More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0469 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  100 
 
 		 601 aa  1196    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  47.14 
 
 		 634 aa  442  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 614 aa  385  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 630 aa  293  6e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  36 
 
 		 638 aa  286  8e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  33.39 
 
 		 588 aa  278  2e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 612 aa  248  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 565 aa  248  3e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 611 aa  247  4e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 627 aa  243  5e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  34.18 
 
 		 673 aa  243  6e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  33.66 
 
 		 629 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  30.66 
 
 		 631 aa  226  9e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  29.68 
 
 		 603 aa  226  1e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  31.44 
 
 		 564 aa  224  3e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  29.53 
 
 		 625 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  28.73 
 
 		 629 aa  219  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  30.04 
 
 		 624 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  30 
 
 		 618 aa  213  7e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 625 aa  212  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 625 aa  211  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  29.49 
 
 		 625 aa  210  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 636 aa  207  3e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  33.02 
 
 		 795 aa  205  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  29.45 
 
 		 631 aa  204  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1153  diguanylate cyclase  31.62 
 
 		 596 aa  204  5e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.442479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  28.57 
 
 		 641 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1073  7TM domain sensor diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 596 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.494808  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 622 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.68 
 
 		 853 aa  198  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  28.31 
 
 		 578 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  27.32 
 
 		 621 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4796  sensor histidine kinase  33.49 
 
 		 668 aa  198  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.49 
 
 		 782 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.88 
 
 		 867 aa  197  5.000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4339  sensor histidine kinase  31.53 
 
 		 677 aa  196  7e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.691571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  29.25 
 
 		 621 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  28.97 
 
 		 624 aa  194  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  28.94 
 
 		 610 aa  194  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 628 aa  194  4e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 628 aa  194  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32 
 
 		 802 aa  193  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 628 aa  192  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 		 662 aa  192  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.42 
 
 		 663 aa  192  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  26.86 
 
 		 628 aa  192  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  30.61 
 
 		 577 aa  190  5.999999999999999e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.13 
 
 		 662 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 		 662 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  31.13 
 
 		 561 aa  185  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  30.55 
 
 		 506 aa  184  3e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  25.38 
 
 		 566 aa  180  5.999999999999999e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  27.2 
 
 		 641 aa  177  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0737  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 		 644 aa  176  8e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00181069  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 557 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.25 
 
 		 749 aa  175  2.9999999999999996e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0141753  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  28.22 
 
 		 623 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  30.31 
 
 		 570 aa  171  4e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  29.22 
 
 		 726 aa  169  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  28.54 
 
 		 715 aa  166  9e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.64 
 
 		 716 aa  162  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.72 
 
 		 1212 aa  160  6e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  28.57 
 
 		 708 aa  159  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.93 
 
 		 1289 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.19 
 
 		 614 aa  157  8e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  41.21 
 
 		 768 aa  155  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  41.21 
 
 		 768 aa  155  2e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1343  EAL and GGDEF domain-containing protein  49.13 
 
 		 1274 aa  155  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.75 
 
 		 761 aa  155  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.57 
 
 		 1486 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  47.95 
 
 		 1057 aa  154  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.77 
 
 		 718 aa  153  7e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2534  sensory box/response regulator  47.25 
 
 		 452 aa  152  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  45.85 
 
 		 921 aa  152  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.38 
 
 		 571 aa  152  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.54 
 
 		 863 aa  152  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.213956  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  47.49 
 
 		 695 aa  151  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 882 aa  151  4e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.49 
 
 		 695 aa  151  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.49 
 
 		 695 aa  151  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  50.3 
 
 		 578 aa  150  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  27.29 
 
 		 648 aa  150  5e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.11 
 
 		 1107 aa  150  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.49 
 
 		 695 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.22 
 
 		 862 aa  150  6e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.82 
 
 		 874 aa  150  6e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.45 
 
 		 319 aa  150  6e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.06 
 
 		 1508 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  43.14 
 
 		 429 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3344  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  51.85 
 
 		 828 aa  149  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174312  normal  0.520145 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.43 
 
 		 572 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7783  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 592 aa  149  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.466824 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.06 
 
 		 1508 aa  148  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50.3 
 
 		 652 aa  148  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.13 
 
 		 884 aa  148  3e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.06 
 
 		 1508 aa  148  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50.3 
 
 		 652 aa  148  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.06 
 
 		 1508 aa  148  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2800  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  29.38 
 
 		 696 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0120614  normal  0.163305 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0545  response regulator  43.43 
 
 		 575 aa  147  5e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>