More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4549 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4549  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 476 aa  969    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0213349  normal  0.0641014 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1984  RagB/SusD domain protein  38.76 
 
 		 461 aa  309  9e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.494164  hitchhiker  0.00000440617 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  42.98 
 
 		 480 aa  307  3e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  40.21 
 
 		 456 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2855  RagB/SusD domain protein  40.04 
 
 		 479 aa  302  8.000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.142091 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3809  RagB/SusD domain protein  39.04 
 
 		 469 aa  300  4e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00323854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3988  RagB/SusD domain protein  37.3 
 
 		 478 aa  293  5e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1658  RagB/SusD domain protein  39.28 
 
 		 464 aa  289  7e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.175275  normal  0.106302 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1801  RagB/SusD domain protein  40.21 
 
 		 484 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587569  hitchhiker  0.000152838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5114  RagB/SusD domain protein  38.99 
 
 		 480 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184484  normal  0.114098 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3207  RagB/SusD domain protein  38.26 
 
 		 462 aa  260  4e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.176888  normal  0.977355 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  36.44 
 
 		 472 aa  252  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5561  RagB/SusD domain protein  36.5 
 
 		 452 aa  249  6e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0500213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3213  RagB/SusD domain protein  34.95 
 
 		 510 aa  246  8e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0056  RagB/SusD domain protein  37.53 
 
 		 453 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6428  RagB/SusD domain protein  35.97 
 
 		 466 aa  242  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0135  RagB/SusD domain protein  36.93 
 
 		 493 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0042  RagB/SusD domain protein  34.62 
 
 		 472 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3036  RagB/SusD domain-containing protein  35.21 
 
 		 471 aa  232  1e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0180462  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3557  RagB/SusD domain-containing protein  33.4 
 
 		 467 aa  227  4e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.927903  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2098  RagB/SusD domain protein  32.62 
 
 		 464 aa  227  4e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4374  RagB/SusD domain-containing protein  31.37 
 
 		 471 aa  210  6e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0916382  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1743  RagB/SusD domain protein  32.39 
 
 		 466 aa  207  3e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0457607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4610  RagB/SusD domain protein  33.33 
 
 		 494 aa  203  4e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0690802  normal  0.474781 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  31.34 
 
 		 478 aa  166  6.9999999999999995e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4221  RagB/SusD domain protein  31.39 
 
 		 457 aa  155  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.964616 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0338  RagB/SusD domain protein  31.29 
 
 		 447 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  31.79 
 
 		 481 aa  153  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0554  hypothetical protein  30.18 
 
 		 458 aa  152  1e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.704424  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  30.24 
 
 		 448 aa  151  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  30.43 
 
 		 477 aa  142  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  29.8 
 
 		 476 aa  142  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  30.74 
 
 		 481 aa  138  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2080  RagB/SusD domain protein  29.64 
 
 		 457 aa  138  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0104067  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  30.06 
 
 		 477 aa  135  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2730  RagB/SusD domain protein  30.36 
 
 		 447 aa  133  6.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424565 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  31.91 
 
 		 498 aa  133  7.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1803  RagB/SusD domain protein  29.27 
 
 		 512 aa  133  7.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  30.24 
 
 		 483 aa  131  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  31.16 
 
 		 479 aa  131  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  29.07 
 
 		 502 aa  130  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  28.63 
 
 		 491 aa  129  8.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  29.06 
 
 		 497 aa  126  7e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  30.12 
 
 		 497 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  31.14 
 
 		 480 aa  123  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  26.92 
 
 		 488 aa  116  8.999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6683  RagB/SusD domain protein  29.09 
 
 		 490 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0547  hypothetical protein  28.87 
 
 		 446 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.395816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  28.79 
 
 		 487 aa  115  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1622  RagB/SusD domain protein  31.12 
 
 		 447 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.339218 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  28.26 
 
 		 494 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  30.62 
 
 		 494 aa  114  3e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3634  RagB/SusD domain protein  27.93 
 
