More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4498 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4498  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234919 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4486  two component transcriptional regulator  94.71 
 
 		 227 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.864162 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0901  winged helix family two component transcriptional regulator  94.71 
 
 		 227 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0969  two component transcriptional regulator  94.71 
 
 		 227 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0940  two component transcriptional regulator  94.71 
 
 		 227 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4374  DNA-binding response regulator ColR  93.83 
 
 		 227 aa  433  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4070  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  93.83 
 
 		 227 aa  433  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0290724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  88.55 
 
 		 227 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  88.11 
 
 		 227 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  76.65 
 
 		 227 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17800  response regulator, transcriptional regulatory protein (two-component), ColR  78.32 
 
 		 227 aa  365  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435874  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1931  two component transcriptional regulator, winged helix family  72 
 
 		 227 aa  338  5e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  68.64 
 
 		 227 aa  316  2e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.28 
 
 		 225 aa  279  3e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  59.28 
 
 		 225 aa  277  8e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  58.82 
 
 		 225 aa  274  6e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  57.14 
 
 		 224 aa  267  8.999999999999999e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  57.47 
 
 		 224 aa  267  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04469  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R (raxR)  55.16 
 
 		 238 aa  251  7e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04659  two-component system regulatory protein  53.85 
 
 		 237 aa  248  8e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0184239  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0652  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.85 
 
 		 237 aa  248  8e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2611  two component transcriptional regulator  54.02 
 
 		 233 aa  247  1e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.438592 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2992  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.5 
 
 		 237 aa  240  1e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785285  normal  0.0463811 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1508  response regulator receiver protein  52.04 
 
 		 237 aa  239  2e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1452  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 237 aa  239  2e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1162  putative two component system regulatory protein  51.82 
 
 		 233 aa  230  1e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 231 aa  228  4e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1244  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 228 aa  228  4e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.683231 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1189  response regulator  53.1 
 
 		 229 aa  228  8e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2984  two component transcriptional regulator  54.02 
 
 		 227 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248048  normal  0.0117446 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.57 
 
 		 259 aa  226  3e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  52 
 
 		 226 aa  223  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2446  response regulator receiver domain-containing protein  46.64 
 
 		 224 aa  222  3e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0706  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 233 aa  219  1.9999999999999999e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2129  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.64 
 
 		 231 aa  216  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  50.45 
 
 		 222 aa  216  2e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2062  putative two-component response regulator  50 
 
 		 272 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658393  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24350  putative two-component response regulator  49.55 
 
 		 223 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00112391  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2524  DNA-binding response regulator  46.36 
 
 		 240 aa  210  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185339  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  45.78 
 
 		 222 aa  208  4e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2375  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.89 
 
 		 235 aa  207  7e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.277723  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  49.33 
 
 		 233 aa  206  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2251  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 240 aa  206  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1865  DNA-binding response regulator  46.4 
 
 		 223 aa  204  7e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  44.09 
 
 		 233 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  42.73 
 
 		 221 aa  204  1e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05570  hypothetical protein  44.09 
 
 		 242 aa  202  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001593  putative two-component response regulator  43.64 
 
 		 222 aa  200  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000660606  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 222 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  47.98 
 
 		 225 aa  199  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  47.98 
 
 		 225 aa  199  3e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  48.64 
 
 		 228 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  45.29 
 
 		 223 aa  196  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  41.82 
 
 		 222 aa  196  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4623  DNA-binding response regulator  45.91 
 
 		 225 aa  194  7e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0620  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.82 
 
 		 229 aa  193  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222182 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3798  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 225 aa  192  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0146  response regulator receiver protein  51.58 
 
 		 219 aa  192  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3440  response regulator receiver domain-containing protein  42.27 
 
 		 246 aa  192  5e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281357 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3577  two component transcriptional regulator  46.54 
 
 		 224 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 225 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0712  two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 228 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0234002 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.64 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  44.69 
 
 		 225 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3630  two component transcriptional regulator  41.78 
 
 		 233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3892  putative two-component response regulator  46.05 
 
 		 229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.66 
 
 		 230 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0691  two component transcriptional regulator  45.62 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45880  putative two-component response regulator  45.18 
 
 		 229 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  46.15 
 
 		 225 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  46.19 
 
 		 227 aa  174  8e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0836  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.17 
 
 		 224 aa  174  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2809  two component transcriptional regulator  39.09 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.302841  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.65 
 
 		 232 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4391  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.17 
 
 		 224 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.593256 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  41.89 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  42.53 
 
 		 223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1376  DNA-binding response regulator IrlR  42.73 
 
 		 229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498923  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.36 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4663  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.56 
 
 		 225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.242183 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1381  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.8 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.961918 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4683  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.17 
 
 		 228 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.222547  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3842  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.17 
 
 		 227 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.67414 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  45.05 
 
 		 223 aa  172  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3680  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.17 
 
 		 228 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  41.99 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0708  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.05 
 
 		 226 aa  172  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328024  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.75 
 
 		 225 aa  171  6.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1445  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.75 
 
 		 225 aa  171  6.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2430  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.99 
 
 		 227 aa  171  9e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1307  DNA-binding heavy metal response regulator  41.63 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150056  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6173  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.73 
 
 		 228 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.400074 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 223 aa  170  1e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.98 
 
 		 227 aa  169  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.8 
 
 		 225 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.6 
 
 		 225 aa  169  4e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 236 aa  169  4e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3465  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 223 aa  168  5e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>