More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6683 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6683  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 490 aa  1007    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1782  RagB/SusD domain protein  27.38 
 
 		 510 aa  171  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1778  RagB/SusD domain protein  26.2 
 
 		 504 aa  158  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0496673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1622  RagB/SusD domain protein  29.16 
 
 		 447 aa  146  9e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.339218 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  29.72 
 
 		 476 aa  141  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  29.05 
 
 		 483 aa  141  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  28.78 
 
 		 477 aa  140  6e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  28.97 
 
 		 500 aa  138  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  29.15 
 
 		 481 aa  137  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0554  hypothetical protein  27.81 
 
 		 458 aa  136  9.999999999999999e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.704424  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  31.57 
 
 		 494 aa  134  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  29.44 
 
 		 488 aa  134  5e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  27.22 
 
 		 479 aa  133  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2855  RagB/SusD domain protein  27.13 
 
 		 479 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.142091 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  28.28 
 
 		 448 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  27.78 
 
 		 497 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  26.52 
 
 		 477 aa  131  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2080  RagB/SusD domain protein  29.29 
 
 		 457 aa  131  3e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0104067  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  26.32 
 
 		 456 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  28.66 
 
 		 478 aa  130  6e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  28.49 
 
 		 492 aa  130  7.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3809  RagB/SusD domain protein  28.29 
 
 		 469 aa  129  8.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00323854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2225  RagB/SusD domain protein  28.27 
 
 		 491 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  27.86 
 
 		 519 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4209  RagB/SusD domain protein  29.34 
 
 		 456 aa  127  6e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  27.37 
 
 		 499 aa  127  6e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5114  RagB/SusD domain protein  28 
 
 		 480 aa  125  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184484  normal  0.114098 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  25.86 
 
 		 514 aa  125  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  27.01 
 
 		 481 aa  125  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1904  RagB/SusD domain protein  28.3 
 
 		 492 aa  124  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.879306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  28.04 
 
 		 502 aa  123  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2282  RagB/SusD domain protein  29.67 
 
 		 540 aa  123  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108991 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  28.41 
 
 		 460 aa  123  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0135  RagB/SusD domain protein  26.26 
 
 		 493 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  27.91 
 
 		 490 aa  121  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  26.67 
 
 		 503 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  26.82 
 
 		 497 aa  121  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  30.2 
 
 		 487 aa  120  4.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  27.73 
 
 		 472 aa  119  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0547  hypothetical protein  28.78 
 
 		 446 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.395816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  29.35 
 
 		 473 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0446  RagB/SusD domain protein  27.17 
 
 		 530 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  26.09 
 
 		 499 aa  117  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  28.54 
 
 		 486 aa  117  6e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0042  RagB/SusD domain protein  26.61 
 
 		 472 aa  116  8.999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4950  RagB/SusD domain-containing protein  27.45 
 
 		 532 aa  116  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  unclonable  0.000000000321491  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  28.04 
 
 		 494 aa  115  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  27.73 
 
 		 506 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4549  RagB/SusD domain protein  28.66 
 
 		 476 aa  114  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0213349  normal  0.0641014 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4221  RagB/SusD domain protein  27.39 
 
 		 457 aa  114  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.964616 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  26.96 
 
 		 491 aa  114  6e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1743  RagB/SusD domain protein  27.79 
 
 		 466 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0457607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2208  RagB/SusD domain protein  26.63 
 
 		 531 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.721066  normal  0.400828 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0338  RagB/SusD domain protein  25.71 
 
 		 447 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  25.97 
 
 		 480 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1129  RagB/SusD domain protein  27.72 
 
 		 493 aa  112  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.259882  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1984  RagB/SusD domain protein  26.81 
 
 		 461 aa  111  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.494164  hitchhiker  0.00000440617 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0005  RagB/SusD domain protein  28.6 
 
 		 504 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6530  RagB/SusD domain protein  26.86 
 
 		 521 aa  110  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  27.12 
 
 		 486 aa  109  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  25.8 
 
 		 522 aa  109  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0056  RagB/SusD domain protein  26 
 
 		 453 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2644  RagB/SusD domain protein  27.39 
 
 		 490 aa  108  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.941538 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2709  RagB/SusD domain protein  27.14 
 
 		 489 aa  107  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000284151  normal  0.714697 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5395  RagB/SusD domain protein  26.61 
 
 		 506 aa  107  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0481462  normal  0.244827 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  25.67 
 
 		 488 aa  107  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3213  RagB/SusD domain protein  26.23 
 
 		 510 aa  107  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3391  RagB/SusD domain protein  26.19 
 
 		 507 aa  106  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540028  normal  0.274912 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2653  RagB/SusD domain protein  25.18 
 
 		 572 aa  106  8e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  25.68 
 
 		 480 aa  106  8e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2220  hypothetical protein  25.32 
 
 		 510 aa  106  9e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0277051  normal  0.582705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4848  RagB/SusD domain protein  25.9 
 
 		 523 aa  106  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.101496  hitchhiker  0.00561902 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0518  RagB/SusD domain protein  26.68 
 
 		 483 aa  105  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138157 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2021  RagB/SusD domain-containing protein  25.89 
 
 		 507 aa  105  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.367368  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3578  RagB/SusD domain protein  28.42 
 
 		 472 aa  105  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.728117  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  27.14 
 
 		 501 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2730  RagB/SusD domain protein  26.27 
 
 		 447 aa  105  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424565 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2846  RagB/SusD domain protein  26.14 
 
 		 487 aa  105  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000771194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2098  RagB/SusD domain protein  25.41 
 
 		 464 aa  104  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  26.17 
 
 		 484 aa  104  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2828  RagB/SusD domain protein  24.9 
 
 		 549 aa  104  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.251846  normal  0.0738006 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2272  RagB/SusD domain protein  29.13 
 
 		 491 aa  103  5e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  26.53 
 
 		 527 aa  102  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  25.73 
 
 		 499 aa  102  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5654  RagB/SusD domain protein  25.61 
 
 		 511 aa  102  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.576188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0440  RagB/SusD domain protein  26.98 
 
 		 486 aa  102  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  28.57 
 
 		 498 aa  101  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1803  RagB/SusD domain protein  26.42 
 
 		 512 aa  101  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3036  RagB/SusD domain-containing protein  25.87 
 
 		 471 aa  100  5e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0180462  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3965  RagB/SusD domain protein  27.31 
 
 		 664 aa  100  5e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00142425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  25.86 
 
 		 514 aa  100  5e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3980  RagB/SusD domain protein  24.91 
 
 		 556 aa  100  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.607109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3634  RagB/SusD domain protein  25.67 
 
 		 508 aa  100  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.623243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0634  RagB/SusD domain protein  26.32 
 
 		 522 aa  99.4  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3870  RagB/SusD domain-containing protein  25 
 
 		 498 aa  99  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248974  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1658  RagB/SusD domain protein  25.27 
 
 		 464 aa  97.8  4e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.175275  normal  0.106302 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4610  RagB/SusD domain protein  24.81 
 
 		 494 aa  97.4  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0690802  normal  0.474781 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05675  hypothetical protein  24.9 
 
 		 461 aa  97.1  7e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.127954  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  27.18 
 
 		 494 aa  95.9  1e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6428  RagB/SusD domain protein  24.85 
 
 		 466 aa  96.7  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>