More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0042 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_0042  RagB/SusD domain protein  100 
 
 
472 aa  974    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  53.33 
 
 
472 aa  488  1e-137  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0135  RagB/SusD domain protein  43.48 
 
 
493 aa  376  1e-103  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1801  RagB/SusD domain protein  40.82 
 
 
484 aa  339  5e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587569  hitchhiker  0.000152838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0056  RagB/SusD domain protein  41.94 
 
 
453 aa  335  9e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4610  RagB/SusD domain protein  38.85 
 
 
494 aa  326  5e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0690802  normal  0.474781 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3213  RagB/SusD domain protein  38.76 
 
 
510 aa  322  9.999999999999999e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5114  RagB/SusD domain protein  39.27 
 
 
480 aa  315  9.999999999999999e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184484  normal  0.114098 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1984  RagB/SusD domain protein  38.61 
 
 
461 aa  313  4.999999999999999e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.494164  hitchhiker  0.00000440617 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  37.89 
 
 
456 aa  300  3e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3988  RagB/SusD domain protein  36.11 
 
 
478 aa  295  9e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1658  RagB/SusD domain protein  37.37 
 
 
464 aa  292  8e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.175275  normal  0.106302 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  36.73 
 
 
480 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2855  RagB/SusD domain protein  37.11 
 
 
479 aa  281  2e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.142091 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3036  RagB/SusD domain-containing protein  36.77 
 
 
471 aa  269  8.999999999999999e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0180462  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3557  RagB/SusD domain-containing protein  36.82 
 
 
467 aa  266  8e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.927903  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3809  RagB/SusD domain protein  35.28 
 
 
469 aa  252  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00323854  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4374  RagB/SusD domain-containing protein  32.49 
 
 
471 aa  240  4e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0916382  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3207  RagB/SusD domain protein  36.44 
 
 
462 aa  236  5.0000000000000005e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.176888  normal  0.977355 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4549  RagB/SusD domain protein  34.5 
 
 
476 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0213349  normal  0.0641014 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5561  RagB/SusD domain protein  34.24 
 
 
452 aa  234  3e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0500213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6428  RagB/SusD domain protein  33.83 
 
 
466 aa  230  4e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2098  RagB/SusD domain protein  32.63 
 
 
464 aa  209  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131245  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1743  RagB/SusD domain protein  31.48 
 
 
466 aa  202  7e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0457607  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0554  hypothetical protein  30.1 
 
 
458 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.704424  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  29.82 
 
 
481 aa  146  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  29.05 
 
 
477 aa  143  7e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2080  RagB/SusD domain protein  28.99 
 
 
457 aa  142  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0104067  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  31.23 
 
 
476 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0338  RagB/SusD domain protein  28.17 
 
 
447 aa  140  4.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  27.25 
 
 
448 aa  138  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  29.19 
 
 
494 aa  137  4e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  27.91 
 
 
477 aa  131  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4221  RagB/SusD domain protein  28.95 
 
 
457 aa  130  7.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.964616 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2730  RagB/SusD domain protein  28.82 
 
 
447 aa  128  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00424565 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  26.24 
 
 
481 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  27.14 
 
 
479 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  28.27 
 
 
494 aa  121  3e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  29.3 
 
 
486 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  30.27 
 
 
478 aa  120  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  28.4 
 
 
497 aa  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1622  RagB/SusD domain protein  27.87 
 
 
447 aa  116  7.999999999999999e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.339218 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3634  RagB/SusD domain protein  25.68 
 
 
508 aa  116  8.999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.623243  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  29.36 
 
 
494 aa  115  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  29.19 
 
 
483 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  27.66 
 
 
502 aa  116  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  29.26 
 
 
487 aa  114  3e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  27.81 
 
 
473 aa  114  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  27.92 
 
 
499 aa  114  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2136  RagB/SusD domain protein  27.86 
 
 
470 aa  113  7.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.528291 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  30.24 
 
 
514 aa  112  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  27.34 
 
 
497 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  27.25 
 
 
499 aa  111  4.0000000000000004e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6683  RagB/SusD domain protein  25.72 
 
 
490 aa  110  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  26.85 
 
 
491 aa  110  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  29.7 
 
 
503 aa  110  7.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3338  RagB/SusD domain-containing protein  26.65 
 
 
492 aa  106  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  26.29 
 
 
480 aa  106  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  27.75 
 
 
486 aa  105  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  26.81 
 
 
500 aa  105  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  28.89 
 
 
506 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4209  RagB/SusD domain protein  26.89 
 
 
456 aa  105  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3634  RagB/SusD domain protein  25.7 
 
 
510 aa  104  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358652  normal  0.222637 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0455  RagB/SusD domain protein  25.35 
 
 
478 aa  104  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0453  RagB/SusD domain protein  26.99 
 
 
469 aa  103  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000455349  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  27.22 
 
 
506 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3539  RagB/SusD domain protein  25 
 
 
496 aa  101  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.247427  normal  0.288919 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2081  RagB/SusD domain protein  29.09 
 
 
500 aa  100  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  27.18 
 
 
498 aa  100  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  25.79 
 
 
476 aa  100  8e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0005  RagB/SusD domain protein  27 
 
 
504 aa  99.4  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  29.63 
 
 
490 aa  98.6  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1803  RagB/SusD domain protein  25.94 
 
 
512 aa  98.6  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  25.56 
 
 
460 aa  98.2  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0518  RagB/SusD domain protein  26.6 
 
 
483 aa  98.2  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00138157 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0547  hypothetical protein  28.03 
 
 
446 aa  98.2  3e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.395816  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  24.2 
 
 
519 aa  98.2  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0869  RagB/SusD domain protein  27.9 
 
 
503 aa  97.8  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0508495  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  25.93 
 
 
488 aa  97.1  7e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  26.35 
 
 
501 aa  96.7  8e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4268  RagB/SusD domain protein  27.95 
 
 
503 aa  96.7  8e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246385  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3147  RagB/SusD domain protein  25.9 
 
 
482 aa  96.3  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05675  hypothetical protein  27.93 
 
 
461 aa  93.6  6e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.127954  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4266  RagB/SusD domain protein  26.62 
 
 
527 aa  93.6  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.145699 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3951  RagB/SusD domain protein  27.65 
 
 
491 aa  93.6  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.108472  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7252  RagB/SusD domain protein  24.77 
 
 
537 aa  93.2  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.298373  normal  0.555692 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6228  RagB/SusD domain protein  27.06 
 
 
511 aa  93.2  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  25 
 
 
499 aa  92.4  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3496  RagB/SusD domain protein  25.52 
 
 
519 aa  92.8  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000423782  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1498  RagB/SusD domain protein  26.5 
 
 
533 aa  92.4  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.855332  normal  0.354121 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2021  RagB/SusD domain-containing protein  26.42 
 
 
507 aa  90.1  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.367368  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4233  RagB/SusD domain-containing protein  27.25 
 
 
511 aa  90.1  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4207  RagB/SusD domain protein  28.09 
 
 
451 aa  89.7  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1122  RagB/SusD domain protein  23.74 
 
 
511 aa  89.4  1e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1078  RagB/SusD domain protein  24.06 
 
 
509 aa  89.7  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227742  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1779  RagB/SusD domain protein  28.4 
 
 
485 aa  89.4  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0634  RagB/SusD domain protein  25.36 
 
 
522 aa  89.7  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1925  RagB/SusD domain-containing protein  23.64 
 
 
515 aa  88.6  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6450  RagB/SusD domain protein  24.68 
 
 
493 aa  88.6  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.960528  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  25.59 
 
 
492 aa  89  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>