More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6428 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6428  RagB/SusD domain protein  100 
 
 
466 aa  968    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  40.57 
 
 
456 aa  300  3e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2855  RagB/SusD domain protein  37.63 
 
 
479 aa  296  7e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.142091 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1984  RagB/SusD domain protein  37.74 
 
 
461 aa  278  1e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.494164  hitchhiker  0.00000440617 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3988  RagB/SusD domain protein  36.04 
 
 
478 aa  276  5e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3809  RagB/SusD domain protein  39.16 
 
 
469 aa  271  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00323854  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  39 
 
 
480 aa  268  1e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0135  RagB/SusD domain protein  36.66 
 
 
493 aa  264  3e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1658  RagB/SusD domain protein  37.82 
 
 
464 aa  263  6e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.175275  normal  0.106302 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3213  RagB/SusD domain protein  36.53 
 
 
510 aa  262  8.999999999999999e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1801  RagB/SusD domain protein  38.82 
 
 
484 aa  260  3e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587569  hitchhiker  0.000152838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  35.48 
 
 
472 aa  256  5e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5561  RagB/SusD domain protein  35.06 
 
 
452 aa  249  7e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0500213 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4374  RagB/SusD domain-containing protein  35.17 
 
 
471 aa  246  8e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0916382  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4549  RagB/SusD domain protein  35.97 
 
 
476 aa  239  5.999999999999999e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0213349  normal  0.0641014 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4610  RagB/SusD domain protein  35.89 
 
 
494 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0690802  normal  0.474781 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0056  RagB/SusD domain protein  36.85 
 
 
453 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5114  RagB/SusD domain protein  36.34 
 
 
480 aa  233  5e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184484  normal  0.114098 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0042  RagB/SusD domain protein  33.83 
 
 
472 aa  230  4e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3557  RagB/SusD domain-containing protein  33.62 
 
 
467 aa  229  6e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.927903  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3036  RagB/SusD domain-containing protein  33.05 
 
 
471 aa  229  8e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0180462  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1743  RagB/SusD domain protein  34.93 
 
 
466 aa  219  7e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0457607  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2098  RagB/SusD domain protein  32.54 
 
 
464 aa  218  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131245  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3207  RagB/SusD domain protein  36.48 
 
 
462 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.176888  normal  0.977355 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  30.96 
 
 
481 aa  164  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0338  RagB/SusD domain protein  28.78 
 
 
447 aa  150  5e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2080  RagB/SusD domain protein  29.07 
 
 
457 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0104067  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2730  RagB/SusD domain protein  30.92 
 
 
447 aa  148  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00424565 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0547  hypothetical protein  29.93 
 
 
446 aa  146  8.000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.395816  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  29.81 
 
 
497 aa  146  9e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0554  hypothetical protein  29.94 
 
 
458 aa  145  2e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.704424  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  33.72 
 
 
506 aa  145  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  30.92 
 
 
476 aa  144  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  28.02 
 
 
448 aa  142  9e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  34.6 
 
 
479 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  32.25 
 
 
483 aa  139  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  28.88 
 
 
478 aa  139  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  32.75 
 
 
488 aa  138  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  31.43 
 
 
494 aa  137  6.0000000000000005e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  30.58 
 
 
486 aa  136  8e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4221  RagB/SusD domain protein  29.05 
 
 
457 aa  135  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.964616 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  31.63 
 
 
494 aa  133  6.999999999999999e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1622  RagB/SusD domain protein  28.88 
 
 
447 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.339218 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  30.18 
 
 
481 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  33.63 
 
 
514 aa  130  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  31.1 
 
 
477 aa  129  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0453  RagB/SusD domain protein  29.62 
 
 
469 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000455349  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05675  hypothetical protein  30.82 
 
 
461 aa  129  2.0000000000000002e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.127954  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1122  RagB/SusD domain protein  29.57 
 
 
511 aa  127  3e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  29.25 
 
 
490 aa  127  6e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0455  RagB/SusD domain protein  28.49 
 
 
478 aa  126  9e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  29.8 
 
 
494 aa  126  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  27.85 
 
 
499 aa  125  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  28.48 
 
 
480 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3496  RagB/SusD domain protein  27.77 
 
 
519 aa  124  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000423782  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  27.27 
 
 
506 aa  124  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  29.01 
 
 
500 aa  123  6e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  31.07 
 
 
460 aa  121  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  32.24 
 
 
502 aa  120  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  29.24 
 
 
477 aa  120  7e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2208  RagB/SusD domain protein  27.91 
 
 
531 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.721066  normal  0.400828 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  26.72 
 
 
497 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  31.48 
 
 
487 aa  115  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0713  RagB/SusD domain protein  27.83 
 
 
491 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10796  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  28.43 
 
 
486 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  27.15 
 
 
499 aa  113  8.000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  26.78 
 
 
492 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  28.74 
 
 
491 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4268  RagB/SusD domain protein  27.64 
 
 
503 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246385  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  29.88 
 
 
503 aa  111  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0518  RagB/SusD domain protein  27.16 
 
 
483 aa  110  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00138157 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7252  RagB/SusD domain protein  26.41 
 
 
537 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.298373  normal  0.555692 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0440  RagB/SusD domain protein  27.83 
 
 
486 aa  108  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4209  RagB/SusD domain protein  27.6 
 
 
456 aa  107  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  28.61 
 
 
498 aa  106  8e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2828  RagB/SusD domain protein  27.03 
 
 
549 aa  106  9e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.251846  normal  0.0738006 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3372  RagB/SusD domain protein  25.71 
 
 
549 aa  105  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  28.26 
 
 
501 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  28.44 
 
 
541 aa  103  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1779  RagB/SusD domain protein  26.56 
 
 
485 aa  103  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2140  RagB/SusD domain protein  28.15 
 
 
529 aa  103  8e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.305226 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0869  RagB/SusD domain protein  27.38 
 
 
503 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0508495  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1803  RagB/SusD domain protein  30.2 
 
 
512 aa  102  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0005  RagB/SusD domain protein  26.94 
 
 
504 aa  102  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  26.04 
 
 
488 aa  102  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  26.79 
 
 
519 aa  102  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  29.66 
 
 
473 aa  102  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2136  RagB/SusD domain protein  27.23 
 
 
470 aa  100  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.528291 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0322  RagB/SusD domain protein  25.77 
 
 
534 aa  100  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0946991  normal  0.209656 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0974  RagB/SusD domain protein  27.01 
 
 
462 aa  99.4  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6739  RagB/SusD domain protein  30.18 
 
 
513 aa  99.4  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3870  RagB/SusD domain-containing protein  28.18 
 
 
498 aa  98.6  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248974  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2282  RagB/SusD domain protein  26.85 
 
 
540 aa  97.4  4e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108991 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3338  RagB/SusD domain-containing protein  32.21 
 
 
492 aa  97.4  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  29.34 
 
 
522 aa  97.1  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3634  RagB/SusD domain protein  28.99 
 
 
508 aa  96.7  8e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.623243  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4266  RagB/SusD domain protein  27.9 
 
 
527 aa  96.3  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.145699 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3539  RagB/SusD domain protein  26.31 
 
 
496 aa  94.7  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.247427  normal  0.288919 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1761  RagB/SusD domain protein  26.62 
 
 
539 aa  94  5e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.559477  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1129  RagB/SusD domain protein  29.4 
 
 
493 aa  94  6e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.259882  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>