More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4486 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  96.92 
 
 		 227 aa  441  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  96.92 
 
 		 227 aa  441  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  94.71 
 
 		 227 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  89.43 
 
 		 227 aa  410  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  88.99 
 
 		 227 aa  410  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  77.53 
 
 		 227 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  77.88 
 
 		 227 aa  362  4e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  72.44 
 
 		 227 aa  339  2e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  67.27 
 
 		 227 aa  313  9.999999999999999e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.28 
 
 		 225 aa  280  1e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  58.37 
 
 		 225 aa  276  3e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  57.92 
 
 		 225 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  57.01 
 
 		 224 aa  268  7e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  56.25 
 
 		 224 aa  267  8e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  55.8 
 
 		 233 aa  254  7e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  56.95 
 
 		 238 aa  253  1.0000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.3 
 
 		 237 aa  249  2e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  54.3 
 
 		 237 aa  249  2e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.95 
 
 		 237 aa  239  2.9999999999999997e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  52.49 
 
 		 237 aa  239  2.9999999999999997e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  52.49 
 
 		 237 aa  239  2.9999999999999997e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  53.54 
 
 		 229 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  50.91 
 
 		 233 aa  228  6e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.47 
 
 		 259 aa  226  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  49.09 
 
 		 228 aa  226  3e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  48.44 
 
 		 231 aa  225  3e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2984  two component transcriptional regulator  52.68 
 
 		 227 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248048  normal  0.0117446 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  51.56 
 
 		 226 aa  221  4.9999999999999996e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  45.74 
 
 		 224 aa  221  4.9999999999999996e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 233 aa  219  3e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  50.45 
 
 		 222 aa  218  6e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 		 231 aa  218  7.999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  46.82 
 
 		 240 aa  212  3.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  50 
 
 		 272 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  49.55 
 
 		 223 aa  209  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  49.33 
 
 		 233 aa  208  7e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  44.84 
 
 		 222 aa  207  7e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  43.64 
 
 		 242 aa  207  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  42.27 
 
 		 221 aa  206  2e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 222 aa  206  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  46.85 
 
 		 223 aa  204  9e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.44 
 
 		 235 aa  204  9e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  43.18 
 
 		 222 aa  204  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  43.64 
 
 		 233 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  48.43 
 
 		 225 aa  199  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  45.95 
 
 		 240 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  47.53 
 
 		 225 aa  198  5e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.43 
 
 		 223 aa  198  6e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 228 aa  194  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  45.91 
 
 		 225 aa  193  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  40.45 
 
 		 222 aa  192  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 225 aa  191  6e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.36 
 
 		 229 aa  190  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.53 
 
 		 223 aa  190  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  42.27 
 
 		 246 aa  190  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  51.13 
 
 		 219 aa  190  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  46.08 
 
 		 224 aa  189  4e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 228 aa  187  9e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 225 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 225 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3892  putative two-component response regulator  46.49 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 225 aa  182  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  40.89 
 
 		 233 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45880  putative two-component response regulator  45.61 
 
 		 229 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3842  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.81 
 
 		 227 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.67414 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4683  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.81 
 
 		 228 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.222547  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3680  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.81 
 
 		 228 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6173  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.37 
 
 		 228 aa  179  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.400074 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0836  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.05 
 
 		 224 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2430  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.25 
 
 		 227 aa  178  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1376  DNA-binding response regulator IrlR  43.61 
 
 		 229 aa  178  8e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498923  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0708  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.37 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328024  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  43.72 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  40.91 
 
 		 225 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4663  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.44 
 
 		 225 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.242183 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1307  DNA-binding heavy metal response regulator  42.99 
 
 		 225 aa  175  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150056  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0691  two component transcriptional regulator  45.16 
 
 		 224 aa  175  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.65 
 
 		 232 aa  175  7e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 236 aa  174  9e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  45.29 
 
 		 227 aa  174  9e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  42.99 
 
 		 223 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4391  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.17 
 
 		 224 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.593256 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.2 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4389  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.25 
 
 		 226 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1127  heavy metal response regulator  42.53 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294376  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  45.81 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1381  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.25 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.961918 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.92 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.44 
 
 		 223 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.44 
 
 		 223 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.8 
 
 		 225 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1028  DNA-binding response regulator IrlR  42.53 
 
 		 229 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0282692  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1180  transcriptional activator IrlR  42.53 
 
 		 229 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0831411  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0197  transcriptional activator protein, response regulator  41.67 
 
 		 227 aa  171  5.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0086442  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0010  transcriptional activator IrlR  42.53 
 
 		 229 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.121051  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>