More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0847 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  100 
 
 		 700 aa  1445    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  45.2 
 
 		 714 aa  630  1e-179  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  44.35 
 
 		 715 aa  627  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  45.24 
 
 		 716 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  43.77 
 
 		 716 aa  595  1e-169  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  44.09 
 
 		 713 aa  589  1e-167  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  43.63 
 
 		 716 aa  589  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1312  TolB domain-containing protein  43.83 
 
 		 413 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  46.61 
 
 		 262 aa  205  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  24.39 
 
 		 717 aa  149  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  24.42 
 
 		 774 aa  110  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0554  putative transcriptional regulator, CadC  21.88 
 
 		 702 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0937  transcriptional regulator, CadC  22.72 
 
 		 696 aa  94.7  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  22.05 
 
 		 729 aa  89.7  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  25.78 
 
 		 1042 aa  86.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  25.56 
 
 		 1040 aa  83.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  24.89 
 
 		 1042 aa  82.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  25.12 
 
 		 1059 aa  82.4  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  22.5 
 
 		 693 aa  82.4  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  24.81 
 
 		 1005 aa  81.6  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  21.69 
 
 		 725 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  23.75 
 
 		 772 aa  78.2  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3933  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  26.32 
 
 		 298 aa  72.4  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.560245 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  24.6 
 
 		 1090 aa  67.4  0.0000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2312  peptidase S41  24.86 
 
 		 1082 aa  67.4  0.0000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.481981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1689  peptidase, putative  33.12 
 
 		 684 aa  67.4  0.0000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.163482  normal  0.0910098 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1577  serine/threonine protein kinase  25.28 
 
 		 969 aa  65.9  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.713812 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0590  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  21 
 
 		 590 aa  65.5  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0612  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  21.52 
 
 		 590 aa  64.3  0.000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  22.86 
 
 		 762 aa  64.3  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  26.18 
 
 		 567 aa  62.8  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5049  amidohydrolase  25.74 
 
 		 1031 aa  63.2  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.424824  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  33.98 
 
 		 435 aa  62.4  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5294  peptidase S41  25.27 
 
 		 1167 aa  61.6  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  27.67 
 
 		 421 aa  61.6  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  25.65 
 
 		 428 aa  61.6  0.00000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2405  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  27.27 
 
 		 1078 aa  61.2  0.00000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.666802  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1211  translocation protein TolB  27.81 
 
 		 462 aa  60.8  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  21.93 
 
 		 691 aa  60.8  0.00000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  34 
 
 		 433 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  34 
 
 		 423 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  34 
 
 		 423 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 1092 aa  60.1  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  25.9 
 
 		 1028 aa  59.3  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  26.69 
 
 		 1014 aa  59.7  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  25.87 
 
 		 711 aa  59.3  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0520  TolB domain protein  27.36 
 
 		 422 aa  59.7  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  28.57 
 
 		 437 aa  59.7  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3021  hypothetical protein  20.65 
 
 		 499 aa  59.3  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0380667  normal  0.511265 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  33 
 
 		 414 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  28.22 
 
 		 642 aa  58.9  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  34 
 
 		 423 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0311  WD40 domain protein beta Propeller  33.33 
 
 		 297 aa  58.5  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0015  amidohydrolase  25.22 
 
 		 1062 aa  58.5  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0180602 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1154  WD40-like beta propeller protein  26.26 
 
 		 416 aa  58.5  0.0000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0015  amidohydrolase  26.04 
 
 		 1062 aa  58.2  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000711997 
 
 
-
 
NC_002978  WD0038  translocation protein TolB  25.46 
 
 		 420 aa  57.8  0.0000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0823662  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0107  translocation protein TolB  24.77 
 
 		 402 aa  57.8  0.0000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.133002  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0011  amidohydrolase  24.42 
 
 		 1062 aa  57.4  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0147  translocation protein TolB  24.77 
 
 		 402 aa  57.8  0.0000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.00000000000145725  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  28.28 
 
 		 711 aa  57.4  0.0000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  30.3 
 
 		 432 aa  57.4  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0692  translocation protein TolB  25.22 
 
 		 417 aa  57.4  0.0000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.00862547  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  24.46 
 
 		 424 aa  57  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0119  translocation protein TolB  24.77 
 
 		 402 aa  57  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  0.000000000125322  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1914  WD40 domain protein beta Propeller  23.91 
 
 		 1060 aa  57.4  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.657093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  27.33 
 
 		 445 aa  56.6  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2178  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  23.56 
 
 		 292 aa  57  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  25.98 
 
 		 469 aa  56.6  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28.26 
 
 		 428 aa  56.2  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1775  amidohydrolase  23.81 
 
 		 1010 aa  56.6  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0563559  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2378  response regulator  34.88 
 
 		 235 aa  55.8  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0847711  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  23.48 
 
 		 437 aa  56.6  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  23.48 
 
 		 440 aa  56.2  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0392  WD40-like beta propeller protein  30.86 
 
 		 354 aa  56.6  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0312  peptidase S9, prolyl oligopeptidase active site region  29.57 
 
 		 588 aa  55.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  33.03 
 
 		 1063 aa  55.8  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  32.11 
 
 		 1102 aa  55.8  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  21.16 
 
 		 712 aa  55.5  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  33.03 
 
 		 1075 aa  55.8  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0859  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  26.28 
 
 		 296 aa  55.8  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  28.44 
 
 		 572 aa  55.8  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2093  two component transcriptional regulator  34.07 
 
 		 233 aa  55.8  0.000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.582679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1098  amidohydrolase  25.71 
 
 		 1078 aa  55.5  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4536  translocation protein TolB  32.32 
 
 		 432 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  33.03 
 
 		 1075 aa  55.8  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  37.84 
 
 		 227 aa  55.5  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2614  DNA-binding response regulator  37.88 
 
 		 235 aa  55.5  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000167367 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.27 
 
 		 412 aa  55.5  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1680  amidohydrolase  23.88 
 
 		 1062 aa  55.8  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.345185  normal  0.0835555 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2617  DNA-binding response regulator  34.88 
 
 		 235 aa  55.1  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00078911  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2655  DNA-binding response regulator  34.88 
 
 		 235 aa  55.1  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00013766  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  23.58 
 
 		 422 aa  55.1  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2952  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  22.36 
 
 		 695 aa  55.5  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.232589 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2310  peptidase S41  23.48 
 
 		 1067 aa  55.5  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  23.58 
 
 		 422 aa  55.1  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  25.12 
 
 		 425 aa  54.7  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  25.59 
 
 		 426 aa  55.1  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  32.11 
 
 		 1092 aa  55.1  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  32.11 
 
 		 1080 aa  54.7  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>