279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4175 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4175  RagB/SusD domain protein  100 
 
 
504 aa  1053    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.438263  normal  0.0393106 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6635  RagB/SusD domain protein  38.9 
 
 
483 aa  322  9.999999999999999e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.258303 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2272  RagB/SusD domain protein  36.36 
 
 
491 aa  268  2e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0453  RagB/SusD domain protein  29.86 
 
 
469 aa  174  5e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000455349  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  27.27 
 
 
448 aa  135  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2081  RagB/SusD domain protein  28.35 
 
 
500 aa  133  7.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0440  RagB/SusD domain protein  28 
 
 
486 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0338  RagB/SusD domain protein  27.33 
 
 
447 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4207  RagB/SusD domain protein  30.26 
 
 
451 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4209  RagB/SusD domain protein  28.3 
 
 
456 aa  124  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6565  RagB/SusD domain protein  27.14 
 
 
488 aa  121  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0333955  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1925  RagB/SusD domain-containing protein  25.96 
 
 
515 aa  120  6e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3036  RagB/SusD domain-containing protein  28.57 
 
 
471 aa  115  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0180462  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0554  hypothetical protein  26.89 
 
 
458 aa  109  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.704424  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  30.47 
 
 
456 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2080  RagB/SusD domain protein  29.31 
 
 
457 aa  108  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0104067  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05675  hypothetical protein  25.78 
 
 
461 aa  107  4e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.127954  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1622  RagB/SusD domain protein  30.79 
 
 
447 aa  106  8e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.339218 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  26.34 
 
 
497 aa  103  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3147  RagB/SusD domain protein  27.31 
 
 
482 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1361  RagB/SusD domain protein  27.48 
 
 
426 aa  102  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252312  normal  0.386209 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0455  RagB/SusD domain protein  28.54 
 
 
478 aa  99.8  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0547  hypothetical protein  27.19 
 
 
446 aa  99  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.395816  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  27.57 
 
 
480 aa  99.4  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  25.39 
 
 
494 aa  99  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6450  RagB/SusD domain protein  24.71 
 
 
493 aa  98.2  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.960528  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3250  RagB/SusD domain-containing protein  27.08 
 
 
511 aa  97.8  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  25.24 
 
 
481 aa  97.8  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  25.18 
 
 
499 aa  95.5  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  25.27 
 
 
476 aa  95.1  3e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4610  RagB/SusD domain protein  28.14 
 
 
494 aa  94.4  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0690802  normal  0.474781 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  26.53 
 
 
499 aa  94.4  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0268  RagB/SusD domain protein  24.52 
 
 
502 aa  94  5e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.223566  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  23.3 
 
 
486 aa  93.6  8e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5654  RagB/SusD domain protein  25.21 
 
 
511 aa  93.2  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.576188  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  24.43 
 
 
519 aa  93.6  9e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  26.6 
 
 
479 aa  93.2  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0056  RagB/SusD domain protein  27.39 
 
 
453 aa  92  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  25.21 
 
 
477 aa  91.7  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0869  RagB/SusD domain protein  27.33 
 
 
503 aa  91.3  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0508495  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  28.73 
 
 
472 aa  90.9  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0536  RagB/SusD domain protein  27.43 
 
 
456 aa  90.9  5e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2946  hypothetical protein  28.44 
 
 
476 aa  90.5  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3557  RagB/SusD domain-containing protein  26.61 
 
 
467 aa  90.1  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.927903  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  23.91 
 
 
476 aa  90.1  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2115  RagB/SusD domain protein  24.77 
 
 
508 aa  89.7  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.103234  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4549  RagB/SusD domain protein  27.27 
 
 
476 aa  89.7  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0213349  normal  0.0641014 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4195  RagB/SusD domain-containing protein  27.81 
 
 
506 aa  89  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  26.35 
 
 
488 aa  88.6  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0726  RagB/SusD domain protein  26.93 
 
 
448 aa  89  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.76013  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1801  RagB/SusD domain protein  30.28 
 
