More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3745 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 201 aa  411  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  57.78 
 
 		 196 aa  225  3e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 203 aa  166  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 211 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 203 aa  157  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 204 aa  156  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 201 aa  156  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  43.62 
 
 		 200 aa  155  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  41.49 
 
 		 204 aa  154  9e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 204 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 205 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  41.99 
 
 		 205 aa  142  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  39.46 
 
 		 208 aa  139  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  38.38 
 
 		 207 aa  134  9e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  38.38 
 
 		 207 aa  134  9e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 201 aa  115  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  32.82 
 
 		 202 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 202 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 209 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 204 aa  95.5  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  35.85 
 
 		 196 aa  91.7  6e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  31.14 
 
 		 202 aa  88.6  6e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  30.5 
 
 		 204 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 205 aa  83.2  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  33.75 
 
 		 195 aa  82.8  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  30.06 
 
 		 204 aa  82.4  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 204 aa  82.4  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 204 aa  80.9  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 204 aa  80.1  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 205 aa  79.7  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  29.58 
 
 		 204 aa  77  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 205 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 205 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 204 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  30.26 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  30.66 
 
 		 205 aa  75.9  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 205 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 206 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 205 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 205 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 195 aa  72.4  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 194 aa  69.3  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  27.66 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 224 aa  68.9  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 205 aa  67.8  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 193 aa  67.8  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 210 aa  67.8  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2324  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 195 aa  67.8  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 200 aa  67.8  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 208 aa  66.6  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 205 aa  65.1  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  28.9 
 
 		 242 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  27.65 
 
 		 243 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  28.24 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  27.65 
 
 		 243 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 195 aa  61.2  0.00000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  26.14 
 
 		 195 aa  60.8  0.00000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  37.14 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 191 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  28.22 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 242 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0464  transcriptional regulator, TetR family  35.24 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1062  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 215 aa  58.2  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.453034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3984  transcriptional regulator, TetR family  25.63 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.562971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 191 aa  54.7  0.0000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1372  TetR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027491 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1380  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 214 aa  53.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000685689  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3554  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 219 aa  53.1  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.725934  normal  0.0606309 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1420  hypothetical protein  40.28 
 
 		 101 aa  52.8  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57852  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1623  transcriptional regulator, TetR family  23.21 
 
 		 205 aa  52.8  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3408  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 205 aa  52.4  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.954504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 243 aa  52.4  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1711  putative transcriptional regulator, TetR family  33.91 
 
 		 208 aa  52.4  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.195446 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1984  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 196 aa  52  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 190 aa  52  0.000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 223 aa  51.6  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2516  transcriptional regulator, TetR family  25.18 
 
 		 188 aa  51.6  0.000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0832  transcriptional regulator, TetR family  30.28 
 
 		 196 aa  51.6  0.000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07011  transcriptional regulator  30.2 
 
 		 189 aa  51.6  0.000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4245  regulatory protein, TetR  27.88 
 
 		 221 aa  51.2  0.000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02226  transcriptional regulator, TetR family protein  28.8 
 
 		 196 aa  50.8  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.972925  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3907  regulatory protein TetR  26.54 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  50.1  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7736  putative transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 205 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.97147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 210 aa  50.1  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  25.38 
 
 		 205 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 212 aa  49.7  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>