More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0056 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0056  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 453 aa  934    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  44.25 
 
 		 472 aa  371  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0135  RagB/SusD domain protein  44.4 
 
 		 493 aa  360  2e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0042  RagB/SusD domain protein  41.94 
 
 		 472 aa  352  8e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1984  RagB/SusD domain protein  42.92 
 
 		 461 aa  332  6e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.494164  hitchhiker  0.00000440617 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5114  RagB/SusD domain protein  41.9 
 
 		 480 aa  322  8e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184484  normal  0.114098 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1801  RagB/SusD domain protein  41.56 
 
 		 484 aa  318  1e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587569  hitchhiker  0.000152838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4610  RagB/SusD domain protein  41.03 
 
 		 494 aa  311  2e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0690802  normal  0.474781 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3213  RagB/SusD domain protein  39.75 
 
 		 510 aa  306  4.0000000000000004e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2855  RagB/SusD domain protein  38.69 
 
 		 479 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.142091 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  38.95 
 
 		 456 aa  301  2e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3988  RagB/SusD domain protein  37.97 
 
 		 478 aa  300  5e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  37.89 
 
 		 480 aa  281  2e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1658  RagB/SusD domain protein  37.61 
 
 		 464 aa  280  4e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.175275  normal  0.106302 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3557  RagB/SusD domain-containing protein  37.28 
 
 		 467 aa  274  3e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.927903  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3809  RagB/SusD domain protein  36.7 
 
 		 469 aa  255  9e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00323854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3207  RagB/SusD domain protein  39.43 
 
 		 462 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.176888  normal  0.977355 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3036  RagB/SusD domain-containing protein  35.85 
 
 		 471 aa  249  6e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0180462  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4549  RagB/SusD domain protein  36.9 
 
 		 476 aa  246  6e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0213349  normal  0.0641014 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6428  RagB/SusD domain protein  36.85 
 
 		 466 aa  244  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5561  RagB/SusD domain protein  35.23 
 
 		 452 aa  236  5.0000000000000005e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0500213 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4374  RagB/SusD domain-containing protein  34.42 
 
 		 471 aa  226  5.0000000000000005e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0916382  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2098  RagB/SusD domain protein  31.32 
 
 		 464 aa  201  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1743  RagB/SusD domain protein  32.97 
 
 		 466 aa  195  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0457607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0554  hypothetical protein  30.28 
 
 		 458 aa  146  6e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.704424  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  26.61 
 
 		 481 aa  145  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4221  RagB/SusD domain protein  30.43 
 
 		 457 aa  144  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.964616 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2080  RagB/SusD domain protein  29.86 
 
 		 457 aa  144  3e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0104067  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  28.54 
 
 		 448 aa  140  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  26.87 
 
 		 477 aa  133  7.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  31.01 
 
 		 476 aa  129  8.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0338  RagB/SusD domain protein  28.15 
 
 		 447 aa  126  6e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  30.39 
 
 		 481 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  29.26 
 
 		 487 aa  124  4e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1622  RagB/SusD domain protein  29.09 
 
 		 447 aa  121  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.339218 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  26.46 
 
 		 478 aa  120  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4209  RagB/SusD domain protein  28.3 
 
 		 456 aa  119  7.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  30.26 
 
 		 502 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  28.46 
 
 		 477 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  27.06 
 
 		 500 aa  118  3e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  28.89 
 
 		 494 aa  117  6e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  26.73 
 
 		 479 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0547  hypothetical protein  27.18 
 
 		 446 aa  114  3e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.395816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2730  RagB/SusD domain protein  26.36 
 
 		 447 aa  114  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424565 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  27.7 
 
 		 492 aa  113  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1803  RagB/SusD domain protein  26.77 
 
 		 512 aa  113  8.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  26.87 
 
 		 488 aa  112  9e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  26.49 
 
 		 494 aa  111  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  27.31 
 
 		 494 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0453  RagB/SusD domain protein  28.98 
 
 		 469 aa  111  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000455349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  27 
 
