More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3317 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  66.08 
 
 		 228 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  66.52 
 
 		 228 aa  325  5e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  62.78 
 
 		 233 aa  293  2e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  53.85 
 
 		 225 aa  258  6e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  55 
 
 		 225 aa  257  1e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 226 aa  225  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 231 aa  224  9e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  47.49 
 
 		 223 aa  221  7e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  46.36 
 
 		 233 aa  206  2e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.64 
 
 		 237 aa  204  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.98 
 
 		 237 aa  203  2e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  45.98 
 
 		 237 aa  203  2e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  45.91 
 
 		 238 aa  202  3e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.45 
 
 		 225 aa  201  5e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 237 aa  201  7e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  46.43 
 
 		 237 aa  201  7e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  45.05 
 
 		 223 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  45 
 
 		 272 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  50 
 
 		 225 aa  199  3.9999999999999996e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 225 aa  198  7e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  47.53 
 
 		 227 aa  196  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 227 aa  196  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  47.3 
 
 		 233 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  46.22 
 
 		 240 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  44 
 
 		 259 aa  194  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.25 
 
 		 231 aa  192  5e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  43.58 
 
 		 222 aa  191  9e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.09 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  43.18 
 
 		 221 aa  187  9e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  44.09 
 
 		 227 aa  186  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  44.09 
 
 		 227 aa  186  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.7 
 
 		 229 aa  185  4e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  43.75 
 
 		 227 aa  184  7e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  42.73 
 
 		 224 aa  184  8e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  43.3 
 
 		 227 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.64 
 
 		 223 aa  181  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  42.92 
 
 		 219 aa  180  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  42.66 
 
 		 223 aa  178  5.999999999999999e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  41.7 
 
 		 246 aa  178  7e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  44.09 
 
 		 227 aa  177  9e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  41.36 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 233 aa  177  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  41.82 
 
 		 242 aa  176  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.75 
 
 		 230 aa  175  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  42.73 
 
 		 229 aa  172  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  40.45 
 
 		 222 aa  170  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  40.91 
 
 		 222 aa  170  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  42.13 
 
 		 225 aa  169  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  39.17 
 
 		 240 aa  168  6e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0535  two component transcriptional regulator  42.2 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.660155  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 233 aa  161  6e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1559  response regulator receiver  41.7 
 
 		 228 aa  161  8.000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  40.83 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  38.94 
 
 		 233 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 		 225 aa  159  4e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 224 aa  158  7e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2062  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 		 228 aa  157  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0133309  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  36.82 
 
 		 222 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.1 
 
 		 225 aa  157  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  38.84 
 
 		 224 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  38.16 
 
 		 235 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  38.74 
 
 		 224 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3519  two component transcriptional regulator  38.18 
 
 		 227 aa  154  8e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683413  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0274  DNA-binding response regulator  35.87 
 
 		 272 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3531  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 		 223 aa  153  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3423  response regulator receiver protein  38.36 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.699539  normal  0.107362 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3465  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.63 
 
 		 223 aa  154  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 223 aa  152  4e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 227 aa  151  8.999999999999999e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13760  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  37.84 
 
 		 225 aa  151  8.999999999999999e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.56 
 
 		 226 aa  150  1e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000154116  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0902  two component transcriptional regulator  35.78 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  38.07 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1441  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 247 aa  149  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167327  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3127  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  37.73 
 
 		 227 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.674952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  35.78 
 
 		 238 aa  148  5e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 283 aa  148  6e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  35.27 
 
 		 235 aa  148  7e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3297  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  37.73 
 
 		 227 aa  148  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.441835  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  35.27 
 
 		 235 aa  148  7e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.01 
 
 		 224 aa  148  8e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.2 
 
 		 223 aa  148  8e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1174  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.16 
 
 		 224 aa  148  8e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.216853  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  36.07 
 
 		 224 aa  147  9e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2950  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.93 
 
 		 258 aa  147  9e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0307025  normal  0.153934 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.81 
 
 		 224 aa  147  9e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5873  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  38.39 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.247228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  36.07 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.73 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2069  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.39 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  36.99 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>