More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5561 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5561  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 452 aa  929    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0500213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  41.28 
 
 		 456 aa  323  5e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1984  RagB/SusD domain protein  39.25 
 
 		 461 aa  318  2e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.494164  hitchhiker  0.00000440617 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2855  RagB/SusD domain protein  36.76 
 
 		 479 aa  286  4e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.142091 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3988  RagB/SusD domain protein  35.82 
 
 		 478 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3213  RagB/SusD domain protein  37.09 
 
 		 510 aa  278  2e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1658  RagB/SusD domain protein  37.07 
 
 		 464 aa  276  6e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.175275  normal  0.106302 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  37.42 
 
 		 480 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0135  RagB/SusD domain protein  37.09 
 
 		 493 aa  268  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  37.13 
 
 		 472 aa  268  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3557  RagB/SusD domain-containing protein  34.33 
 
 		 467 aa  255  1.0000000000000001e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.927903  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6428  RagB/SusD domain protein  35.5 
 
 		 466 aa  255  1.0000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1801  RagB/SusD domain protein  35.67 
 
 		 484 aa  254  3e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587569  hitchhiker  0.000152838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4549  RagB/SusD domain protein  36.63 
 
 		 476 aa  252  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0213349  normal  0.0641014 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3036  RagB/SusD domain-containing protein  33.41 
 
 		 471 aa  250  4e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0180462  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4374  RagB/SusD domain-containing protein  35.16 
 
 		 471 aa  250  4e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0916382  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5114  RagB/SusD domain protein  37.61 
 
 		 480 aa  248  1e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184484  normal  0.114098 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4610  RagB/SusD domain protein  35.54 
 
 		 494 aa  242  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0690802  normal  0.474781 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0042  RagB/SusD domain protein  34.46 
 
 		 472 aa  239  5.999999999999999e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3809  RagB/SusD domain protein  34.57 
 
 		 469 aa  236  5.0000000000000005e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00323854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3207  RagB/SusD domain protein  38.53 
 
 		 462 aa  235  9e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.176888  normal  0.977355 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0056  RagB/SusD domain protein  34.81 
 
 		 453 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1743  RagB/SusD domain protein  36.02 
 
 		 466 aa  223  7e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0457607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2098  RagB/SusD domain protein  33.33 
 
 		 464 aa  219  7.999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  33.25 
 
 		 477 aa  162  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  29.16 
 
 		 481 aa  157  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  28.81 
 
 		 478 aa  157  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  29.65 
 
 		 476 aa  154  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  30.04 
 
 		 481 aa  154  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4221  RagB/SusD domain protein  31.89 
 
 		 457 aa  149  9e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.964616 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0338  RagB/SusD domain protein  29.25 
 
 		 447 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0554  hypothetical protein  29.96 
 
 		 458 aa  145  2e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.704424  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  30.08 
 
 		 494 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  31.3 
 
 		 494 aa  139  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4209  RagB/SusD domain protein  32.66 
 
 		 456 aa  138  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2080  RagB/SusD domain protein  28.69 
 
 		 457 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0104067  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  28.89 
 
 		 448 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  30.88 
 
 		 506 aa  137  5e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  30.33 
 
 		 497 aa  136  7.000000000000001e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  30.97 
 
 		 483 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3539  RagB/SusD domain protein  28.03 
 
 		 496 aa  133  6.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.247427  normal  0.288919 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  29.2 
 
 		 477 aa  133  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  29.15 
 
 		 491 aa  133  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0518  RagB/SusD domain protein  27.48 
 
 		 483 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138157 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  31.15 
 
 		 479 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2730  RagB/SusD domain protein  28.79 
 
 		 447 aa  132  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424565 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2136  RagB/SusD domain protein  28.54 
 
 		 470 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.528291 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0547  hypothetical protein  28 
 
 		 446 aa  127  6e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.395816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0453  RagB/SusD domain protein  27.51 
 
 		 469 aa  123  6e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000455349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  27.08 
 
