More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2251 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  494  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  61.99 
 
 		 223 aa  295  3e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  61.84 
 
 		 230 aa  270  2e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  54.75 
 
 		 223 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  53.85 
 
 		 272 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 225 aa  219  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 227 aa  206  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 		 227 aa  205  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  46.64 
 
 		 227 aa  202  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  44.59 
 
 		 222 aa  202  5e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  46.19 
 
 		 227 aa  202  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  45.95 
 
 		 227 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  45.95 
 
 		 227 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  45.95 
 
 		 227 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  45.95 
 
 		 227 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  46.19 
 
 		 227 aa  199  3e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  45.95 
 
 		 227 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.95 
 
 		 227 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  45.91 
 
 		 225 aa  199  3.9999999999999996e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 227 aa  198  7e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  44.5 
 
 		 226 aa  198  7e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 225 aa  196  3e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  44.39 
 
 		 227 aa  195  5.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  46.64 
 
 		 222 aa  193  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 225 aa  190  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  43.44 
 
 		 222 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.66 
 
 		 237 aa  189  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  45.66 
 
 		 237 aa  189  4e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  42.01 
 
 		 225 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 233 aa  188  7e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 231 aa  186  2e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  42.67 
 
 		 225 aa  187  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 		 224 aa  186  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 225 aa  186  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  42.22 
 
 		 225 aa  185  6e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  42.48 
 
 		 246 aa  184  7e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 228 aa  183  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  41.94 
 
 		 225 aa  182  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  42.34 
 
 		 233 aa  182  4.0000000000000006e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 233 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  44.24 
 
 		 237 aa  181  6e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 237 aa  181  6e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  41.94 
 
 		 225 aa  181  6e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  42.92 
 
 		 238 aa  181  7e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  42.6 
 
 		 242 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  40.64 
 
 		 229 aa  180  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 233 aa  179  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.69 
 
 		 235 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  40.45 
 
 		 224 aa  177  9e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  42.08 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  40.64 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.47 
 
 		 237 aa  176  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  37.56 
 
 		 221 aa  176  3e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  39.09 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 259 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  39.83 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0691  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 224 aa  170  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.24 
 
 		 229 aa  169  4e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 228 aa  169  5e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  39.17 
 
 		 227 aa  168  7e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  40.37 
 
 		 222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  42.79 
 
 		 233 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.95 
 
 		 231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  39.38 
 
 		 228 aa  163  3e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.11 
 
 		 225 aa  162  6e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1445  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.11 
 
 		 225 aa  162  6e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  38.84 
 
 		 220 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 220 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  36.04 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 220 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 227 aa  159  3e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5018  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.05 
 
 		 226 aa  158  9e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 228 aa  157  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  38.64 
 
 		 219 aa  156  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.01 
 
 		 224 aa  156  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3127  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  40 
 
 		 227 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.674952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2085  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 224 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  37.22 
 
 		 220 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0799  two component transcriptional regulator  34.68 
 
 		 225 aa  155  7e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6011  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 224 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2066  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 224 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3297  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  40 
 
 		 227 aa  154  8e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.441835  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2876  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 226 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.5251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2907  winged helix family two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 226 aa  154  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00514074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2784  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 226 aa  154  9e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  38.18 
 
 		 233 aa  154  9e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2409  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.615174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2102  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 224 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3958  two component transcriptional regulator  35.87 
 
 		 237 aa  153  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1972  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 224 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.41262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4036  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.22 
 
 		 225 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  36.61 
 
 		 229 aa  152  2.9999999999999998e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.67 
 
 		 224 aa  152  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.67 
 
 		 224 aa  152  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0286  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 227 aa  152  4e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1631  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 227 aa  152  5e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0039171  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0496  two component transcriptional regulator  37.22 
 
 		 225 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.569564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5688  two component transcriptional regulator  37.56 
 
 		 224 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0612982 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>