More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_4007 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 225 aa  454  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  89.78 
 
 		 225 aa  418  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  89.33 
 
 		 225 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  88 
 
 		 225 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  88.89 
 
 		 225 aa  410  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  72.52 
 
 		 224 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0691  two component transcriptional regulator  71.62 
 
 		 224 aa  316  2e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  47.51 
 
 		 222 aa  222  4e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.29 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  44.93 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 240 aa  190  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.73 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  44.69 
 
 		 227 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 227 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 227 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 227 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 227 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  44.14 
 
 		 237 aa  181  9.000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.14 
 
 		 237 aa  181  9.000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  44.14 
 
 		 237 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 		 237 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  43.5 
 
 		 227 aa  178  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  41.67 
 
 		 272 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  43.5 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  42.53 
 
 		 227 aa  176  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  42.48 
 
 		 227 aa  176  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  42.48 
 
 		 227 aa  176  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  40.74 
 
 		 223 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.22 
 
 		 227 aa  175  6e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.4 
 
 		 225 aa  174  7e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  42.27 
 
 		 246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  42.2 
 
 		 225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  40.09 
 
 		 221 aa  171  6.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  41.47 
 
 		 225 aa  171  6.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  41.47 
 
 		 225 aa  171  9e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  40.83 
 
 		 225 aa  168  6e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 222 aa  165  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  40 
 
 		 223 aa  164  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  38.18 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  39.55 
 
 		 224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 226 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  37.56 
 
 		 233 aa  162  6e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  39.82 
 
 		 222 aa  161  9e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  39.37 
 
 		 242 aa  160  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  41.89 
 
 		 233 aa  159  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  38.64 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  40.99 
 
 		 235 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 228 aa  159  3e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.66 
 
 		 229 aa  159  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  39.09 
 
 		 240 aa  158  6e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 231 aa  158  7e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  38.81 
 
 		 228 aa  158  7e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  39.35 
 
 		 233 aa  158  8e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  35.62 
 
 		 231 aa  158  8e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  40.09 
 
 		 219 aa  157  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.72 
 
 		 237 aa  156  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  38.64 
 
 		 222 aa  155  4e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 259 aa  155  4e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  38.25 
 
 		 225 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  38.81 
 
 		 228 aa  154  9e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  37.61 
 
 		 233 aa  152  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  37.9 
 
 		 233 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1128  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  37.1 
 
 		 219 aa  150  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.40399  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  38.07 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  36.77 
 
 		 223 aa  149  5e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  37.12 
 
 		 238 aa  148  8e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3624  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.37 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2984  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248048  normal  0.0117446 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  36.2 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  36.2 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1929  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.55 
 
 		 222 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.541945  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3221  DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 224 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1806  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.05 
 
 		 225 aa  146  3e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0205791  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.72 
 
 		 225 aa  145  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1480  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.79 
 
 		 219 aa  145  6e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.39 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.27 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3235  DNA-binding response regulator  35.29 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.11 
 
 		 266 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0378  DNA-binding heavy metal response regulator  38.46 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.28 
 
 		 227 aa  143  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4800  heavy metal response regulator  38.46 
 
 		 224 aa  142  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185939 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  34.84 
 
 		 229 aa  141  7e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.84 
 
 		 227 aa  141  7e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2999  DNA-binding response regulator  34.39 
 
 		 224 aa  141  8e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.227145  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3229  DNA-binding response regulator  34.39 
 
 		 224 aa  141  8e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 227 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2330  DNA-binding response regulator  38.18 
 
 		 228 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  36.07 
 
 		 233 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  37.56 
 
 		 220 aa  139  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  37.56 
 
 		 220 aa  139  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1174  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.01 
 
 		 224 aa  139  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.216853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.77 
 
 		 225 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.77 
 
 		 225 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  37.56 
 
 		 220 aa  139  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.77 
 
 		 225 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0871  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.64 
 
 		 214 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143126  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1438  DNA-binding response regulator CzrR  38.01 
 
 		 224 aa  138  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>