More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_7252 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_7252  RagB/SusD domain protein  100 
 
 
537 aa  1120    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.298373  normal  0.555692 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0440  RagB/SusD domain protein  45.34 
 
 
561 aa  447  1.0000000000000001e-124  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00952484  normal  0.789519 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5673  RagB/SusD domain protein  41.13 
 
 
555 aa  416  9.999999999999999e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0033424  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3980  RagB/SusD domain protein  41.52 
 
 
556 aa  405  1e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.607109  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1709  RagB/SusD domain protein  39.79 
 
 
573 aa  376  1e-103  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.131317  hitchhiker  0.00943188 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4783  RagB/SusD domain protein  38.6 
 
 
548 aa  340  4e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5507  RagB/SusD domain protein  38.05 
 
 
549 aa  338  1.9999999999999998e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000082911  hitchhiker  0.00267886 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1498  RagB/SusD domain protein  39.34 
 
 
533 aa  334  2e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.855332  normal  0.354121 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2301  RagB/SusD domain protein  31.9 
 
 
565 aa  249  6e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1424  RagB/SusD domain protein  31.68 
 
 
604 aa  248  1e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.560652 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2892  RagB/SusD domain protein  32.19 
 
 
624 aa  225  2e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1078  RagB/SusD domain protein  34.34 
 
 
509 aa  221  3e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227742  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4254  RagB/SusD domain-containing protein  30.68 
 
 
557 aa  187  3e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.804111  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0998  RagB/SusD domain protein  29.66 
 
 
544 aa  171  4e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3881  RagB/SusD domain-containing protein  27.64 
 
 
646 aa  156  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0794  RagB/SusD domain protein  27.07 
 
 
652 aa  143  6e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00512087  normal  0.040837 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  29.24 
 
 
494 aa  143  9e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  29.23 
 
 
483 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2078  RagB/SusD domain-containing protein  27.59 
 
 
530 aa  134  6e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3421  RagB/SusD domain protein  26.38 
 
 
521 aa  130  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2261  RagB/SusD domain protein  27.14 
 
 
560 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3419  RagB/SusD domain protein  26.6 
 
 
521 aa  128  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.311726  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  28.6 
 
 
479 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6432  RagB/SusD domain protein  28.62 
 
 
542 aa  124  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.427253  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  27.37 
 
 
502 aa  124  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  25.53 
 
 
500 aa  124  5e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  29.17 
 
 
477 aa  122  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5395  RagB/SusD domain protein  27.69 
 
 
506 aa  121  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0481462  normal  0.244827 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  28.32 
 
 
480 aa  121  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  27.48 
 
 
490 aa  120  6e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  26.13 
 
 
478 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4105  RagB/SusD domain protein  27.17 
 
 
551 aa  119  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6367  RagB/SusD domain protein  29.41 
 
 
547 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0017837  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  26.69 
 
 
486 aa  117  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  27 
 
 
497 aa  116  8.999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2268  RagB/SusD domain protein  27.05 
 
 
574 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5550  RagB/SusD domain protein  27.27 
 
 
520 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  27.04 
 
 
477 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0713  RagB/SusD domain protein  27.32 
 
 
491 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10796  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4993  RagB/SusD domain protein  24.96 
 
 
602 aa  114  5e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00438028  normal  0.145323 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1016  RagB/SusD domain protein  26.72 
 
 
594 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00288117  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0634  RagB/SusD domain protein  25.8 
 
 
522 aa  111  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0322  RagB/SusD domain protein  25.89 
 
 
534 aa  111  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0946991  normal  0.209656 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  33.79 
 
 
460 aa  110  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  28.57 
 
 
527 aa  110  7.000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2218  RagB/SusD domain protein  28.88 
 
 
566 aa  110  8.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.149303 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  25.66 
 
 
519 aa  109  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6428  RagB/SusD domain protein  26.41 
 
 
466 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  25.48 
 
 
492 aa  108  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  26.95 
 
 
486 aa  107  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2115  RagB/SusD domain protein  26.73 
 
