781 aa  360  6e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  33.82 
 
 		 781 aa  359  9e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  36.39 
 
 		 736 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  35.77 
 
 		 650 aa  355  1e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  39.23 
 
 		 634 aa  354  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  35.71 
 
 		 753 aa  350  3e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  35.49 
 
 		 641 aa  345  2e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  35.14 
 
 		 635 aa  344  2.9999999999999997e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  36.82 
 
 		 636 aa  344  2.9999999999999997e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  34.24 
 
 		 717 aa  335  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  33.82 
 
 		 807 aa  334  3e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  34.52 
 
 		 640 aa  333  5e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  34.52 
 
 		 640 aa  333  5e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  34.52 
 
 		 640 aa  333  7.000000000000001e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  33.81 
 
 		 803 aa  332  2e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  35.26 
 
 		 630 aa  329  8e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  33.19 
 
 		 774 aa  328  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  33.98 
 
 		 648 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  34.14 
 
 		 660 aa  327  6e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  34.32 
 
 		 799 aa  318  2e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  35.79 
 
 		 632 aa  317  4e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  33.84 
 
 		 732 aa  317  4e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  34.09 
 
 		 748 aa  314  3.9999999999999997e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  45.16 
 
 		 584 aa  263  8e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  44.35 
 
 		 584 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  43.53 
 
 		 803 aa  252  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  43.7 
 
 		 803 aa  252  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  29.33 
 
 		 696 aa  249  8e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  42.81 
 
 		 810 aa  248  3e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  44.35 
 
 		 584 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  42.23 
 
 		 783 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  41.49 
 
 		 716 aa  238  3e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  41.44 
 
 		 805 aa  234  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  29.01 
 
 		 892 aa  234  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  40.6 
 
 		 789 aa  232  1e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  44.09 
 
 		 682 aa  228  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0720  general secretion pathway protein D  29.65 
 
 		 904 aa  228  3e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.566529  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0686  type II and III secretion system protein  29.25 
 
 		 897 aa  228  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.433191  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  38.51 
 
 		 771 aa  228  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0721  general secretion pathway protein D  29.26 
 
 		 902 aa  227  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.451172  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  38.84 
 
 		 777 aa  227  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  40.23 
 
 		 774 aa  226  8e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>