 		 510 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358652  normal  0.222637 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3147  RagB/SusD domain protein  27.74 
 
 		 482 aa  113  8.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  28.12 
 
 		 486 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  24.49 
 
 		 527 aa  110  6e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0440  RagB/SusD domain protein  27.88 
 
 		 486 aa  109  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6228  RagB/SusD domain protein  28.71 
 
 		 511 aa  109  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  26.73 
 
 		 501 aa  107  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2136  RagB/SusD domain protein  26.6 
 
 		 470 aa  107  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.528291 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  29.69 
 
 		 494 aa  105  1e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0444  RagB/SusD domain protein  28.13 
 
 		 498 aa  105  2e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1779  RagB/SusD domain protein  28.92 
 
 		 485 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  27.47 
 
 		 506 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4209  RagB/SusD domain protein  28.69 
 
 		 456 aa  104  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  26.06 
 
 		 500 aa  103  6e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05675  hypothetical protein  29.32 
 
 		 461 aa  103  8e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.127954  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0005  RagB/SusD domain protein  24.56 
 
 		 504 aa  102  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  28.53 
 
 		 476 aa  101  3e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2843  RagB/SusD domain protein  24.32 
 
 		 622 aa  101  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00579514 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2282  RagB/SusD domain protein  24.68 
 
 		 540 aa  101  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108991 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3338  RagB/SusD domain-containing protein  29.75 
 
 		 492 aa  100  5e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0869  RagB/SusD domain protein  25.33 
 
 		 503 aa  100  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0508495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5058  RagB/SusD domain protein  25.34 
 
 		 493 aa  99.4  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  27.87 
 
 		 490 aa  99.4  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3539  RagB/SusD domain protein  25.79 
 
 		 496 aa  98.6  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.247427  normal  0.288919 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  27.22 
 
 		 499 aa  98.6  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4233  RagB/SusD domain-containing protein  27.6 
 
 		 511 aa  97.4  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7252  RagB/SusD domain protein  26.17 
 
 		 537 aa  97.8  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.298373  normal  0.555692 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2272  RagB/SusD domain protein  26.04 
 
 		 491 aa  97.4  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  27.18 
 
 		 492 aa  97.1  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  25.89 
 
 		 488 aa  97.1  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  26.24 
 
 		 486 aa  97.1  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  28.83 
 
 		 514 aa  96.7  8e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  27.67 
 
 		 484 aa  96.3  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4175  RagB/SusD domain protein  27.19 
 
 		 504 aa  96.3  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.438263  normal  0.0393106 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  28.51 
 
 		 460 aa  94.7  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0518  RagB/SusD domain protein  25.74 
 
 		 483 aa  93.6  7e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138157 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  30.14 
 
 		 503 aa  93.2  8e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6287  RagB/SusD domain protein  25 
 
 		 531 aa  93.2  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.360151 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0713  RagB/SusD domain protein  27.02 
 
 		 491 aa  92.8  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10796  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3965  RagB/SusD domain protein  24.14 
 
 		 664 aa  92.8  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00142425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0455  RagB/SusD domain protein  27.87 
 
 		 478 aa  92  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4497  RagB/SusD domain protein  27.51 
 
 		 531 aa  91.7  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3049  RagB/SusD domain protein  25.85 
 
 		 475 aa  91.7  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.459556  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1122  RagB/SusD domain protein  24.57 
 
 		 511 aa  91.3  3e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2208  RagB/SusD domain protein  25.29 
 
 		 531 aa  91.7  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.721066  normal  0.400828 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4709  RagB/SusD domain protein  28.09 
 
 		 479 aa  91.7  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.529727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6432  RagB/SusD domain protein  26.76 
 
 		 542 aa  90.9  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.427253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2115  RagB/SusD domain protein  27.04 
 
 		 508 aa  90.9  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.103234  normal  0.67321 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>