More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3384 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 693 aa  1429    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  42.73 
 
 		 691 aa  566  1e-160  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  23.14 
 
 		 717 aa  137  8e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  22.12 
 
 		 774 aa  112  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  24.82 
 
 		 715 aa  107  7e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  21.4 
 
 		 712 aa  102  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  24.09 
 
 		 714 aa  102  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  24.23 
 
 		 713 aa  95.1  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  21.26 
 
 		 716 aa  95.1  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  21.26 
 
 		 716 aa  95.1  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  22.5 
 
 		 700 aa  93.2  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  28.08 
 
 		 725 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  27.51 
 
 		 711 aa  80.9  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  47.25 
 
 		 323 aa  80.5  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  21.18 
 
 		 716 aa  79  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  36.84 
 
 		 412 aa  76.3  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  36.04 
 
 		 1074 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.35 
 
 		 518 aa  74.7  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  39.78 
 
 		 1089 aa  74.3  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  23.85 
 
 		 756 aa  74.7  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  39.78 
 
 		 1089 aa  74.3  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  34.65 
 
 		 512 aa  74.3  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.65 
 
 		 512 aa  74.3  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  34.65 
 
 		 512 aa  74.3  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  34.65 
 
 		 512 aa  74.3  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.65 
 
 		 512 aa  74.3  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.65 
 
 		 512 aa  74.3  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.65 
 
 		 512 aa  74.3  0.000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  39.78 
 
 		 1075 aa  74.3  0.000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  39.78 
 
 		 1067 aa  73.9  0.000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.65 
 
 		 512 aa  73.9  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  39.78 
 
 		 1080 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  37.62 
 
 		 1102 aa  72  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  24.83 
 
 		 729 aa  72  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  45.12 
 
 		 945 aa  71.2  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  38.71 
 
 		 1063 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  38.71 
 
 		 1075 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  38.71 
 
 		 1075 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0937  transcriptional regulator, CadC  21.04 
 
 		 696 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  34.86 
 
 		 1131 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0794  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  31.03 
 
 		 724 aa  68.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  38.64 
 
 		 1092 aa  68.2  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  37.5 
 
 		 772 aa  66.2  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.63 
 
 		 542 aa  65.9  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.41 
 
 		 514 aa  65.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.41 
 
 		 514 aa  65.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  34.41 
 
 		 395 aa  65.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.41 
 
 		 514 aa  65.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.41 
 
 		 514 aa  65.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  36.84 
 
 		 977 aa  65.5  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.63 
 
 		 541 aa  64.7  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  37.63 
 
 		 1092 aa  64.3  0.000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  29.06 
 
 		 522 aa  63.5  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.25 
 
 		 523 aa  62.4  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  31.73 
 
 		 959 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  35.71 
 
 		 762 aa  63.2  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  27.64 
 
 		 396 aa  62.4  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  30.85 
 
 		 678 aa  61.6  0.00000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  28.04 
 
 		 531 aa  61.6  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  34.41 
 
 		 928 aa  61.2  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  28.87 
 
 		 396 aa  60.1  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  27.87 
 
 		 504 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  30.93 
 
 		 396 aa  60.1  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 711 aa  59.7  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  30.53 
 
 		 382 aa  59.3  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4485  transcriptional regulator, CadC  25.52 
 
 		 520 aa  58.5  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0188012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  30.37 
 
 		 580 aa  58.5  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  37.33 
 
 		 565 aa  58.2  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  34.21 
 
 		 479 aa  58.2  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  22.94 
 
 		 469 aa  57.8  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1603  DNA-binding response regulator  32.65 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.72895  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  22.49 
 
 		 262 aa  57.8  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  25.4 
 
 		 584 aa  57  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2466  two component transcriptional regulator  29.79 
 
 		 235 aa  56.2  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.28267  hitchhiker  0.0000000000126243 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 1020 aa  55.8  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0379  DNA-binding response regulator  31.63 
 
 		 223 aa  56.2  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  27 
 
 		 294 aa  55.5  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  26.8 
 
 		 522 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0938  DNA-binding response regulator  35.42 
 
 		 234 aa  55.1  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000299191  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0402  transcriptional regulator, CadC  31.73 
 
 		 1124 aa  55.1  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  30.12 
 
 		 409 aa  54.7  0.000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  25.22 
 
 		 425 aa  54.3  0.000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0175  two-component response regulator  30.61 
 
 		 224 aa  54.3  0.000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  29.21 
 
 		 946 aa  54.3  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  28.87 
 
 		 522 aa  54.3  0.000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0242  two-component regulator  31.31 
 
 		 223 aa  54.3  0.000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.20879  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  33.33 
 
 		 510 aa  53.9  0.000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  26.04 
 
 		 954 aa  53.9  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  24.06 
 
 		 413 aa  53.9  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  25 
 
 		 525 aa  53.5  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0235  response regulator receiver  34.83 
 
 		 223 aa  53.1  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4123  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 458 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000465407 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.56 
 
 		 619 aa  53.5  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  24.06 
 
 		 413 aa  53.9  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  24.06 
 
 		 413 aa  53.9  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0404  DNA-binding response regulator  30.61 
 
 		 223 aa  53.1  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.887957  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  32.94 
 
 		 658 aa  52.4  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1693  two-component regulator  30.61 
 
 		 223 aa  52.8  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000232098  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  31.08 
 
 		 436 aa  52.8  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0871  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 214 aa  52  0.00003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>