 
484 aa  87.4  5e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587569  hitchhiker  0.000152838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2265  hypothetical protein  24.17 
 
 
451 aa  87.4  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  25.74 
 
 
480 aa  86.7  8e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3809  RagB/SusD domain protein  26.89 
 
 
469 aa  87  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00323854  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5114  RagB/SusD domain protein  28.46 
 
 
480 aa  86.7  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184484  normal  0.114098 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1984  RagB/SusD domain protein  24.89 
 
 
461 aa  86.3  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.494164  hitchhiker  0.00000440617 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2098  RagB/SusD domain protein  25.68 
 
 
464 aa  86.3  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131245  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  27.3 
 
 
491 aa  85.9  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4221  RagB/SusD domain protein  26.52 
 
 
457 aa  85.5  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.964616 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  23.72 
 
 
503 aa  84.3  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1992  hypothetical protein  25.44 
 
 
452 aa  84.3  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.376684  hitchhiker  0.000060714 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  24.41 
 
 
477 aa  84  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4950  RagB/SusD domain-containing protein  25.85 
 
 
532 aa  83.6  0.000000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  unclonable  0.000000000321491  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2730  RagB/SusD domain protein  24.23 
 
 
447 aa  83.6  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00424565 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  24.17 
 
 
494 aa  82.8  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  25.16 
 
 
460 aa  83.2  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  25.46 
 
 
500 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  24.82 
 
 
506 aa  82.4  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3338  RagB/SusD domain-containing protein  25.71 
 
 
492 aa  80.9  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6167  RagB/SusD domain protein  24.32 
 
 
530 aa  80.9  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00835127 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6683  RagB/SusD domain protein  24.65 
 
 
490 aa  80.9  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  25.85 
 
 
497 aa  80.9  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0005  RagB/SusD domain protein  24.14 
 
 
504 aa  80.1  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0042  RagB/SusD domain protein  27.7 
 
 
472 aa  79.3  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  24.49 
 
 
483 aa  79  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  24.81 
 
 
502 aa  78.6  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0974  RagB/SusD domain protein  23.83 
 
 
462 aa  79.3  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3995  hypothetical protein  25.16 
 
 
459 aa  78.6  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.470085  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  27.29 
 
 
478 aa  78.2  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0785  RagB/SusD domain protein  23.32 
 
 
511 aa  78.2  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1353  hypothetical protein  24.66 
 
 
454 aa  77.8  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  26.65 
 
 
541 aa  78.2  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  25.93 
 
 
492 aa  77  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  25.21 
 
 
501 aa  77  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1572  RagB/SusD domain protein  29.17 
 
 
541 aa  77  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00617416  normal  0.812354 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3988  RagB/SusD domain protein  26.15 
 
 
478 aa  76.3  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0444  RagB/SusD domain protein  26.19 
 
 
498 aa  76.3  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4672  RagB/SusD domain-containing protein  26.45 
 
 
440 aa  76.3  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.719003  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2855  RagB/SusD domain protein  24.39 
 
 
479 aa  75.9  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.142091 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1075  hypothetical protein  22.65 
 
 
449 aa  75.9  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.338783  normal  0.0182355 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3049  RagB/SusD domain protein  26.61 
 
 
475 aa  75.5  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.459556  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4374  RagB/SusD domain-containing protein  25.72 
 
 
471 aa  75.9  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0916382  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  23.73 
 
 
473 aa  75.9  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2846  RagB/SusD domain protein  22.12 
 
 
487 aa  75.1  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000771194  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  25 
 
 
522 aa  75.1  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5395  RagB/SusD domain protein  23.06 
 
 
506 aa  75.1  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0481462  normal  0.244827 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2880  hypothetical protein  25.82 
 
 
456 aa  74.7  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6739  RagB/SusD domain protein  24.86 
 
 
513 aa  74.7  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3496  RagB/SusD domain protein  24.82 
 
 
519 aa  74.3  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000423782  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6530  RagB/SusD domain protein  23.27 
 
 
521 aa  74.3  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>