More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_0151 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  52.67 
 
 		 686 aa  673    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  95.01 
 
 		 704 aa  1342    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  57.95 
 
 		 697 aa  774    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  97.73 
 
 		 704 aa  1371    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  82.6 
 
 		 703 aa  1164    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  55.19 
 
 		 672 aa  729    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  92.9 
 
 		 706 aa  1308    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  56.68 
 
 		 681 aa  767    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  52.52 
 
 		 686 aa  669    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  84.72 
 
 		 707 aa  1188    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  84.5 
 
 		 714 aa  1200    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  52.52 
 
 		 686 aa  670    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  92.6 
 
 		 705 aa  1300    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  92.32 
 
 		 705 aa  1300    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  53.74 
 
 		 662 aa  707    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  82.14 
 
 		 705 aa  1163    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  54.71 
 
 		 658 aa  717    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  52.67 
 
 		 686 aa  673    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  56.43 
 
 		 689 aa  749    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  52.67 
 
 		 686 aa  672    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  55.16 
 
 		 674 aa  709    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  96.87 
 
 		 700 aa  1350    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  96.01 
 
 		 703 aa  1355    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  84.19 
 
 		 724 aa  1202    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  96.87 
 
 		 700 aa  1350    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  84.88 
 
 		 710 aa  1194    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  81.75 
 
 		 710 aa  1165    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  56.76 
 
 		 675 aa  751    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 702 aa  1420    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  50.48 
 
 		 640 aa  606  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  50 
 
 		 640 aa  600  1e-170  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  48.95 
 
 		 655 aa  568  1e-160  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  43.46 
 
 		 650 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  43.31 
 
 		 654 aa  538  1e-151  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  43.22 
 
 		 654 aa  536  1e-151  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  45.73 
 
 		 660 aa  502  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  40.76 
 
 		 640 aa  466  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  40.92 
 
 		 640 aa  468  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  40.92 
 
 		 640 aa  468  9.999999999999999e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  38.62 
 
 		 655 aa  409  1e-113  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  37.25 
 
 		 673 aa  392  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  34.21 
 
 		 670 aa  386  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  34.33 
 
 		 666 aa  354  2.9999999999999997e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  34.95 
 
 		 645 aa  345  1e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  59.19 
 
 		 714 aa  343  5.999999999999999e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  35.92 
 
 		 658 aa  336  9e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  35.44 
 
 		 658 aa  335  2e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  36.51 
 
 		 634 aa  334  4e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  34.45 
 
 		 776 aa  330  7e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  34.55 
 
 		 650 aa  328  2.0000000000000001e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  32.88 
 
 		 748 aa  325  1e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  34.92 
 
 		 725 aa  325  2e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  34.6 
 
 		 703 aa  325  2e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  57.04 
 
 		 716 aa  323  6e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  31.25 
 
 		 696 aa  320  3.9999999999999996e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  36.57 
 
 		 650 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  33.54 
 
 		 758 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  34.89 
 
 		 649 aa  313  6.999999999999999e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  32.03 
 
 		 750 aa  303  6.000000000000001e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  31.44 
 
 		 740 aa  280  7e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  30.01 
 
 		 738 aa  273  7e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  31.92 
 
 		 793 aa  273  1e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  30.53 
 
 		 732 aa  268  2.9999999999999995e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  30.51 
 
 		 682 aa  268  2.9999999999999995e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  31.05 
 
 		 728 aa  266  8.999999999999999e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  30.49 
 
 		 747 aa  265  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  30 
 
 		 717 aa  265  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  30.65 
 
 		 807 aa  262  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  31.13 
 
 		 702 aa  260  7e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  30.66 
 
 		 736 aa  259  1e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  30.91 
 
 		 803 aa  256  8e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  30.33 
 
 		 748 aa  256  1.0000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  30.62 
 
 		 753 aa  255  2.0000000000000002e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  31.38 
 
 		 799 aa  253  1e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  30.45 
 
 		 774 aa  252  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  30.62 
 
 		 641 aa  242  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  37.14 
 
 		 584 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  31.95 
 
 		 632 aa  232  1e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  37.14 
 
 		 584 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  29.83 
 
 		 635 aa  231  4e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.05 
 
 		 636 aa  229  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  27.57 
 
 		 648 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  29.3 
 
 		 630 aa  221  3e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  37.91 
 
 		 584 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  40.54 
 
 		 810 aa  214  3.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  38.42 
 
 		 787 aa  212  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  38.75 
 
 		 805 aa  211  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  38.2 
 
 		 783 aa  206  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  39.88 
 
 		 781 aa  204  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  38.11 
 
 		 781 aa  204  5e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  39.1 
 
 		 771 aa  203  7e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  39.1 
 
 		 777 aa  203  9e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  37.82 
 
 		 781 aa  203  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03176  general secretory pathway component, cryptic  46.11 
 
 		 338 aa  201  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0985911  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03127  hypothetical protein  46.11 
 
 		 338 aa  201  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0771412  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  36.39 
 
 		 783 aa  201  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  39.16 
 
 		 780 aa  200  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  37.58 
 
 		 775 aa  200  7.999999999999999e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  37.61 
 
 		 744 aa  198  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  37.88 
 
 		 774 aa  196  9e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>