More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1307 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1307  DNA-binding heavy metal response regulator  100 
 
 		 225 aa  447  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150056  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1127  heavy metal response regulator  98.22 
 
 		 225 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294376  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4663  two component heavy metal response transcriptional regulator  90.09 
 
 		 225 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.242183 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0836  two component heavy metal response transcriptional regulator  86.55 
 
 		 224 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4391  two component heavy metal response transcriptional regulator  85.27 
 
 		 224 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.593256 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3892  putative two-component response regulator  76.34 
 
 		 229 aa  348  3e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45880  putative two-component response regulator  76.34 
 
 		 229 aa  345  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5873  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  72.52 
 
 		 228 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.247228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2069  two component heavy metal response transcriptional regulator  72.52 
 
 		 228 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0344  two component heavy metal response transcriptional regulator  69.78 
 
 		 231 aa  325  3e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6519  two component heavy metal response transcriptional regulator  72.97 
 
 		 228 aa  322  4e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2084  DNA-binding heavy metal response regulator  66.96 
 
 		 230 aa  302  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000771382  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2192  two component heavy metal response transcriptional regulator  66.96 
 
 		 230 aa  302  3.0000000000000004e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3227  two component heavy metal response transcriptional regulator  70.67 
 
 		 231 aa  301  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.303749  normal  0.0627816 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4076  two component heavy metal response transcriptional regulator  70.67 
 
 		 231 aa  301  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105833  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4290  two component heavy metal response transcriptional regulator  70.67 
 
 		 231 aa  301  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4186  two component heavy metal response transcriptional regulator  70.22 
 
 		 231 aa  300  1e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.24384  normal  0.790942 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4315  two component heavy metal response transcriptional regulator  70.67 
 
 		 232 aa  300  1e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.767231  normal  0.644171 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3708  two component heavy metal response transcriptional regulator  70.22 
 
 		 231 aa  300  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2480  DNA-binding heavy metal response regulator  66.52 
 
 		 230 aa  300  2e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000187636  normal  0.518539 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1729  two component heavy metal response transcriptional regulator  70.22 
 
 		 231 aa  299  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  65.35 
 
 		 232 aa  297  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  64.13 
 
 		 225 aa  296  2e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  63.44 
 
 		 228 aa  295  3e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  60.18 
 
 		 226 aa  281  6.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2215  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  60.79 
 
 		 228 aa  278  4e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.09 
 
 		 223 aa  277  9e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.73 
 
 		 226 aa  276  2e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0489  response regulator for cobalt zinc cadmium resistance transcription regulator protein  59.73 
 
 		 224 aa  275  3e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.64 
 
 		 223 aa  275  3e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.09 
 
 		 223 aa  275  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3410  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.64 
 
 		 223 aa  275  3e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  58.82 
 
 		 226 aa  275  3e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.64 
 
 		 223 aa  275  4e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.45 
 
 		 225 aa  275  6e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  60.45 
 
 		 225 aa  274  9e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1748a  hypothetical protein  60.54 
 
 		 223 aa  270  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0697031  normal  0.305387 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2388  heavy metal response regulator  60.62 
 
 		 228 aa  270  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000142984  normal  0.119734 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2101  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  60.62 
 
 		 228 aa  270  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.22 
 
 		 225 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.78 
 
 		 225 aa  268  5e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6295  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.74 
 
 		 223 aa  268  5e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.803537  normal  0.219108 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2768  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.19 
 
 		 223 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4933  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  60.09 
 
 		 223 aa  267  8e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461594  normal  0.344735 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.48 
 
 		 224 aa  267  8.999999999999999e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  56.44 
 
 		 229 aa  266  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1751  two component heavy metal response transcriptional regulator  56.7 
 
 		 224 aa  266  2.9999999999999995e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0784096 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2474  heavy metal response regulator  57.85 
 
 		 223 aa  264  8e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1760  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  54.55 
 
