More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2446 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 224 aa  460  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  48.64 
 
 		 227 aa  228  8e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  46.64 
 
 		 227 aa  222  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  45.74 
 
 		 227 aa  221  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  45.74 
 
 		 227 aa  221  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  45.91 
 
 		 227 aa  221  4.9999999999999996e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  45.74 
 
 		 227 aa  221  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  45.74 
 
 		 227 aa  221  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  45.29 
 
 		 227 aa  218  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.29 
 
 		 227 aa  218  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  45 
 
 		 227 aa  218  7e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  45 
 
 		 227 aa  217  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  47.73 
 
 		 222 aa  216  2e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 		 227 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.18 
 
 		 225 aa  213  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 225 aa  213  1.9999999999999998e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  43.18 
 
 		 225 aa  211  7e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  43.84 
 
 		 237 aa  210  1e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.84 
 
 		 237 aa  210  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 237 aa  209  2e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  44.29 
 
 		 237 aa  209  2e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 227 aa  204  1e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 231 aa  202  3e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  43.64 
 
 		 233 aa  200  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  41.26 
 
 		 238 aa  195  4.0000000000000005e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 228 aa  195  4.0000000000000005e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 233 aa  195  5.000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  43.75 
 
 		 223 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  42.2 
 
 		 240 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 229 aa  191  9e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  41.82 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 233 aa  190  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  42.53 
 
 		 219 aa  187  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.64 
 
 		 231 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  40 
 
 		 224 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.27 
 
 		 237 aa  185  6e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  38.64 
 
 		 224 aa  184  8e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 227 aa  184  8e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  40.91 
 
 		 228 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  37.73 
 
 		 233 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  41.36 
 
 		 221 aa  181  5.0000000000000004e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  38.64 
 
 		 225 aa  180  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  40.45 
 
 		 242 aa  179  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  39.55 
 
 		 225 aa  178  7e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  40.45 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  39.55 
 
 		 272 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  39.55 
 
 		 223 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  38.12 
 
 		 223 aa  175  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  39.09 
 
 		 222 aa  174  9e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  39.29 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.94 
 
 		 259 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  37.27 
 
 		 222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  38.64 
 
 		 225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2984  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 227 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248048  normal  0.0117446 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  37.1 
 
 		 229 aa  170  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  37.44 
 
 		 230 aa  168  8e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  37.28 
 
 		 233 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  38.18 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  39.55 
 
 		 224 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  33.64 
 
 		 246 aa  161  7e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  36.65 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.91 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  37.27 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  37.73 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  36.04 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  35.91 
 
 		 222 aa  159  4e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 225 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  38.29 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.29 
 
 		 225 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1381  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.18 
 
 		 224 aa  155  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.961918 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1171  transcriptional regulatory protein YedW  37.56 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1682  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  36.99 
 
 		 260 aa  153  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000361446  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1160  transcriptional regulatory protein YedW  37.56 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.728212 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2927  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.77 
 
 		 224 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1055  transcriptional regulatory protein YedW  37.56 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.33 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1191  transcriptional regulatory protein YedW  37.56 
 
 		 226 aa  152  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2430  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.94 
 
 		 227 aa  152  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  36.2 
 
 		 224 aa  152  5e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 238 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01884  predicted DNA-binding response regulator in two-component system with YedV  36.53 
 
 		 223 aa  151  8e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000533293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01874  hypothetical protein  36.53 
 
 		 223 aa  151  8e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000061937  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3680  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.49 
 
 		 228 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4683  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.49 
 
 		 228 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.222547  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2070  transcriptional regulatory protein YedW  36.53 
 
 		 260 aa  150  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.15395e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1676  transcriptional regulatory protein YedW  36.53 
 
 		 260 aa  150  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000350308  normal  0.20506 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3842  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.49 
 
 		 227 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.67414 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0435  DNA-binding response regulator  35.59 
 
 		 228 aa  150  1e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0914  transcriptional regulatory protein YedW  36.53 
 
 		 260 aa  150  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000013212  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2200  transcriptional regulatory protein YedW  36.53 
 
 		 260 aa  150  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000454941  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2748  transcriptional regulatory protein YedW  36.53 
 
 		 233 aa  151  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000892088  normal  0.227347 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3221  DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1216  transcriptional regulatory protein YedW  36.53 
 
 		 260 aa  150  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000203871  normal  0.637592 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.65 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6173  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.49 
 
 		 228 aa  149  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.400074 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0344  two component heavy metal response transcriptional regulator  34.84 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  35.75 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.23 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>