 		 499 aa  122  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  29.54 
 
 		 486 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  29.76 
 
 		 460 aa  120  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  28.12 
 
 		 480 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  27.98 
 
 		 502 aa  117  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  31.79 
 
 		 490 aa  117  5e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3338  RagB/SusD domain-containing protein  30.66 
 
 		 492 aa  116  6.9999999999999995e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3496  RagB/SusD domain protein  26.37 
 
 		 519 aa  116  8.999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000423782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1779  RagB/SusD domain protein  25.81 
 
 		 485 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4233  RagB/SusD domain-containing protein  28.5 
 
 		 511 aa  113  6e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  28.82 
 
 		 494 aa  113  9e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3049  RagB/SusD domain protein  28.02 
 
 		 475 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.459556  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05675  hypothetical protein  28.13 
 
 		 461 aa  112  1.0000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.127954  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  27.89 
 
 		 522 aa  109  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  28.16 
 
 		 488 aa  109  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0444  RagB/SusD domain protein  29.07 
 
 		 498 aa  108  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3634  RagB/SusD domain protein  27.97 
 
 		 510 aa  107  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358652  normal  0.222637 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0322  RagB/SusD domain protein  27.67 
 
 		 534 aa  106  8e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0946991  normal  0.209656 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1622  RagB/SusD domain protein  29.98 
 
 		 447 aa  106  8e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.339218 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1122  RagB/SusD domain protein  27.82 
 
 		 511 aa  105  1e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  29.75 
 
 		 486 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2244  RagB/SusD domain protein  26.2 
 
 		 532 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.170816  normal  0.955018 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1361  RagB/SusD domain protein  27.11 
 
 		 426 aa  104  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252312  normal  0.386209 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0713  RagB/SusD domain protein  28.81 
 
 		 491 aa  103  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10796  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1803  RagB/SusD domain protein  27.62 
 
 		 512 aa  103  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  27.21 
 
 		 498 aa  103  9e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0344  RagB/SusD domain protein  31.3 
 
 		 612 aa  102  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2021  RagB/SusD domain-containing protein  24.95 
 
 		 507 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.367368  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3944  hypothetical protein  29.02 
 
 		 451 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  28.57 
 
 		 473 aa  102  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4709  RagB/SusD domain protein  25.62 
 
 		 479 aa  100  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.529727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  24.6 
 
 		 488 aa  100  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  25.43 
 
 		 527 aa  100  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  27.95 
 
 		 501 aa  100  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  29.4 
 
 		 497 aa  100  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7252  RagB/SusD domain protein  24.54 
 
 		 537 aa  99.8  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.298373  normal  0.555692 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0440  RagB/SusD domain protein  25.66 
 
 		 486 aa  99  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  28.17 
 
 		 514 aa  99  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1282  RagB/SusD domain protein  27.29 
 
 		 613 aa  98.6  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5343  hypothetical protein  27.1 
 
 		 452 aa  98.2  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000704109  normal  0.022612 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  28.23 
 
 		 500 aa  98.6  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6287  RagB/SusD domain protein  24.72 
 
 		 531 aa  97.4  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.360151 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3995  hypothetical protein  26.84 
 
 		 459 aa  97.4  5e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.470085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0455  RagB/SusD domain protein  25.47 
 
 		 478 aa  97.4  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  24.2 
 
 		 519 aa  95.9  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4005  RagB/SusD domain protein  29.7 
 
 		 495 aa  95.5  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0243804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  27.96 
 
 		 492 aa  94.4  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2828  RagB/SusD domain protein  24.45 
 
 		 549 aa  94.4  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.251846  normal  0.0738006 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5654  RagB/SusD domain protein  25.84 
 
 		 511 aa  94.4  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.576188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2880  hypothetical protein  25.91 
 
 		 456 aa  94.4  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4848  RagB/SusD domain protein  25.61 
 
 		 523 aa  94  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.101496  hitchhiker  0.00561902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>