 		 225 aa  264  8.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133831  normal  0.402692 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.22 
 
 		 225 aa  263  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.66 
 
 		 230 aa  263  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.3 
 
 		 225 aa  262  4e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.66 
 
 		 225 aa  261  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0708  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.33 
 
 		 226 aa  261  6e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328024  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5978  regulatory protein CzcR  54.55 
 
 		 225 aa  261  6e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000269255  normal  0.0723212 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.66 
 
 		 225 aa  261  6e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.66 
 
 		 225 aa  261  6e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.74 
 
 		 223 aa  261  6e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2158  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.47 
 
 		 226 aa  260  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144347  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1208  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  58.67 
 
 		 226 aa  260  1e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2337  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.52 
 
 		 227 aa  260  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1699  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.15 
 
 		 226 aa  259  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00419772 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3584  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.59 
 
 		 226 aa  259  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2960  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.14 
 
 		 227 aa  259  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3379  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.6 
 
 		 223 aa  259  3e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0102  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.56 
 
 		 223 aa  258  6e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.753235  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4389  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  56 
 
 		 226 aa  258  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1236  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.99 
 
 		 219 aa  258  7e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1376  DNA-binding response regulator IrlR  57.59 
 
 		 229 aa  257  1e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498923  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1510  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  57.21 
 
 		 227 aa  256  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0422  two component heavy metal response transcriptional regulator  56.83 
 
 		 227 aa  256  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3722  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  57.4 
 
 		 223 aa  256  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.91 
 
 		 225 aa  256  3e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4683  two component heavy metal response transcriptional regulator  56 
 
 		 228 aa  255  4e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.222547  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3680  two component heavy metal response transcriptional regulator  56 
 
 		 228 aa  255  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3842  two component heavy metal response transcriptional regulator  56 
 
 		 227 aa  255  5e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.67414 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1028  DNA-binding response regulator IrlR  57.33 
 
 		 229 aa  255  5e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0282692  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3374  heavy metal response regulator  55.8 
 
 		 229 aa  255  5e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0402  transcriptional activator IrlR  57.33 
 
 		 229 aa  255  5e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0800763  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0030  DNA-binding response regulator IrlR  57.33 
 
 		 229 aa  255  5e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.122488  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1439  transcriptional activator IrlR  57.33 
 
 		 229 aa  255  5e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0010  transcriptional activator IrlR  57.33 
 
 		 229 aa  255  5e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.121051  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1524  transcriptional activator protein IrlR  57.33 
 
 		 229 aa  255  5e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1180  transcriptional activator IrlR  57.33 
 
 		 229 aa  255  5e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0831411  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1103  DNA-binding response regulator IrlR  57.21 
 
 		 230 aa  254  6e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0630149  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2716  DNA-binding heavy metal response regulator  57.21 
 
 		 230 aa  254  6e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.558922  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2869  transcriptional activator protein IrlR  57.21 
 
 		 230 aa  254  6e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.354021  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3603  DNA-binding heavy metal response regulator  55.8 
 
 		 229 aa  254  7e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203952  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0376  DNA-binding response regulator IrlR  56.31 
 
 		 230 aa  254  7e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.083776  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2430  two component heavy metal response transcriptional regulator  55.56 
 
 		 227 aa  254  8e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  56.83 
 
 		 227 aa  254  9e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6173  two component heavy metal response transcriptional regulator  56 
 
 		 228 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.400074 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0197  transcriptional activator protein, response regulator  52.44 
 
 		 227 aa  253  2.0000000000000002e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0086442  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5099  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  55.9 
 
 		 228 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0773075 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  57.52 
 
 		 228 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  56 
 
 		 228 aa  252  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5607  two-component response regulator  57.14 
 
 		 229 aa  252  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  55.56 
 
 		 226 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1174  two component heavy metal response transcriptional regulator  54.91 
 
 		 224 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.216853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  57.08 
 
 		 226 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>