More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1948 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A1948  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  100 
 
 
497 aa  1013    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118723 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1506  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  100 
 
 
497 aa  1013    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000419155 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1528  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  99.4 
 
 
497 aa  1007    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.633101  normal  0.0399661 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1491  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  99.8 
 
 
497 aa  1012    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1778  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  99.6 
 
 
497 aa  1011    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0371241  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3917  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  52.03 
 
 
505 aa  508  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3830  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  52.03 
 
 
505 aa  508  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1946  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  49.04 
 
 
491 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  49.04 
 
 
491 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570406  normal  0.0166215 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5069  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  44.24 
 
 
512 aa  396  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240332 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003337  type III secretion system outer membrane pore YscC  33.79 
 
 
604 aa  287  2.9999999999999996e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01700  hypothetical protein  34.13 
 
 
623 aa  275  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0054  type III secretion outer membrane pore YscC  32 
 
 
612 aa  267  4e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42350  Type III secretion outer membrane protein PscC precursor  32.45 
 
 
600 aa  256  5e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2997  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.14 
 
 
624 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2426  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.06 
 
 
666 aa  196  1e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3103  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.56 
 
 
514 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000610588 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3020  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.56 
 
 
514 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3088  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.11 
 
 
556 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.994223 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3208  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.56 
 
 
514 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166938  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3051  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.11 
 
 
514 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.180372 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4751  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.22 
 
 
680 aa  190  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.552593 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4149  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.42 
 
 
567 aa  190  5.999999999999999e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0153519 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4228  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.22 
 
 
681 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5430  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.18 
 
 
681 aa  189  8e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128772  normal  0.061937 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3512  Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC  26.18 
 
 
681 aa  189  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4854  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.18 
 
 
681 aa  189  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0807881  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0874  Hrp conserved HRCC transmembrane protein  27.75 
 
 
568 aa  187  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.23962  normal  0.0136899 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3741  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.56 
 
 
678 aa  187  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452401  normal  0.0121623 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3132  putative type III secretion hypersensitivity response secretion protein, HrcC/HrpA1- like  28.88 
 
 
736 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15642  normal  0.0125341 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5220  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.63 
 
 
637 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1200  outer-membrane type III secretion protein HrcC  27.7 
 
 
700 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.138947 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0179  type III secretion outer membrane protein MxiD  27.13 
 
 
566 aa  172  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0824989  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2175  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.46 
 
 
617 aa  168  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0740  type III secretion system protein BsaO  27.29 
 
 
625 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.513099  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2060  type III secretion system protein BsaO  27.29 
 
 
625 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.462668  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1544  type III secretion system protein BsaO  27.4 
 
 
606 aa  167  4e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.643588  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2087  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.29 
 
 
625 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0023  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.83 
 
 
696 aa  164  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1985  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.09 
 
 
588 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0828  type III secretion system protein BsaO  26.84 
 
 
619 aa  162  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0276407  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0474  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.68 
 
 
683 aa  162  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1389  outer-membrane type III secretion protein HrcC  26.68 
 
 
699 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1907  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.44 
 
 
691 aa  160  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1893  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.74 
 
 
588 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0418  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.74 
 
 
630 aa  159  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17202  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2192  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  25.49 
 
 
689 aa  156  8e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5871  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.54 
 
 
561 aa  153  7e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5654  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.59 
 
 
589 aa  153  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.741778  normal  0.0207457 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03393  HrpA type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  31.82 
 
 
591 aa  150  7e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1602  type II/III secretion system protein  34.33 
 
 
599 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0044992  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0666  type II/III secretion system protein  34.33 
 
 
599 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1987  type II/III secretion system protein  34.33 
 
 
599 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.76891  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0648  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  34.33 
 
 
601 aa  148  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.778085  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2165  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  34.33 
 
 
599 aa  148  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  34.33 
 
 
601 aa  148  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0777  type II/III secretion system protein  32.45 
 
 
605 aa  144  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.296744  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0586  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  32.89 
 
 
339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000694626  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5918  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  30.67 
 
 
588 aa  139  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.033473  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3728  putative outer membrane porin HofQ  31.2 
 
 
500 aa  98.6  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000295342  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  26.18 
 
 
422 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3967  putative outer membrane porin HofQ  31.2 
 
 
458 aa  98.2  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171425  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0224  putative outer membrane porin HofQ  31.25 
 
 
460 aa  97.8  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000817003  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  27.42 
 
 
420 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  27.82 
 
 
420 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  27.42 
 
 
420 aa  94.7  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  25.99 
 
 
662 aa  94.4  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1332  type II and III secretion system protein  24.62 
 
 
771 aa  93.6  8e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.106415  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  29.39 
 
 
1421 aa  92.8  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  25.26 
 
 
578 aa  92  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  25.68 
 
 
683 aa  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  26.01 
 
 
684 aa  91.7  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  26.1 
 
 
684 aa  91.3  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  25.68 
 
 
683 aa  90.9  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  26.1 
 
 
684 aa  90.9  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  25.68 
 
 
683 aa  90.5  6e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  25.68 
 
 
683 aa  90.5  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  26.72 
 
 
870 aa  90.5  7e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.28 
 
 
684 aa  90.1  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  26.98 
 
 
424 aa  89  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  28.16 
 
 
580 aa  88.6  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4062  putative outer membrane porin HofQ  26.98 
 
 
424 aa  89  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000610431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.53 
 
 
718 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  24.83 
 
 
668 aa  88.2  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  27.64 
 
 
682 aa  88.2  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  27.44 
 
 
683 aa  87.8  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  23.77 
 
 
686 aa  87.8  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  27.56 
 
 
689 aa  87.8  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  27.61 
 
 
740 aa  87.4  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  26.69 
 
 
683 aa  87.4  6e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  28.42 
 
 
745 aa  87  8e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  25.16 
 
 
704 aa  86.3  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  27.34 
 
 
683 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  25.87 
 
 
685 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  23.53 
 
 
686 aa  84.7  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  23.53 
 
 
686 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  23.53 
 
 
686 aa  84.7  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  24.66 
 
 
718 aa  84.7  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  23.53 
 
 
686 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  26.81 
 
 
682 aa  84  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>