More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4637 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 222 aa  456  1e-127  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  70 
 
 		 242 aa  332  3e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  69.55 
 
 		 222 aa  325  2.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  69.55 
 
 		 222 aa  323  1e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  66.36 
 
 		 222 aa  315  2e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  56.36 
 
 		 221 aa  263  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 227 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  42.73 
 
 		 227 aa  198  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  41.82 
 
 		 227 aa  197  7e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  41.82 
 
 		 227 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  41.82 
 
 		 227 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.82 
 
 		 227 aa  195  4.0000000000000005e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 227 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 227 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 227 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 227 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  40 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  40 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  41.28 
 
 		 227 aa  186  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  42.08 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.36 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  42.08 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  41.36 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.91 
 
 		 223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 225 aa  181  6e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  40.45 
 
 		 223 aa  181  7e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  43.24 
 
 		 233 aa  180  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  39.55 
 
 		 225 aa  180  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  40.45 
 
 		 272 aa  179  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 225 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 		 231 aa  179  4e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  40.91 
 
 		 228 aa  177  9e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  40 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  38.01 
 
 		 238 aa  174  7e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  41.82 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  39.09 
 
 		 240 aa  172  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  40.71 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 226 aa  172  2.9999999999999996e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  39.37 
 
 		 233 aa  171  9e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  37.67 
 
 		 233 aa  170  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  41.07 
 
 		 233 aa  169  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 227 aa  170  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.82 
 
 		 231 aa  168  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.05 
 
 		 237 aa  168  6e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  41.52 
 
 		 223 aa  167  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 228 aa  167  1e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  40.37 
 
 		 240 aa  166  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  39.09 
 
 		 233 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  39.09 
 
 		 246 aa  165  5e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.67 
 
 		 230 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1854  DNA-binding response regulator  36.24 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.127782  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  39.46 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 225 aa  161  6e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  39.37 
 
 		 225 aa  161  8.000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 224 aa  161  8.000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  35.91 
 
 		 224 aa  159  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  40 
 
 		 225 aa  159  5e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  36 
 
 		 259 aa  159  5e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 225 aa  158  7e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  39.09 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  38.64 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  34.55 
 
 		 224 aa  154  8e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  38.64 
 
 		 225 aa  154  8e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  35.43 
 
 		 229 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  34.55 
 
 		 224 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.91 
 
 		 229 aa  152  4e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 223 aa  151  5.9999999999999996e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37500  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  36.65 
 
 		 225 aa  151  7e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0213695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0293  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591061  normal  0.658536 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1445  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.14 
 
 		 225 aa  148  8e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.14 
 
 		 225 aa  148  8e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  34.73 
 
 		 246 aa  148  8e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1435  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.29 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5018  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.23 
 
 		 226 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  34.25 
 
 		 240 aa  146  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  34.82 
 
 		 227 aa  145  3e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0187  two component transcriptional regulator  34.82 
 
 		 227 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3668  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.14 
 
 		 635 aa  145  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4916  response regulator receiver protein  36.73 
 
 		 233 aa  145  5e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.14 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  37.73 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.78 
 
 		 228 aa  144  1e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  34.84 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0691  two component transcriptional regulator  41.47 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 224 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.94 
 
 		 225 aa  142  3e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2927  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.78 
 
 		 224 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.14 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3722  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.68 
 
 		 635 aa  142  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.940611  normal  0.125775 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 230 aa  142  5e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 230 aa  142  5e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 230 aa  142  5e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  35.14 
 
 		 799 aa  141  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.43 
 
 		 227 aa  140  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0484  response regulator  36.49 
 
 		 229 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  31.72 
 
 		 237 aa  140  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.51 
 
 		 271 aa  140  9.999999999999999e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.442824  normal  0.485424 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0608  DNA-binding response regulator  36.49 
 
 		 223 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0482  response regulator  36.04 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  35.14 
 
 		 219 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>