More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0712 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  88.6 
 
 		 228 aa  419  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  66.52 
 
 		 227 aa  325  5e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  69.23 
 
 		 233 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  57.66 
 
 		 225 aa  274  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  56.76 
 
 		 225 aa  273  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  51.6 
 
 		 226 aa  236  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  46.12 
 
 		 223 aa  216  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 		 231 aa  208  4e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  46.36 
 
 		 272 aa  205  5e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  45.05 
 
 		 233 aa  202  4e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  45.45 
 
 		 223 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  43.84 
 
 		 237 aa  198  5e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  43.84 
 
 		 237 aa  198  5e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.38 
 
 		 237 aa  198  6e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  43.38 
 
 		 237 aa  198  6e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 		 228 aa  196  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 		 231 aa  194  9e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  47.27 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  42.47 
 
 		 222 aa  193  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  45.66 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.56 
 
 		 237 aa  191  6e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  46.43 
 
 		 240 aa  190  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 227 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 227 aa  187  9e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 227 aa  187  9e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 227 aa  187  9e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 227 aa  187  9e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  47.06 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.36 
 
 		 225 aa  186  3e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  45.29 
 
 		 233 aa  186  4e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  44 
 
 		 227 aa  185  5e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 233 aa  184  7e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  44.44 
 
 		 227 aa  184  7e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  43.89 
 
 		 246 aa  185  7e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  42.27 
 
 		 238 aa  184  8e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.09 
 
 		 227 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  40.91 
 
 		 224 aa  184  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  44 
 
 		 227 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  45.45 
 
 		 227 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.45 
 
 		 227 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 259 aa  181  7e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.98 
 
 		 229 aa  181  7e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 225 aa  180  1e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  45 
 
 		 225 aa  180  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  43.05 
 
 		 242 aa  180  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  43.89 
 
 		 222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.63 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  43.18 
 
 		 229 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  44.95 
 
 		 223 aa  176  2e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 222 aa  176  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  41.82 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 		 225 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.33 
 
 		 230 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  38.91 
 
 		 221 aa  172  5.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 222 aa  170  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 240 aa  169  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  40.83 
 
 		 238 aa  166  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 224 aa  165  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 228 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.36 
 
 		 228 aa  164  9e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  41.36 
 
 		 233 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1559  response regulator receiver  38.5 
 
 		 228 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0535  two component transcriptional regulator  44.5 
 
 		 223 aa  162  3e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.660155  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2012  winged helix family two component transcriptional regulator  39.45 
 
 		 241 aa  161  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  40.64 
 
 		 225 aa  161  7e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1842  two component transcriptional regulator  40.37 
 
 		 240 aa  161  9e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1196  two-component transcriptional regulator  38.53 
 
 		 238 aa  160  1e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 249 aa  160  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  40.83 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  40.64 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13760  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  41.1 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.53 
 
 		 241 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1442  two component transcriptional regulator  38.99 
 
 		 230 aa  159  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  38.74 
 
 		 224 aa  159  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  41.07 
 
 		 224 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.1 
 
 		 232 aa  159  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2062  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 228 aa  159  4e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0133309  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0329  response regulator receiver  37.1 
 
 		 232 aa  159  4e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3442  two component transcriptional regulator  38.99 
 
 		 241 aa  158  5e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.297648  normal  0.0871248 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0902  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 224 aa  159  5e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0376  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.1 
 
 		 232 aa  158  6e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3078  two component transcriptional regulator  38.53 
 
 		 234 aa  158  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 		 225 aa  158  7e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 224 aa  158  8e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2409  two component transcriptional regulator  36.04 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.615174  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  36.65 
 
 		 235 aa  157  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  36.65 
 
 		 235 aa  157  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2666  two component transcriptional regulator  36.65 
 
 		 255 aa  157  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.128945  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 224 aa  157  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  37.73 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2907  winged helix family two component transcriptional regulator  36.04 
 
 		 226 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00514074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2784  two component transcriptional regulator  36.04 
 
 		 226 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 224 aa  156  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0274  DNA-binding response regulator  36.89 
 
 		 272 aa  156  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2876  two component transcriptional regulator  36.04 
 
 		 226 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.5251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3674  two component transcriptional regulator  37.27 
 
 		 263 aa  156  3e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.400914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  38.12 
 
 		 226 aa  156  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  39.46 
 
 		 233 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 224 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>