More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4252 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  88.6 
 
 		 228 aa  419  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  66.08 
 
 		 227 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  67.87 
 
 		 233 aa  314  7e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  56.76 
 
 		 225 aa  270  2e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  56.31 
 
 		 225 aa  268  5e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  51.14 
 
 		 226 aa  237  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  46.12 
 
 		 223 aa  217  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 231 aa  213  1.9999999999999998e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  45.91 
 
 		 272 aa  205  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  46.4 
 
 		 233 aa  205  6e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  45.66 
 
 		 223 aa  203  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  44.29 
 
 		 237 aa  198  3.9999999999999996e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 237 aa  198  3.9999999999999996e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  47.27 
 
 		 227 aa  198  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.84 
 
 		 237 aa  198  7e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  43.84 
 
 		 237 aa  198  7e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  45.66 
 
 		 219 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.24 
 
 		 231 aa  197  9e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  48.64 
 
 		 227 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  44 
 
 		 237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  46.88 
 
 		 240 aa  196  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  46.19 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 228 aa  193  2e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  42.73 
 
 		 238 aa  192  3e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  46.82 
 
 		 227 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.82 
 
 		 227 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  40.83 
 
 		 222 aa  191  6e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  45.78 
 
 		 227 aa  191  9e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  41.82 
 
 		 224 aa  190  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  45.33 
 
 		 227 aa  189  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 227 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.91 
 
 		 225 aa  188  7e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.41 
 
 		 259 aa  187  1e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  45.7 
 
 		 227 aa  186  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.55 
 
 		 227 aa  186  3e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 233 aa  185  5e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 225 aa  185  5e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  45.45 
 
 		 225 aa  184  8e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  43.44 
 
 		 246 aa  183  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.54 
 
 		 229 aa  182  5.0000000000000004e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  42.6 
 
 		 242 aa  181  7e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 223 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  40.91 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.33 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  41.18 
 
 		 222 aa  176  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 222 aa  175  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.72 
 
 		 223 aa  174  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 240 aa  174  9e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  40.64 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  39.82 
 
 		 221 aa  173  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 238 aa  171  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  40.91 
 
 		 229 aa  170  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 222 aa  170  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2012  winged helix family two component transcriptional regulator  40.83 
 
 		 241 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.27 
 
 		 228 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 249 aa  168  6e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 241 aa  168  7e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3442  two component transcriptional regulator  40.37 
 
 		 241 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.297648  normal  0.0871248 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0535  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 223 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.660155  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3078  two component transcriptional regulator  40.37 
 
 		 234 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2236  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 227 aa  166  4e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.214459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 		 224 aa  165  5e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  38.18 
 
 		 225 aa  165  5e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1842  two component transcriptional regulator  40.37 
 
 		 240 aa  164  9e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  40.37 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1196  two-component transcriptional regulator  38.99 
 
 		 238 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0329  response regulator receiver  38.46 
 
 		 232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1442  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1370  two component response regulator  36.89 
 
 		 252 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 232 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2666  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 255 aa  162  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.128945  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0376  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 232 aa  162  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0274  DNA-binding response regulator  37.5 
 
 		 272 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0902  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  38.01 
 
 		 235 aa  162  5.0000000000000005e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  38.01 
 
 		 235 aa  162  5.0000000000000005e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0189  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.01 
 
 		 231 aa  162  6e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.364869 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0638  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 233 aa  161  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.403787  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  39.45 
 
 		 225 aa  161  7e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 227 aa  161  8.000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  39.45 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.65 
 
 		 225 aa  159  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1174  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.27 
 
 		 224 aa  159  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.216853  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  39.73 
 
 		 224 aa  158  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 233 aa  158  6e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  38.81 
 
 		 225 aa  158  7e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1074  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.1 
 
 		 248 aa  158  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 224 aa  158  8e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  40.18 
 
 		 224 aa  157  9e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  38.07 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 224 aa  157  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1480  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.37 
 
 		 219 aa  157  1e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000681553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>