237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1778 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1778  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 504 aa  1049    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0496673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6683  RagB/SusD domain protein  26.2 
 
 		 490 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1782  RagB/SusD domain protein  25.19 
 
 		 510 aa  126  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1361  RagB/SusD domain protein  27.45 
 
 		 426 aa  106  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252312  normal  0.386209 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3391  RagB/SusD domain protein  25.05 
 
 		 507 aa  103  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540028  normal  0.274912 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1904  RagB/SusD domain protein  25.14 
 
 		 492 aa  103  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.879306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  24.81 
 
 		 483 aa  98.2  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0554  hypothetical protein  24.68 
 
 		 458 aa  95.1  3e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.704424  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0446  RagB/SusD domain protein  23.28 
 
 		 530 aa  93.2  9e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  25.79 
 
 		 497 aa  92  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2846  RagB/SusD domain protein  25.14 
 
 		 487 aa  90.9  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000771194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0455  RagB/SusD domain protein  22.79 
 
 		 478 aa  89.7  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  21.73 
 
 		 481 aa  88.6  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4497  RagB/SusD domain protein  23.88 
 
 		 531 aa  89  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  24.38 
 
 		 501 aa  87.8  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  22.86 
 
 		 522 aa  87  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  23.09 
 
 		 478 aa  85.9  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4221  RagB/SusD domain protein  23.45 
 
 		 457 aa  85.5  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.964616 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2644  RagB/SusD domain protein  25.39 
 
 		 490 aa  84.7  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.941538 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5561  RagB/SusD domain protein  24.06 
 
 		 452 aa  84.7  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0500213 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  24.32 
 
 		 519 aa  84.7  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  24.91 
 
 		 477 aa  84.3  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  22.57 
 
 		 448 aa  84.3  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  23.52 
 
 		 479 aa  83.2  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  22.83 
 
 		 472 aa  83.2  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  24.26 
 
 		 484 aa  82.4  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6287  RagB/SusD domain protein  24.16 
 
 		 531 aa  82.4  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.360151 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  25 
 
 		 492 aa  82  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  23 
 
 		 514 aa  81.3  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1561  RagB/SusD domain-containing protein  24.5 
 
 		 511 aa  80.5  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  24.07 
 
 		 460 aa  79.7  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2208  RagB/SusD domain protein  24.47 
 
 		 531 aa  79.7  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.721066  normal  0.400828 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  24.81 
 
 		 499 aa  78.2  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  22.85 
 
 		 503 aa  77.8  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2220  hypothetical protein  23.63 
 
 		 510 aa  77.8  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0277051  normal  0.582705 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2225  RagB/SusD domain protein  22.99 
 
 		 491 aa  77.4  0.0000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  25.09 
 
 		 486 aa  76.3  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  23.61 
 
 		 502 aa  76.3  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3372  RagB/SusD domain protein  30.73 
 
 		 549 aa  75.5  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3578  RagB/SusD domain protein  28.39 
 
 		 472 aa  75.1  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.728117  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2855  RagB/SusD domain protein  22.78 
 
 		 479 aa  75.9  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.142091 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  20.53 
 
 		 481 aa  74.7  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1129  RagB/SusD domain protein  23.98 
 
 		 493 aa  74.3  0.000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.259882  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6447  RagB/SusD domain protein  28.46 
 
 		 527 aa  74.7  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1774  RagB/SusD domain protein  25.3 
 
 		 548 aa  74.3  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.475822  normal  0.891404 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1984  RagB/SusD domain protein  24.37 
 
 		 461 aa  73.6  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.494164  hitchhiker  0.00000440617 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  24.48 
 
 		 506 aa  73.2  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2282  RagB/SusD domain protein  29.47 
 
 		 540 aa  73.2  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108991 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  25.2 
 
 		 490 aa  72.4  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  28.68 
 
 		 527 aa  72.4  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0338  RagB/SusD domain protein  22.01 
 
 		 447 aa  72.4  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2061  RagB/SusD domain protein  22.76 
 
 		 528 aa  71.2  0.00000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000559394  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0444  RagB/SusD domain protein  22.97 
 