 
508 aa  107  8e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.103234  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  26.85 
 
 
491 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  28.22 
 
 
522 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5654  RagB/SusD domain protein  26.5 
 
 
511 aa  104  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.576188  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  26.44 
 
 
494 aa  104  5e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  25.83 
 
 
488 aa  103  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  26.08 
 
 
541 aa  103  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  32.13 
 
 
473 aa  102  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4268  RagB/SusD domain protein  25.64 
 
 
503 aa  103  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246385  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5647  RagB/SusD domain protein  24.45 
 
 
520 aa  102  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.688927  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0518  RagB/SusD domain protein  27.29 
 
 
483 aa  101  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00138157 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  35.92 
 
 
506 aa  101  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4709  RagB/SusD domain protein  30.07 
 
 
479 aa  101  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.529727  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2282  RagB/SusD domain protein  26.12 
 
 
540 aa  101  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108991 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  26.24 
 
 
514 aa  100  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3965  RagB/SusD domain protein  27.39 
 
 
664 aa  100  7e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00142425  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3634  RagB/SusD domain protein  26.09 
 
 
510 aa  100  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358652  normal  0.222637 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  32.34 
 
 
499 aa  100  9e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  31.21 
 
 
476 aa  99.8  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4823  RagB/SusD domain protein  30.18 
 
 
495 aa  99  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000639961  hitchhiker  0.00000000207149 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  26.3 
 
 
506 aa  99  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1122  RagB/SusD domain protein  27.06 
 
 
511 aa  99.4  2e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2601  RagB/SusD domain protein  25.86 
 
 
618 aa  98.6  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.913559 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  28.97 
 
 
481 aa  97.8  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3213  RagB/SusD domain protein  23.48 
 
 
510 aa  97.8  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  25.67 
 
 
499 aa  97.8  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  30.4 
 
 
481 aa  97.4  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6739  RagB/SusD domain protein  27.17 
 
 
513 aa  97.1  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0788  RagB/SusD domain protein  27.21 
 
 
603 aa  96.7  9e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3634  RagB/SusD domain protein  25.62 
 
 
508 aa  96.3  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.623243  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0135  RagB/SusD domain protein  24.18 
 
 
493 aa  96.3  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  26.06 
 
 
476 aa  95.5  2e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1406  RagB/SusD domain-containing protein  27.91 
 
 
534 aa  95.1  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0224524  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3496  RagB/SusD domain protein  27.61 
 
 
519 aa  95.1  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000423782  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1801  RagB/SusD domain protein  24.21 
 
 
484 aa  95.1  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587569  hitchhiker  0.000152838 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1572  RagB/SusD domain protein  32.96 
 
 
541 aa  94.4  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00617416  normal  0.812354 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6167  RagB/SusD domain protein  27.34 
 
 
530 aa  94.7  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00835127 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2208  RagB/SusD domain protein  25.95 
 
 
531 aa  94  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.721066  normal  0.400828 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0444  RagB/SusD domain protein  23.2 
 
 
498 aa  94  7e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2532  RagB/SusD domain protein  25.12 
 
 
559 aa  93.6  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4549  RagB/SusD domain protein  25.63 
 
 
476 aa  92.8  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0213349  normal  0.0641014 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1639  hypothetical protein  27.25 
 
 
750 aa  93.2  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.667297  normal  0.273253 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  25.89 
 
 
480 aa  93.2  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0042  RagB/SusD domain protein  24.77 
 
 
472 aa  93.2  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1658  RagB/SusD domain protein  26.61 
 
 
464 aa  92  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.175275  normal  0.106302 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0810  RagB/SusD domain protein  24.91 
 
 
499 aa  91.7  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00428067  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5561  RagB/SusD domain protein  24.54 
 
 
452 aa  91.7  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0500213 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1129  RagB/SusD domain protein  26.32 
 
 
493 aa  90.5  8e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.259882  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0869  RagB/SusD domain protein  25.36 
 
 
503 aa  90.1  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0508495  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  25.57 
 
 
514 aa  89.4  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>