 		 486 aa  110  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4207  RagB/SusD domain protein  28.51 
 
 		 451 aa  110  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  29.08 
 
 		 497 aa  108  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6683  RagB/SusD domain protein  26.16 
 
 		 490 aa  107  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  26.7 
 
 		 498 aa  104  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3944  hypothetical protein  25.41 
 
 		 451 aa  104  4e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  26.71 
 
 		 499 aa  103  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  27.24 
 
 		 483 aa  103  5e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  27.41 
 
 		 506 aa  103  9e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0518  RagB/SusD domain protein  24.34 
 
 		 483 aa  102  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138157 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6228  RagB/SusD domain protein  27.99 
 
 		 511 aa  101  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  25.79 
 
 		 506 aa  100  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0536  RagB/SusD domain protein  27.76 
 
 		 456 aa  99.8  9e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05675  hypothetical protein  27.43 
 
 		 461 aa  98.2  2e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.127954  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6635  RagB/SusD domain protein  28.22 
 
 		 483 aa  98.2  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.258303 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  24.8 
 
 		 480 aa  97.1  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3634  RagB/SusD domain protein  25.85 
 
 		 510 aa  96.3  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358652  normal  0.222637 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  26.94 
 
 		 522 aa  96.3  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  27.81 
 
 		 491 aa  95.1  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  26.97 
 
 		 497 aa  94.7  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2115  RagB/SusD domain protein  27.75 
 
 		 508 aa  94.4  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.103234  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  25.8 
 
 		 473 aa  93.2  9e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1779  RagB/SusD domain protein  27.89 
 
 		 485 aa  91.7  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4175  RagB/SusD domain protein  26.87 
 
 		 504 aa  91.7  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.438263  normal  0.0393106 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0869  RagB/SusD domain protein  26.57 
 
 		 503 aa  90.5  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0508495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  26.25 
 
 		 490 aa  90.1  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1361  RagB/SusD domain protein  26.54 
 
 		 426 aa  90.1  8e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252312  normal  0.386209 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0455  RagB/SusD domain protein  26.27 
 
 		 478 aa  89  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4709  RagB/SusD domain protein  25.95 
 
 		 479 aa  89  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.529727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  26.94 
 
 		 519 aa  89  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3539  RagB/SusD domain protein  24.01 
 
 		 496 aa  87.8  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.247427  normal  0.288919 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  26.51 
 
 		 501 aa  87.8  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  23.42 
 
 		 527 aa  87.8  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  28.72 
 
 		 476 aa  87.8  4e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2136  RagB/SusD domain protein  25.95 
 
 		 470 aa  87  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.528291 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4233  RagB/SusD domain-containing protein  26.65 
 
 		 511 aa  86.7  8e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4672  RagB/SusD domain-containing protein  26.11 
 
 		 440 aa  86.3  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.719003  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3634  RagB/SusD domain protein  25.24 
 
 		 508 aa  85.9  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.623243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1925  RagB/SusD domain-containing protein  24.28 
 
 		 515 aa  84.7  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2081  RagB/SusD domain protein  28.9 
 
 		 500 aa  84  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3951  RagB/SusD domain protein  26.63 
 
 		 491 aa  83.2  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.108472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3870  RagB/SusD domain-containing protein  25.18 
 
 		 498 aa  82.8  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248974  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6450  RagB/SusD domain protein  24.6 
 
 		 493 aa  82.8  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.960528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  23.52 
 
 		 488 aa  82.8  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0268  RagB/SusD domain protein  26.39 
 
 		 502 aa  82.8  0.00000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.223566  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4195  RagB/SusD domain-containing protein  25.17 
 
 		 506 aa  82  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4496  RagB/SusD domain protein  26.44 
 
 		 456 aa  82.4  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.162209  normal  0.240118 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  25.72 
 
 		 503 aa  82  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2220  hypothetical protein  25.29 
 
 		 510 aa  82  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0277051  normal  0.582705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5343  hypothetical protein  25.39 
 
 		 452 aa  81.6  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000704109  normal  0.022612 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>