 		 498 aa  70.9  0.00000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  23.41 
 
 		 497 aa  70.5  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4950  RagB/SusD domain-containing protein  22.32 
 
 		 532 aa  69.7  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  unclonable  0.000000000321491  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2529  RagB/SusD domain protein  27.32 
 
 		 579 aa  69.3  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500869  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05675  hypothetical protein  24.9 
 
 		 461 aa  70.1  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.127954  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2021  RagB/SusD domain-containing protein  21.39 
 
 		 507 aa  68.9  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.367368  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6530  RagB/SusD domain protein  23.76 
 
 		 521 aa  68.9  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3809  RagB/SusD domain protein  22.2 
 
 		 469 aa  68.2  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00323854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5507  RagB/SusD domain protein  21.66 
 
 		 549 aa  68.6  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000082911  hitchhiker  0.00267886 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1779  RagB/SusD domain protein  23.75 
 
 		 485 aa  67.8  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2730  RagB/SusD domain protein  24.06 
 
 		 447 aa  67.8  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424565 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0629  RagB/SusD domain protein  26.17 
 
 		 540 aa  67.8  0.0000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.953445  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4266  RagB/SusD domain protein  22.79 
 
 		 527 aa  67  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.145699 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  25.56 
 
 		 514 aa  66.6  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  23.69 
 
 		 487 aa  66.6  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  23.83 
 
 		 456 aa  66.2  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  24 
 
 		 494 aa  66.6  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3988  RagB/SusD domain protein  24.23 
 
 		 478 aa  66.2  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3036  RagB/SusD domain-containing protein  23.55 
 
 		 471 aa  65.5  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0180462  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3944  hypothetical protein  23.89 
 
 		 451 aa  65.9  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  22.96 
 
 		 499 aa  65.9  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5654  RagB/SusD domain protein  22.69 
 
 		 511 aa  65.1  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.576188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4848  RagB/SusD domain protein  20.24 
 
 		 523 aa  64.7  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.101496  hitchhiker  0.00561902 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2080  RagB/SusD domain protein  23.61 
 
 		 457 aa  65.1  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0104067  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3980  RagB/SusD domain protein  21.44 
 
 		 556 aa  64.7  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.607109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7252  RagB/SusD domain protein  26.49 
 
 		 537 aa  64.7  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.298373  normal  0.555692 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  22.11 
 
 		 500 aa  64.7  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  24.22 
 
 		 541 aa  63.9  0.000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  22.59 
 
 		 494 aa  63.9  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6739  RagB/SusD domain protein  23.33 
 
 		 513 aa  63.5  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1857  RagB/SusD domain protein  21.5 
 
 		 505 aa  63.5  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  25.29 
 
 		 476 aa  63.2  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3024  RagB/SusD domain protein  24.89 
 
 		 524 aa  62.8  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.865833 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  20.42 
 
 		 488 aa  62.8  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  23.27 
 
 		 498 aa  62.8  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5114  RagB/SusD domain protein  24.32 
 
 		 480 aa  62  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184484  normal  0.114098 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2626  RagB/SusD domain protein  21.63 
 
 		 507 aa  61.6  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0592076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6428  RagB/SusD domain protein  22.91 
 
 		 466 aa  62  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1013  RagB/SusD domain protein  21.09 
 
 		 494 aa  61.6  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.164224  normal  0.518942 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2272  RagB/SusD domain protein  25.84 
 
 		 491 aa  62  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6367  RagB/SusD domain protein  22.06 
 
 		 547 aa  61.2  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0017837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2653  RagB/SusD domain protein  22.26 
 
 		 572 aa  61.2  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  32.28 
 
 		 488 aa  61.6  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1282  RagB/SusD domain protein  27.64 
 
 		 613 aa  61.2  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  30.37 
 
 		 494 aa  60.5  0.00000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3870  RagB/SusD domain-containing protein  24.57 
 
 		 498 aa  60.1  0.00000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248974  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0547  hypothetical protein  26.72 
 
 		 446 aa  59.7  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.395816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2115  RagB/SusD domain protein  24.66 
 
 		 508 aa  59.3  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.103234  normal  0.67321 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>