More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0607 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 729 aa  1498    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  33.38 
 
 		 725 aa  388  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  24.05 
 
 		 717 aa  171  5e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  21.98 
 
 		 712 aa  134  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  24.43 
 
 		 772 aa  120  9e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  23.96 
 
 		 715 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  24.01 
 
 		 714 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  22.72 
 
 		 678 aa  109  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  21.85 
 
 		 774 aa  109  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  22.96 
 
 		 711 aa  98.6  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0937  transcriptional regulator, CadC  20.25 
 
 		 696 aa  98.2  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  22.22 
 
 		 713 aa  95.9  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  21.85 
 
 		 716 aa  95.5  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  26.42 
 
 		 762 aa  93.2  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  21.72 
 
 		 716 aa  90.5  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  22.05 
 
 		 700 aa  89.7  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  22.96 
 
 		 711 aa  89  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  20.75 
 
 		 716 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  35.43 
 
 		 382 aa  75.1  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  28.33 
 
 		 756 aa  75.1  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  30.26 
 
 		 512 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  30.26 
 
 		 512 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.26 
 
 		 512 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.26 
 
 		 512 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.74 
 
 		 512 aa  73.9  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.26 
 
 		 512 aa  73.9  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  30.26 
 
 		 512 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.26 
 
 		 512 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  35.96 
 
 		 1075 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.2 
 
 		 412 aa  72.4  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  32.67 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0392  WD40-like beta propeller protein  25.41 
 
 		 354 aa  71.2  0.00000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  36.89 
 
 		 1075 aa  70.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  36.89 
 
 		 1075 aa  70.9  0.00000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  34.78 
 
 		 1089 aa  70.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  34.78 
 
 		 1089 aa  70.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  35.09 
 
 		 1092 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  36.89 
 
 		 1063 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.5 
 
 		 514 aa  69.3  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.5 
 
 		 514 aa  69.3  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  30.61 
 
 		 691 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  34.95 
 
 		 1080 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0554  putative transcriptional regulator, CadC  20.5 
 
 		 702 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  35.83 
 
 		 425 aa  68.6  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  36.29 
 
 		 323 aa  68.6  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  32.69 
 
 		 1102 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.34 
 
 		 518 aa  68.2  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.5 
 
 		 514 aa  68.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  33.63 
 
 		 525 aa  68.2  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.5 
 
 		 514 aa  68.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0725  putative transcriptional regulator, CadC  47.06 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0794  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  29.18 
 
 		 724 aa  67.4  0.0000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  34.62 
 
 		 1067 aa  67  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  30.19 
 
 		 1092 aa  67  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0214  transcriptional regulator  45.59 
 
 		 348 aa  66.2  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.634876 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0652  transcriptional regulator  45.59 
 
 		 348 aa  66.6  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  35.71 
 
 		 1074 aa  65.9  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  28.21 
 
 		 451 aa  64.7  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 693 aa  64.7  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1875  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.86 
 
 		 183 aa  64.3  0.000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.79 
 
 		 619 aa  63.5  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  31.82 
 
 		 521 aa  62.8  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 518 aa  62  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.49 
 
 		 523 aa  62.4  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  23.83 
 
 		 469 aa  62  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.04 
 
 		 945 aa  61.6  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  30.39 
 
 		 959 aa  61.2  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  32.04 
 
 		 522 aa  61.6  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  33.73 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  27.01 
 
 		 522 aa  61.2  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  32.99 
 
 		 250 aa  60.8  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  27.6 
 
 		 395 aa  60.8  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  34.65 
 
 		 330 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  29.01 
 
 		 504 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  35.64 
 
 		 928 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  35.04 
 
 		 290 aa  60.5  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  31.53 
 
 		 1131 aa  60.1  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  27.7 
 
 		 604 aa  60.1  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  35.43 
 
 		 330 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1627  hypothetical protein  23.21 
 
 		 615 aa  59.3  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1753  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  32.28 
 
 		 673 aa  59.7  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 961 aa  59.7  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  27.12 
 
 		 954 aa  59.3  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  31.78 
 
 		 294 aa  60.1  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  25.13 
 
 		 521 aa  59.3  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  23.93 
 
 		 1059 aa  58.9  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 591 aa  59.3  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  29.82 
 
 		 956 aa  58.5  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  34.38 
 
 		 510 aa  58.2  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  29.81 
 
 		 502 aa  58.2  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 330 aa  57  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  33.96 
 
 		 490 aa  57.4  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  33.61 
 
 		 591 aa  57.4  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1148  two component transcriptional regulator  34.55 
 
 		 247 aa  57  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  27.34 
 
 		 441 aa  56.2  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  34.69 
 
 		 413 aa  55.8  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1498  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 247 aa  56.2  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.220919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3203  translocation protein TolB  28.78 
 
 		 430 aa  56.2  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.95129  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3241  translocation protein TolB  28.78 
 
 		 430 aa  56.2  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.786429  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.69 
 
 		 413 aa  55.8  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>