75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0937 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0937  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 696 aa  1436    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0554  putative transcriptional regulator, CadC  34.14 
 
 		 702 aa  426  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  20.37 
 
 		 717 aa  102  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  20.25 
 
 		 729 aa  98.2  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  22.89 
 
 		 716 aa  97.4  9e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  22.72 
 
 		 700 aa  94.7  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  22.69 
 
 		 716 aa  92.8  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  22.43 
 
 		 716 aa  92  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  22.19 
 
 		 715 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  22.51 
 
 		 713 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  22.17 
 
 		 691 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  28.74 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  27.68 
 
 		 714 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  21.04 
 
 		 693 aa  64.3  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1723  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  34.78 
 
 		 597 aa  62  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000776738 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  20.57 
 
 		 774 aa  59.7  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  26.83 
 
 		 711 aa  58.5  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  30.3 
 
 		 409 aa  55.5  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  25.99 
 
 		 425 aa  54.7  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  21.76 
 
 		 678 aa  54.3  0.000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02470  hypothetical protein  30.12 
 
 		 250 aa  53.5  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  26.73 
 
 		 522 aa  52.4  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1629  multi-component transcriptional regulator  32.5 
 
 		 613 aa  52  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.703021  normal  0.230726 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.71 
 
 		 514 aa  52  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.71 
 
 		 514 aa  52  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.71 
 
 		 514 aa  52  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  37.11 
 
 		 395 aa  52  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.71 
 
 		 514 aa  52  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  19.86 
 
 		 725 aa  51.6  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  25.45 
 
 		 413 aa  51.2  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  25.45 
 
 		 413 aa  51.2  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  25.45 
 
 		 413 aa  51.2  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  27.52 
 
 		 525 aa  49.7  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  28.09 
 
 		 436 aa  50.1  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1500  transcriptional regulator, CadC  30.36 
 
 		 279 aa  49.3  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0290  two component transcriptional regulator  29.25 
 
 		 251 aa  48.5  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.552765 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0334  two component transcriptional regulator  28.42 
 
 		 241 aa  48.5  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 493 aa  48.1  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 493 aa  48.1  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 493 aa  47.8  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  23.35 
 
 		 428 aa  47.4  0.0008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  24.78 
 
 		 521 aa  47  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  28.57 
 
 		 290 aa  47.4  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  26.21 
 
 		 945 aa  47.4  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3198  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  27.59 
 
 		 436 aa  46.6  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000108152  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  20.42 
 
 		 712 aa  46.6  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3722  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.43 
 
 		 635 aa  46.6  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.940611  normal  0.125775 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2941  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  28.04 
 
 		 652 aa  46.2  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.77 
 
 		 518 aa  46.6  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  25.24 
 
 		 531 aa  46.2  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  29.79 
 
 		 227 aa  46.2  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3668  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.43 
 
 		 635 aa  46.2  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4297  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.53 
 
 		 243 aa  45.4  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  28.57 
 
 		 292 aa  45.8  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  30.25 
 
 		 294 aa  45.8  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4185  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.53 
 
 		 243 aa  45.4  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  22.88 
 
 		 1014 aa  45.4  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  19.32 
 
 		 772 aa  45.1  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 518 aa  44.7  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4536  translocation protein TolB  30.93 
 
 		 432 aa  45.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0651  DNA-binding response regulator  27 
 
 		 260 aa  45.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.53482  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  31 
 
 		 294 aa  45.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  23.15 
 
 		 413 aa  45.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0163  multi-component transcriptional regulator  27.55 
 
 		 725 aa  45.1  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.892768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0759  two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 223 aa  44.7  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128917  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.43 
 
 		 234 aa  44.7  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.68 
 
 		 523 aa  44.3  0.008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2240  DNA-binding response regulator  31.37 
 
 		 227 aa  44.3  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.85177e-28 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0440  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.04 
 
 		 230 aa  44.3  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2212  DNA-binding response regulator  31.37 
 
 		 227 aa  44.3  0.008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2056  DNA-binding response regulator  31.37 
 
 		 227 aa  44.3  0.008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.413172  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1961  phosphate regulon response regulator PhoB  32.98 
 
 		 225 aa  44.3  0.008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51720  translocation protein TolB  30.93 
 
 		 432 aa  44.3  0.009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109745  hitchhiker  0.0000339249 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  29.67 
 
 		 432 aa  43.9  0.01  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4710  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.11 
 
 		 224 aa  43.9  0.01  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>