More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp0874 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RSp0874  Hrp conserved HRCC transmembrane protein  100 
 
 
568 aa  1144    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.23962  normal  0.0136899 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03393  HrpA type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  46.98 
 
 
591 aa  495  1e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1985  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  45.04 
 
 
588 aa  484  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1893  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  44.87 
 
 
588 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0418  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  44.7 
 
 
630 aa  478  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17202  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5918  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  44.23 
 
 
588 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.033473  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5654  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  45.6 
 
 
589 aa  456  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.741778  normal  0.0207457 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5871  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  45.6 
 
 
561 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1602  type II/III secretion system protein  43.48 
 
 
599 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0044992  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0666  type II/III secretion system protein  43.48 
 
 
599 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1987  type II/III secretion system protein  43.48 
 
 
599 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.76891  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2165  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  43.48 
 
 
599 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0777  type II/III secretion system protein  44.31 
 
 
605 aa  443  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.296744  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  43.91 
 
 
601 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0648  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  43.57 
 
 
601 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.778085  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4751  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.95 
 
 
680 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.552593 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4228  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.95 
 
 
681 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3741  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  36.38 
 
 
678 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452401  normal  0.0121623 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5430  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.32 
 
 
681 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128772  normal  0.061937 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3512  Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC  35.32 
 
 
681 aa  348  2e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4854  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.32 
 
 
681 aa  348  2e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0807881  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3132  putative type III secretion hypersensitivity response secretion protein, HrcC/HrpA1- like  33.1 
 
 
736 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15642  normal  0.0125341 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0474  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  32.42 
 
 
683 aa  272  1e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5220  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  32.29 
 
 
637 aa  259  9e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003337  type III secretion system outer membrane pore YscC  30.32 
 
 
604 aa  255  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01700  hypothetical protein  30.14 
 
 
623 aa  251  3e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2997  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  31.34 
 
 
624 aa  249  1e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0054  type III secretion outer membrane pore YscC  29.05 
 
 
612 aa  246  6.999999999999999e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3917  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.91 
 
 
505 aa  219  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3830  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.91 
 
 
505 aa  219  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5069  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.35 
 
 
512 aa  211  3e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240332 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2192  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.49 
 
 
689 aa  209  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1389  outer-membrane type III secretion protein HrcC  28.3 
 
 
699 aa  201  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2175  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.37 
 
 
617 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1907  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.21 
 
 
691 aa  197  4.0000000000000005e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0740  type III secretion system protein BsaO  27.23 
 
 
625 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.513099  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2060  type III secretion system protein BsaO  27.23 
 
 
625 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.462668  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1544  type III secretion system protein BsaO  27.23 
 
 
606 aa  187  6e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.643588  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2087  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.23 
 
 
625 aa  186  8e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0023  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.88 
 
 
696 aa  182  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3088  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  25.29 
 
 
556 aa  174  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.994223 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3051  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  25.29 
 
 
514 aa  174  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.180372 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3020  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  25.29 
 
 
514 aa  173  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3208  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  25.29 
 
 
514 aa  173  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166938  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3103  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  25.29 
 
 
514 aa  173  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000610588 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2426  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  34.55 
 
 
666 aa  172  2e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1946  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.16 
 
 
491 aa  170  8e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42350  Type III secretion outer membrane protein PscC precursor  37.68 
 
 
600 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.98 
 
 
491 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570406  normal  0.0166215 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1528  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  36.71 
 
 
497 aa  167  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.633101  normal  0.0399661 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1778  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  36.71 
 
 
497 aa  167  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0371241  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4149  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.1 
 
 
567 aa  167  5e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0153519 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1491  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  36.71 
 
 
497 aa  167  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1506  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  36.71 
 
 
497 aa  167  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000419155 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1948  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  36.71 
 
 
497 aa  167  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118723 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0179  type III secretion outer membrane protein MxiD  25.72 
 
 
566 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0824989  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5868  type II/III secretion system family protein  38.33 
 
 
475 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.231603  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5651  NolW domain-containing protein  38.33 
 
 
446 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0288442 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0586  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  30.63 
 
 
339 aa  124  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000694626  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  29.25 
 
 
870 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  28.34 
 
 
882 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  29.13 
 
 
893 aa  110  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  27.71 
 
 
887 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0679  type IV pilus secretin PilQ  27.71 
 
 
887 aa  108  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5921  type II/III secretion system family protein  35.11 
 
 
511 aa  108  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0561262 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  28.77 
 
 
891 aa  105  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3804  outer membrane porin HofQ  30.43 
 
 
413 aa  102  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0625572  normal  0.855535 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0322  outer membrane porin HofQ  29.18 
 
 
386 aa  101  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000700239  normal  0.175294 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3587  outer membrane porin HofQ  29.18 
 
 
412 aa  100  6e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000785668  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3760  outer membrane porin HofQ  27.46 
 
 
426 aa  100  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00726017  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3794  outer membrane porin HofQ  27.46 
 
 
426 aa  100  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566687  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3687  outer membrane porin HofQ  27.46 
 
 
389 aa  99.8  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00260345  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03195  hypothetical protein  28.85 
 
 
412 aa  99  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0104711  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03243  predicted fimbrial transporter  28.85 
 
 
412 aa  99  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00734996  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0322  type IV pilus secretin PilQ  28.85 
 
 
412 aa  99  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000212409  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4695  outer membrane porin HofQ  28.85 
 
 
412 aa  99  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00163721  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  27.39 
 
 
578 aa  98.6  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3861  outer membrane porin HofQ  28.85 
 
 
412 aa  99  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000844499  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3667  outer membrane porin HofQ  29.08 
 
 
412 aa  98.2  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000045876  normal  0.0733814 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3768  outer membrane porin HofQ  29.01 
 
 
412 aa  98.2  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000640301  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  28.47 
 
 
781 aa  97.8  5e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  26.38 
 
 
807 aa  97.1  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  28.57 
 
 
740 aa  96.7  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0993  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  25.08 
 
 
698 aa  96.3  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  27.21 
 
 
944 aa  96.3  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0735  fimbrial assembly protein PilQ, putative  27.13 
 
 
784 aa  95.9  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0883  type IV pilus secretin PilQ  27.13 
 
 
784 aa  95.9  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.126317  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0962  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  25.08 
 
 
698 aa  95.9  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  26.87 
 
 
692 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  26.38 
 
 
805 aa  95.1  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  29.31 
 
 
793 aa  94.7  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  24.83 
 
 
706 aa  94.4  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  28.14 
 
 
781 aa  94  7e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  28.29 
 
 
685 aa  93.6  8e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  25.25 
 
 
810 aa  92.8  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  24.39 
 
 
894 aa  92  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  24.23 
 
 
668 aa  92.4  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  26.06 
 
 
547 aa  92  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0078  general secretion pathway protein D  25.75 
 
 
660 aa  92  3e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2096  type II and III secretion system family protein  25.09 
 
 
349 aa  92  3e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>