150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02470 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02470  hypothetical protein  100 
 
 		 250 aa  513  1e-144  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  37.76 
 
 		 294 aa  58.9  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  35.42 
 
 		 290 aa  58.2  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  34.09 
 
 		 219 aa  57.4  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  34.09 
 
 		 250 aa  57.4  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  35.79 
 
 		 292 aa  57  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1787  two component transcriptional regulator  35.48 
 
 		 226 aa  56.2  0.0000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  30 
 
 		 499 aa  55.8  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2897  transcriptional regulator, CadC  31.58 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0381  putative transmembrane regulator  36.67 
 
 		 244 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0344786 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0394  putative transmembrane regulator  36.67 
 
 		 244 aa  53.9  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.221341  hitchhiker  0.00246635 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0374  putative transmembrane regulator  36.67 
 
 		 244 aa  53.9  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0915517  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0434  putative transmembrane regulator  36.67 
 
 		 244 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  hitchhiker  0.0000171865 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0937  transcriptional regulator, CadC  30.12 
 
 		 696 aa  53.5  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0703  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.31 
 
 		 236 aa  52  0.000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  28.68 
 
 		 604 aa  52  0.000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  26.81 
 
 		 717 aa  52  0.000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  46.97 
 
 		 227 aa  52  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  37.33 
 
 		 242 aa  51.6  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  33.72 
 
 		 222 aa  52  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  32.97 
 
 		 591 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 591 aa  50.4  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1500  transcriptional regulator, CadC  28.57 
 
 		 279 aa  49.7  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2304  two component transcriptional regulator  32.94 
 
 		 234 aa  50.1  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00553057  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 330 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  35.53 
 
 		 222 aa  49.7  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  38.75 
 
 		 601 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  38.75 
 
 		 601 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  38.75 
 
 		 601 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  29.41 
 
 		 522 aa  49.3  0.00006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  35.53 
 
 		 222 aa  48.9  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0842  transcriptional regulator, CadC  30.68 
 
 		 269 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  38.46 
 
 		 223 aa  48.5  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  36.71 
 
 		 877 aa  48.1  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  28.89 
 
 		 1131 aa  48.1  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  32.53 
 
 		 716 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  27.6 
 
 		 277 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  27.59 
 
 		 502 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2994  transcriptional regulatory protein, C terminal  28.97 
 
 		 269 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000031675  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3169  transcriptional regulatory protein, C terminal  28.97 
 
 		 269 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0868  transcriptional regulator, CadC  28.97 
 
 		 269 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  28.74 
 
 		 502 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  23.91 
 
 		 413 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  30.19 
 
 		 521 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0554  putative transcriptional regulator, CadC  30.95 
 
 		 702 aa  47.8  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  23.91 
 
 		 413 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  23.91 
 
 		 413 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.23 
 
 		 512 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.7 
 
 		 518 aa  47.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4116  transcriptional regulatory protein  28.97 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000375254 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1093  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.71 
 
 		 226 aa  47  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  26.73 
 
 		 522 aa  47  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0593  two component transcriptional regulator  32.93 
 
 		 197 aa  46.6  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.123862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  23.78 
 
 		 409 aa  47  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0495  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.77 
 
 		 232 aa  46.6  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0437  putative response regulator  34.12 
 
 		 247 aa  47  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0722106  hitchhiker  0.00000510078 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0384  putative response regulator  34.12 
 
 		 247 aa  47  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00164652  hitchhiker  0.00364689 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  28.46 
 
 		 512 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0836  transcriptional regulator, CadC  36.25 
 
 		 458 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  28.46 
 
 		 512 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  34.88 
 
 		 1092 aa  46.6  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0375  putative response regulator  34.12 
 
 		 247 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.99344  normal  0.0181378 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0377  putative response regulator  34.12 
 
 		 247 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000572902  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3000  transcriptional regulator  36.25 
 
 		 458 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000507386  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.46 
 
 		 512 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3173  transcriptional regulator  36.25 
 
 		 458 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  28.57 
 
 		 713 aa  46.6  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0862  transcriptional regulator  36.25 
 
 		 458 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.657213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.46 
 
 		 512 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.46 
 
 		 512 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0397  putative response regulator  34.12 
 
 		 247 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00385918  hitchhiker  0.0000663843 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  28.46 
 
 		 512 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0172  response regulator  33.72 
 
 		 237 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00420829  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 490 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.46 
 
 		 512 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  36.36 
 
 		 224 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4123  transcriptional regulator  36.25 
 
 		 458 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000465407 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  37.31 
 
 		 262 aa  45.4  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1712  transcriptional regulator, putative  27.78 
 
 		 507 aa  45.4  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13160  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  31.33 
 
 		 228 aa  45.4  0.0008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.719024 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  30 
 
 		 1092 aa  45.4  0.0008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  25.9 
 
 		 945 aa  45.4  0.0009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  30 
 
 		 1075 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  28.04 
 
 		 493 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  35.82 
 
 		 716 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  35.82 
 
 		 716 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  28.04 
 
 		 493 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  37.84 
 
 		 227 aa  44.7  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.09 
 
 		 523 aa  45.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2104  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.53 
 
 		 225 aa  44.7  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.302064  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  30 
 
 		 1089 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  23.81 
 
 		 525 aa  44.7  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  32.53 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4087  transcriptional regulator C  31.31 
 
 		 254 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.57 
 
 		 542 aa  44.3  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  31.71 
 
 		 729 aa  44.3  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  21.05 
 
 		 531 aa  43.9  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  30 
 
 		 1089 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0652  transcriptional regulator  27.78 
 
 		 348 aa  43.9  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0214  transcriptional regulator  27.78 
 
 		 348 aa  43.9  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.634876 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>